The duration of illnessis always 0 for your healthy controls(which is
obviously reasonable). The problem is that mri_glmfit is creating a
regressor of all 0s to model this duration and this is causing the
ill-conditionedness. There are several things you can do:

1. Create your own design matrix so that HCs do not have a column for
duration. You can edit the one created by mri_glmfit from the fsgd. You
can then feed this matrix into mri_glmfit instead of the fsgd file.

2. Run mri_glmfit with DOSS instead of DODS. This is appropriateif all
four groupshave the same slope with age, mean thickness, medication, and
duration.

3. Recode the HCs be SZs with 0 duration illness. This maynot make sense
with your other variables (like medication).

doug

On 10/21/2013 11:01 PM, Laura M. Tully wrote:
> Hello freesurfers,
>
> I'm trying to run mri_glmfit between groups analysis (patients vs.
> controls) with gender, age, medication (continuous), and duration of
> illness as covariates. The problem is, only the patients have
> medication and duration of illness values - by virtue of being control
> participants, the control group have values of zero for medication and
> duration of illness. This causes issues with the matrix and I'm trying
> to figure out how to get around it. Suggestions would be most
> appreciated. See output and details below, plus attached files.
>
> Thanks!
>
> Laura.
>

> *Command line: *

> mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd
> grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C
> Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex
> --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir

> *
> *
> *Output:*

> gdfReadHeader: reading grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd
> INFO: demeaning continuous variables
> Continuous Variable Means (all subjects)
> 0 Age 36.0909 11.4927
> 1 LH_Mean_Thick 2.34931 0.118499
> 2 medication 204.545 330.217
> 3 duration_illness 7.74545 11.4005
> Class Means of each Continuous Variable
> 1 HCmale  34.3000   2.3799   0.0000   0.0000
> 2 HCfemale  32.5556   2.3723   0.0000   0.0000
> 3 SZmale  36.5000   2.3124 391.2500  14.6875
> 4 SZfemale  42.2000   2.3265 499.0000  19.1000
> INFO: gd2mtx_method is dods
> Reading source surface
> /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/surf/lh.white
> Number of vertices 163842
> Number of faces    327680
> Total area         65416.648438
> AvgVtxArea       0.399267
> AvgVtxDist       0.721953
> StdVtxDist       0.195470
>
> $Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.6 2011/05/05 20:54:25 greve Exp $
> cwd /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis
> cmdline mri_glmfit --y lh_grpDiffs_thickness10.mgh --fsgd
> grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd --fsgd-rescale --C
> Contrast1A_grp_Diffs_HCvsSZ_Med_Dur.mtx --surf fsaverage lh --cortex
> --glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir
> sysname  Linux

> hostname ncfws14.rc.fas.harvard.edu <http://ncfws14.rc.fas.harvard.edu>

> machine  x86_64
> user     ltully
> FixVertexAreaFlag = 1
> UseMaskWithSmoothing     1
> OneSampleGroupMean 0
> y
>  /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh
> logyflag 0
> usedti  0
> FSGD grpdiffs_thickness_lh_Med_Dur.fsgd
> labelmask
>  /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/fsaverage/label/lh.cortex.label
> maskinv 0
> glmdir lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir
> IllCondOK 0
> ReScaleX 1
> DoFFx 0
> Creating output directory lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir
> Loading y from
> /ncf/snp/04/SCORE/freesurfer_analysis/glm_analysis/lh_grpDiffs_thickness10.mgh
> INFO: gd2mtx_method is dods
> Saving design matrix to lh_grpdiffs_lh_thickness_Med_Dur.glmdir/Xg.dat
> Normalized matrix condition is 1e+08
> Design matrix ------------------
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.740   0.000   0.000
>   0.000  -1.700   0.000   0.000   0.000 0.329   0.000   0.000   0.000
>   0.817   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.392   0.000   0.000
>   0.000   0.233   0.000   0.000   0.000 0.632   0.000   0.000   0.000
>  -0.148   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.191   0.000
>   0.000   0.000   0.013   0.000   0.000 0.000  -1.511   0.000   0.000
>   0.000  -0.272;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.479   0.000   0.000
>   0.000   0.427   0.000   0.000   0.000 0.212   0.000   0.000   0.000
>   0.729   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.940   0.000
>   0.000   0.000  -0.907   0.000   0.000 0.000   0.912   0.000   0.000
>   0.000  -0.009;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.436   0.000   0.000
>   0.000  -0.029   0.000   0.000   0.000  -0.276   0.000   0.000
> 0.000   1.431   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.757   0.000   0.000   0.000  -0.235
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   1.018   0.000   0.000   0.000  -0.775
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   1.627   0.000   0.000   0.000  -0.032
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.953   0.000   0.000   0.000
>  -0.070   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   1.105   0.000   0.000   0.000   0.854
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.518   0.000   0.000   0.000
>  -0.864   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.713   0.000
>   0.000   0.000   0.359   0.000   0.000 0.000  -0.784   0.000   0.000
>   0.000  -0.886;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.083   0.000   0.000   0.000
>   0.428   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.088   0.000   0.000
>   0.000   0.190   0.000   0.000   0.000 0.632   0.000   0.000   0.000
>  -0.937   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000  -0.548   0.000   0.000   0.000  -0.454
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.375   0.000
>   0.000   0.000   0.612   0.000   0.000 0.000   1.517   0.000   0.000
>   0.000   1.395;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.496   0.000   0.000   0.000   0.010
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.131   0.000   0.000
>   0.000   0.435   0.000   0.000   0.000  -1.185   0.000   0.000
> 0.000   0.378   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.001   0.000   0.000
>   0.000  -0.864   0.000   0.000   0.000 0.212   0.000   0.000   0.000
>  -1.201   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.222   0.000   0.000   0.000
>  -2.138   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.931   0.000   0.000   0.000  -1.214
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.088   0.000   0.000
>   0.000  -0.856   0.000   0.000   0.000  -0.943   0.000   0.000
> 0.000   0.992   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.070   0.000
>   0.000   0.000   0.401   0.000   0.000 0.000  -1.208   0.000   0.000
>   0.000   0.342;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   1.114   0.000
>   0.000   0.000  -1.051   0.000   0.000 0.000   1.214   0.000   0.000
>   0.000   2.009;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.088   0.000   0.000
>   0.000  -0.147   0.000   0.000   0.000 0.212   0.000   0.000   0.000
>  -1.113   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.017   0.000
>   0.000   0.000  -1.219   0.000   0.000 0.000   0.306   0.000   0.000
>   0.000   0.868;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.218   0.000   0.000
>   0.000  -0.721   0.000   0.000   0.000  -0.983   0.000   0.000
> 0.000  -0.323   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.149   0.000
>   0.000   0.000   2.139   0.000   0.000 0.000   0.154   0.000   0.000
>   0.000  -1.325;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.452   0.000
>   0.000   0.000  -0.325   0.000   0.000 0.000  -0.300   0.000   0.000
>   0.000  -1.061;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.044   0.000   0.000
>   0.000   0.486   0.000   0.000   0.000  -1.064   0.000   0.000
> 0.000  -0.060   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.653   0.000   0.000
>   0.000  -0.392   0.000   0.000   0.000  -0.912   0.000   0.000
> 0.000   1.080   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.975   0.000
>   0.000   0.000  -0.021   0.000   0.000 0.000  -0.300   0.000   0.000
>   0.000  -1.061;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.349   0.000   0.000
>   0.000   0.579   0.000   0.000   0.000 0.026   0.000   0.000   0.000
>  -1.113   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.566   0.000   0.000
>   0.000   1.895   0.000   0.000   0.000 0.632   0.000   0.000   0.000
>  -0.850   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.670   0.000   0.000   0.000  -0.809
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000  -0.722   0.000   0.000   0.000  -0.716
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.831   0.000   0.000   0.000
>   1.398   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   1.453   0.000   0.000   0.000  -0.978
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.670   0.000   0.000   0.000  -2.429
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.744   0.000   0.000   0.000
>  -0.121   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -0.657   0.000   0.000   0.000
>   0.082   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   1.018   0.000   0.000   0.000   1.318
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000  -1.244   0.000   0.000   0.000   1.208
>   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
>   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  -1.179   0.000   0.000   0.000
>   0.444   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
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>   0.000   0.000;
> --------------------------------
> ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
>
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> Post-Doctoral Fellow in Psychiatry
> UC Davis Imaging Research Center
> 4701 X Street,
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