Dear FS expert£º

Today I put two contrast in the file {subjects},and run the command line "recon-all -s mgz -all", several minutes later,the terminal tells error,it says:

[brain@localhost ~]$ recon-all -s mgz -all

Subject Stamp: freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v5.1.0

Current Stamp: freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v5.1.0

INFO: SUBJECTS_DIR is /usr/local/freesurfer/subjects

Actual FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

Linux localhost.localdomain 2.6.25-14.fc9.i686 #1 SMP Thu May 1 06:28:41 EDT 2008 i686 i686 i386 GNU/Linux

#--------------------------------------------

#@# MotionCor Wed Apr 11 17:49:05 HKT 2012

Found 3 runs

/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.mgz

/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.mgz

/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004.mgz

Checking for (invalid) multi-frame inputs...

Checking for (invalid) multi-frame inputs...

Checking for (invalid) multi-frame inputs...

#-----------------------------------------------

/usr/local/freesurfer/subjects/mgz

 

 mri_robust_template --mov /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.mgz /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.mgz /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004.mgz --average 1 --template /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/rawavg.mgz --satit --inittp 1 --fixtp --noit --iscale --iscaleout /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002-iscale.txt /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003-iscale.txt /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004-iscale.txt --subsample 200 --lta /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.lta /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.lta /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004.lta 

 

$Id: mri_robust_template.cpp,v 1.37 2011/03/02 00:04:24 nicks Exp $

 

--mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.mgz as movable/source volume.

--mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.mgz as movable/source volume.

--mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004.mgz as movable/source volume.

    Total: 3 input volumes

--average: Using method 1 for template computation.

--template: Using /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/rawavg.mgz as template output volume.

--satit: Will estimate SAT iteratively!

--inittp: Using TP 1 as target for initialization

--fixtp: Will map everything to init TP!

--noit: Will output only first template (no iterations)!

--iscale: Enableing intensity scaling!

--iscaleout: Will perform intensity scaling and output results

--subsample: Will subsample if size is larger than 200 on all axes!

--lta: Will output LTA transforms

reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.mgz'...

reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.mgz'...

reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/004.mgz'...

 

MultiRegistration::initializing Xforms (init 1 , maxres 0 , iterate 5 , epsit 0.01 ) : 

 

[init] ========================= TP 2 to TP 1 ==============================

         Register TP 2 ( /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/003.mgz )

          to      TP 1 ( /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/mri/orig/002.mgz )

 

Registration::setSourceAndTarget ...

   Mov: (0.4688, 0.4688, 1.19996)mm  and dim (512, 512, 156)

   Dst: (0.4688, 0.4688, 1.20005)mm  and dim (512, 512, 156)

   Asserting both images: 0.4688mm isotropic and (512, 512, 400) voxels

   Original : (0.4688, 0.4688, 1.19996) mm size and (512, 512, 156) voxels.

   Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 400) voxels.

   Reslicing using trilinear interpolation 

   Original : (0.4688, 0.4688, 1.20005) mm size and (512, 512, 156) voxels.

   Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 400) voxels.

   Reslicing using trilinear interpolation 

 

 

 Registration::findSaturation 

   - Gaussian Pyramid 

MRIalloc(512, 512, 400): could not allocate 1048576 bytes for 367th slice

 

Cannot allocate memory

Linux localhost.localdomain 2.6.25-14.fc9.i686 #1 SMP Thu May 1 06:28:41 EDT 2008 i686 i686 i386 GNU/Linux

 

recon-all -s mgz exited with ERRORS at Wed Apr 11 17:51:20 HKT 2012

 

For more details, see the log file /usr/local/freesurfer/subjects/mgz/scripts/recon-all.log

To report a problem, see http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting

 

 

 

 

BUT,when I process a single contrast,the software runs well! could you tell me what is wrong in the process? Thank you very much.