Is it better to compute mean to weight by number of vertices or surface area ?

Best,
Matthieu


Le 11 nov. 2016 11:33 PM, "Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu> a écrit :
Vertices do not have equal areas and are not equally spaced


On 11/11/2016 05:11 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>
> Thank you Douglas for giving me a way to compute area from segmented
> surface data.
>
> Are vertices equally spaced along cortex or do triangles all have same
> area ?
>
> Best,
> Matthieu
>
>
> Le 11 nov. 2016 10:55 PM, "Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu
> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> a écrit :
>
>     If you want to do it on fsaverage, then
>
>     mris_segstats --i $SUBJECTS/fsaverage/surf/lh.white.avg.area.mgh --seg
>     lh.sign_clust.bin.mgh
>     --excludeid 0 --sum lh.bin.area.sum --accumulate
>
>
>
>
>     On 11/11/2016 04:48 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>     >
>     > Dear Douglas,
>     >
>     > Yes I would like to in order to compute mean of some means.
>     Maybe not
>     > if it is equivalent to number of vertices (are vertices distributed
>     > equaly distant on the cortical surface ?)
>     >
>     > In case I need surface area, do I have to convert overlay to
>     > annotation file to be used with mri_segstats ?
>     >
>     > Best regards,
>     > Matthieu
>     >
>     >
>     > Le 11 nov. 2016 9:21 PM, "Douglas N Greve"
>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> a écrit :
>     >
>     >     NVox is the number of vertices. The Volume_mm3 is not
>     meaningful.
>     >     Do you
>     >     want area?
>     >
>     >
>     >     On 11/11/2016 04:53 AM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>     >     > Dear Douglas,
>     >     >
>     >     > I come back to you concerning stats made from binary .mgh
>     >     surface data
>     >     > file:
>     >     >
>     >     > mri_segstats --i lh.fsaverage.sm10.mgh --seg
>     lh.sign_clust.bin.mgh
>     >     > --excludeid 0 --sum lh.bin.sum --avgwf lh.wav.bin.txt
>     >     >
>     >     > In the output file « lh.bin.sum » all is considered as volume
>     >     > input/output as you could see below:
>     >     >
>     >     > /# InVolFileTimeStamp  2016/04/28 09:46:19 /
>     >     > /# InVolFrame 0 /
>     >     > /# ExcludeSegId 0 /
>     >     > /# Only reporting non-empty segmentations/
>     >     > /# VoxelVolume_mm3 1 /
>     >     > /# TableCol  1 ColHeader Index /
>     >     > /# TableCol  1 FieldName Index /
>     >     > /# TableCol  1 Units     NA /
>     >     > /# TableCol  2 ColHeader SegId /
>     >     > /# TableCol  2 FieldName Segmentation Id/
>     >     > /# TableCol  2 Units     NA/
>     >     > /# TableCol  3 ColHeader NVoxels /
>     >     > /# TableCol  3 FieldName Number of Voxels/
>     >     > /# TableCol  3 Units     unitless/
>     >     > /# TableCol  4 ColHeader Volume_mm3/
>     >     > /# TableCol  4 FieldName Volume/
>     >     > /# TableCol  4 Units     mm^3/
>     >     > /# TableCol  5 ColHeader Mean /
>     >     > /# TableCol  5 FieldName Intensity Mean/
>     >     > /# TableCol  5 Units     unknown/
>     >     > /# TableCol  6 ColHeader StdDev/
>     >     > /# TableCol  6 FieldName Itensity StdDev/
>     >     > /# TableCol  6 Units     unknown/
>     >     > /# TableCol  7 ColHeader Min/
>     >     > /# TableCol  7 FieldName Intensity Min/
>     >     > /# TableCol  7 Units     unknown/
>     >     > /# TableCol  8 ColHeader Max/
>     >     > /# TableCol  8 FieldName Intensity Max/
>     >     > /# TableCol  8 Units     unknown/
>     >     > /# TableCol  9 ColHeader Range/
>     >     > /# TableCol  9 FieldName Intensity Range/
>     >     > /# TableCol  9 Units     unknown/
>     >     > /# NRows 1 /
>     >     > /# NTableCols 9 /
>     >     > /# ColHeaders  Index SegId NVoxels Volume_mm3 StructName
>     Mean StdDev
>     >     > Min Max Range /
>     >     > /  1   1     11510    11510.0  Seg0001  7.6819  1.4396
>     >     > 4.4862    10.9042     6.4180 /
>     >     >
>     >     > As my inputs are all surface data could I consider that
>     NVoxels is
>     >     > equal to NVertices and Volume_mm3 is equal to
>     SurfaceArea_mm2 ?
>     >     >
>     >     > Best regards,
>     >     > Matthieu
>     >     >
>     >     >> Le 10 nov. 2016 à 23:18, Matthieu Vanhoutte
>     >     >> <matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>>> a
>     >     >> écrit :
>     >     >>
>     >     >> Thank you Douglas !
>     >     >>
>     >     >>
>     >     >> Le 10 nov. 2016 7:21 PM, "Douglas N Greve"
>     >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >     >> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>     >     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
>     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> a écrit :
>     >     >>
>     >     >>     You need to weight by the number of vertices
>     >     >>
>     >     >>     n = [27805 2321 552];
>     >     >>       m = [8.8194 10.3661 10.3365];
>     >     >>     sum(n.*m)/sum(n)
>     >     >>
>     >     >>     ans =
>     >     >>
>     >     >>          8.9637
>     >     >>
>     >     >>
>     >     >>     On 11/10/2016 06:44 AM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>     >     >>     > Dear Freesurfer's experts,
>     >     >>     >
>     >     >>     > Could anyone please explain me the difference I got
>     with
>     >     >>     command line
>     >     >>     > in below mail ?
>     >     >>     >
>     >     >>     > Best regards,
>     >     >>     > Matthieu
>     >     >>     >
>     >     >>     > 2016-08-12 12:07 GMT+02:00 Matthieu Vanhoutte
>     >     >>     > <matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>
>     >     >>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>>
>     >     >>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>
>     >     >>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>
>     >     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com
>     <mailto:matthieuvanhoutte@gmail.com>>>>>:
>     >     >>     >
>     >     >>     >     Dear experts,
>     >     >>     >
>     >     >>     >     I am in trouble with two ways of computing mean
>     >     intensity with
>     >     >>     >     mri_segstats.
>     >     >>     >
>     >     >>     >     First I have used on .annot files with three
>     >     different labels
>     >     >>     >     inside (SegId 1 to 3) :
>     >     >>     >
>     >     >>     >     /mri_segstats --annot fsaverage lh
>     >     cache.th23.pos.sig.ocn.annot
>     >     >>     >     --i lh.PET.fsaverage.sm10.mgh --sum lh.pet.sum/
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     which give me those results:
>     >     >>     >     # ColHeaders  Index SegId NVertices Area_mm2
>     >     StructName Mean
>     >     >>     >     StdDev Min Max Range
>     >     >>     >     1   1     27805    14182.6 cluster-001 8.8194
>        1.4351
>     >     >>     >     6.2105    14.2947  8.0842
>     >     >>     >     2   2      2321     1047.3 cluster-002  10.3661
>     >      1.0848
>     >     >>     >     8.8375    12.9317  4.0942
>     >     >>     >     3   3       552      313.1 cluster3 10.3365
>      0.4711
>     >     >>     >     9.3719    11.8694  2.4975
>     >     >>     >
>     >     >>     >     Second I have created on .label files
>     containing the
>     >     three
>     >     >>     >     segmented labels (SegId 1 to 3) and used this
>     label with
>     >     >>     mri_segstats:
>     >     >>     >
>     >     >>     >     /mri_segstats --slabel fsaverage lh
>     >     >>     >     lh.th23.cluster.thresh1.3.label --i
>     >     lh.PET.fsaverage.sm10.mgh
>     >     >>     >     --excludeid 0 --sum lh.pet.label.sum /
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     which give me those results:/
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     /# ColHeaders  Index SegId NVertices Area_mm2
>     >     StructName Mean
>     >     >>     >     StdDev Min Max Range /
>     >     >>     >     /  1   1     30678 15542.9  Seg0001 8.9637
>     1.4701
>     >     6.2105
>     >     >>     >      14.2947 8.0842 /
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     /
>     >     >>     >     I verified if I obtained the same results with the
>     >     two ways
>     >     >>     >     (.annot or .label) and everything is fine comparing
>     >     NVertices,
>     >     >>     >     Area_mm2 but Mean in first way gives me
>     >     >>     (8.8194+10.3661+10.3365)/3
>     >     >>     >     = 9.84066 and with .label file Mean = 8.9637.
>     >     >>     >
>     >     >>     >     Did I have miss anything and how is computed mean
>     >     intensity ?
>     >     >>     >
>     >     >>     >     Many thanks in advance.
>     >     >>     >
>     >     >>     >     Best regards,
>     >     >>     >     Matthieu
>     >     >>     >
>     >     >>     >
>     >     >>     >
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>     >     >>     > Freesurfer mailing list
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>     >     >>
>     >
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>     <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>>
>     >     >>     Outgoing:
>     >     >>
>     ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>>
>     >     >>
>     >
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>     <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
>     >
>      <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
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