hello experts.

i have a question to  you..

i'm doing recon-all stage, but errors show up like this




ects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz --average 1 --template /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/rawavg.mgz --satit --inittp 1 --fixtp --noit --iscale --iscaleout /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001-iscale.txt /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002-iscale.txt --subsample 200 --lta /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.lta /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.lta 
/
$Id: mri_robust_template.cpp,v 1.37.2.2 2012/10/10 19:59:06 mreuter Exp $

--mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz as movable/source volume.
--mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz as movable/source volume.
    Total: 2 input volumes
--average: Using method 1 for template computation.
--template: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/rawavg.mgz as template output volume.
--satit: Will estimate SAT iteratively!
--inittp: Using TP 1 as target for initialization
--fixtp: Will map everything to init TP!
--noit: Will output only first template (no iterations)!
--iscale: Enableing intensity scaling!
--iscaleout: Will perform intensity scaling and output results
--subsample: Will subsample if size is larger than 200 on all axes!
--lta: Will output LTA transforms
reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz'...
converting source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz' to bspline ...
MRItoBSpline degree 3
reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz'...
converting source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz' to bspline ...
MRItoBSpline degree 3

MultiRegistration::initializing Xforms (init 1 , maxres 0 , iterate 5 , epsit 0.01 ) : 

[init] ========================= TP 2 to TP 1 ==============================
         Register TP 2 ( /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz )
          to      TP 1 ( /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz )

       -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
       -- Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 417) voxels.
       -- Reslicing using cubic bspline 
MRItoBSpline degree 3
       -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
       -- Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 417) voxels.
       -- Reslicing using cubic bspline 
MRItoBSpline degree 3

   - Max Resolution used: 3
     -- gpS ( 64 , 64 , 52 )
     -- gpT ( 64 , 64 , 52 )
   - running loop to estimate saturation parameter:
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
  Sigma too small: 0 (identical images?)
Killed
[areum@localhost 14]# 

[areum@localhost 14]# $Id: mri_robust_template.cpp,v 1.37.2.2 2012/10/10 19:59:06 mreuter Exp $
c
Bad : modifier in $ ( ).
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# --mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz as movable/source volume.
--mov:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz as movable/source volume.
--mov:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]#     Total: 2 input volumes
Total:: Too many arguments.
b
[areum@localhost 14]# --average: Using method 1 for template computation.
--average:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --template: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/rawavg.mgz as template output volume.
--template:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --satit: Will estimate SAT iteratively!
i
--satit:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --inittp: Using TP 1 as target for initialization
--inittp:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --fixtp: Will map everything to init TP!
--fixtp:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --noit: Will output only first template (no iterations)!
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# --iscale: Enableing intensity scaling!
--iscale:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --iscaleout: Will perform intensity scaling and output results
--iscaleout:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --subsample: Will subsample if size is larger than 200 on all axes!
--subsample:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --lta: Will output LTA transforms
--lta:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz'...
-
reading: Command not found.
[areum@localhost 14]# converting source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz' to bspline ...
b
converting: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
r
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz'...
n
reading: Command not found.
[areum@localhost 14]# converting source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz' to bspline ...
 
converting: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
p
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# MultiRegistration::initializing Xforms (init 1 , maxres 0 , iterate 5 , epsit 0.01 ) : 
/
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# [init] ========================= TP 2 to TP 1 ==============================
a
[init]: No match.
[areum@localhost 14]#          Register TP 2 ( /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz )
Badly placed ()'s.
e
[areum@localhost 14]#           to      TP 1 ( /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz )
n
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#        -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 417) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Reslicing using cubic bspline 
a
--: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
T
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]#        -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 417) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Reslicing using cubic bspline 
a
--: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
u
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#    - Max Resolution used: 3
i
-: Command not found.
[areum@localhost 14]#      -- gpS ( 64 , 64 , 52 )
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#      -- gpT ( 64 , 64 , 52 )
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#    - running loop to estimate saturation parameter:
l
-: Command not found.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
4
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# Killed 
.
Killed: Command not found.
[areum@localhost 14]# Linux localhost.localdomain 2.6.32-504.el6.x86_64 #1 SMP Wed Oct 15 04:27:16 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 
 
Linux: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# recon-all -s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 07:50:15 PDT 2015
a
ERROR: Flag exited unrecognized.
-s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 07:50:15 PDT 2015
Linux localhost.localdomain 2.6.32-504.el6.x86_64 #1 SMP Wed Oct 15 04:27:16 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

recon-all -s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 08:35:33 PDT 2015

For more details, see the log file 
To report a problem, see http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting

[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# For more details, see the log file /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/scripts/recon-all.log
 
For: Command not found.
[areum@localhost 14]# To report a problem, see http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
e
To: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# [areum@localhost 14]# recon-all -i /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000001.dcm -i /usr/local/
 
[areum@localhost: Command not found.
[areum@localhost 14]# Subject Stamp: freesurfer-Linux-centos6_x86_6
i
Subject: Command not found.
[areum@localhost 14]# Current Stamp: freesurfer-Linux-centos6_x8
2
Current: Command not found.
[areum@localhost 14]# INFO: SUBJEC
INFO:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Actual FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
8
Actual: Command not found.
[areum@localhost 14]# Linux localhost.l
s
Linux: Command not found.
[areum@localhost 14]# /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014
g
/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014: Permission denied.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#  mri_convert /u
mri_convert /u 

mri_convert: missing output volume name

type mri_convert -u for usage

[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/
mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/ 

mri_convert: missing output volume name

type mri_convert -u for usage

[areum@localhost 14]# $Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
Bad : modifier in $ ( ).
[areum@localhost 14]# reading from /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000001.dcm...
reading: Command not found.
[areum@localhost 14]# Startin
Startin: Command not found.
[areum@localhost 14]# dcmfile = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000001.dcm
dcmfile: Command not found.
[areum@localhost 14]# dcmdir = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14
dcmdir: Command not found.
[areum@localhost 14]# Ref Series No = 3
Ref: Command not found.
[areum@localhost 14]# Found 247 files, checking for dicoms
Found: Command not found.
[areum@localhost 14]# Found 244 dicom files in series.
Found: Command not found.
[areum@localhost 14]# First Sorting
First: Command not found.
[areum@localhost 14]# Computing Slice Direction
Computing: Command not found.
[areum@localhost 14]# Vs: -0.8 0 0
Vs:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Vs: -1 0 0
Vs:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Second Sorting
Second: Command not found.
[areum@localhost 14]# Counting frames
Counting: Command not found.
[areum@localhost 14]# nframes = 1
nframes: Command not found.
[areum@localhost 14]# nslices = 244
nslices: Command not found.
[areum@localhost 14]# ndcmfiles = 244
ndcmfiles: Command not found.
[areum@localhost 14]# PE Dir = ROW (dicom read)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# TransferSyntaxUID: --1.2.840.10008.1.2.1--
TransferSyntaxUID:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Loading pixel data
Loading: Command not found.
[areum@localhost 14]# TR=7.70, TE=3.37, TI=400.00, flip angle=12.00
TR=7.70,: Command not found.
[areum@localhost 14]# i_ras = (0, -1, 0)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# j_ras = (0, 0, -1)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# k_ras = (1, -0, 0)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# writing to /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/
writing: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#  mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm /usr/loc
mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm /usr/loc 
mri_convert: can't determine type of output volume
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz 
mri_convert /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz 
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm...
Starting DICOMRead2()
dcmfile = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm
dcmdir = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14
Ref Series No = 3
Found 247 files, checking for dicoms
Found 244 dicom files in series.
First Sorting
Computing Slice Direction
Vs: -0.8 0 0
Vs: -1 0 0
Second Sorting
Counting frames
nframes = 1
nslices = 244
ndcmfiles = 244
PE Dir = ROW (dicom read)
TransferSyntaxUID: --1.2.840.10008.1.2.1--
Loading pixel data
TR=7.70, TE=3.37, TI=400.00, flip angle=12.00
i_ras = (0, -1, 0)
j_ras = (0, 0, -1)
k_ras = (1, -0, 0)
writing to /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz...
[areum@localhost 14]# $Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
Bad : modifier in $ ( ).
[areum@localhost 14]# reading from /usr/local/freesurfer/sub
reading: Command not found.
[areum@localhost 14]# Starting DICOMRead2()
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# dcmfile = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/I0000002.dcm
dcmfile: Command not found.
[areum@localhost 14]# dcmdir = /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14
dcmdir: Command not found.
[areum@localhost 14]# Ref Series No = 3
Ref: Command not found.
[areum@localhost 14]# Found 247 files, checking for dicoms
Found: Command not found.
[areum@localhost 14]# Found 244 di
Found: Command not found.
[areum@localhost 14]# First Sorting
First: Command not found.
[areum@localhost 14]# Computing Slice Direction
Computing: Command not found.
[areum@localhost 14]# Vs: -0.8 0 0
Vs:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Vs: -1 0 0
Vs:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Second Sorting
Second: Command not found.
[areum@localhost 14]# Counting frames
Counting: Command not found.
[areum@localhost 14]# nframes = 1
nframes: Command not found.
[areum@localhost 14]# nslices = 244
nslices: Command not found.
[areum@localhost 14]# ndcmfiles = 244
ndcmfiles: Command not found.
[areum@localhost 14]# PE Dir = ROW (dicom read)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# TransferSyntaxUID: --1.2.840.10008.1.2.1--
TransferSyntaxUID:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# Loading pixel data
Loading: Command not found.
[areum@localhost 14]# TR=7.70, TE=3.37, TI=400.00, flip angle=12.00
TR=7.70,: Command not found.
[areum@localhost 14]# i_ras = (0, -1, 0)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# j_ras = (0, 0, -1)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# k_ras = (1, -0, 0)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# writing to /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz...
writing: Command not found.
[areum@localhost 14]# #----------------------------
#----------------------------: Command not found.
[areum@localhost 14]# #@# MotionCor Sat Oct 17 08:09:23 PDT 2015
#@#: Command not found.
[areum@localhost 14]# Found 2 runs
Found: Command not found.
[areum@localhost 14]# /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/sub
/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/sub: Command not found.
[areum@localhost 14]# /usr/local/freesurfer
/usr/local/freesurfer: Permission denied.
[areum@localhost 14]# Checking for (invalid) multi-frame inputs...
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# Checking for (invalid) multi-frame in
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# #-----------------------------------------------
#-----------------------------------------------: Command not found.
[areum@localhost 14]# /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014
/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014: Permission denied.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#  
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# $Id: mri_robust_temp
Bad : modifier in $ ( ).
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# --mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz as movable/
--mov:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --mov: Using /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/002.mgz a
--mov:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]#     Total: 2 input volumes
Total:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --average: Using method 1 for template computation.
--average:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --template
--template: Command not found.
[areum@localhost 14]# --satit: Will estimate SAT iteratively!
--satit:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --inittp: Using TP 1 as target for initialization
--inittp:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --fixtp: Will map everything to init TP!
--fixtp:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --noit: Will output only first template (no iterations)!
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# --iscale: Enableing intensity scaling!
--iscale:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --iscaleout: Will perform intensity scaling and output results
--iscaleout:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# --subsa
--subsa: Command not found.
[areum@localhost 14]# --lta: Will output LT
--lta:: Too many arguments.
[areum@localhost 14]# reading source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz'...
reading: Command not found.
[areum@localhost 14]# converting source '/usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz' to bspline ...
converting: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# rea
rea: Command not found.
[areum@localhost 14]# converting source '/u
Unmatched '.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# Multi
Multi: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# [init] ========================= TP 2 to TP 1 ==============================
[init]: No match.
[areum@localhost 14]#          Register TP 2 ( /usr/l
Too many ('s.
[areum@localhost 14]#           to      TP 1 ( /usr/local/freesurfer/subjects/OSA/14/subj014/mri/orig/001.mgz )
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#        -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Resampled: (0.4688, 0.4688, 0.4688) mm size and (512, 512, 4
Too many ('s.
[areum@localhost 14]#        -- Reslicing using cubic bspline 
--: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]#        -- Original : (0.4688, 0.4688, 0.800001) mm size and (512, 512, 244) voxels.
Badly placed (.
[areum@localhost 14]#        -- Resampled: (0.
Too many ('s.
[areum@localhost 14]#        -- Reslicing using cubic bspline 
--: Command not found.
[areum@localhost 14]# MRItoBSpline degree 3
MRItoBSpline: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]#    - Max Resolution used: 3
-: Command not found.
[areum@localhost 14]#      -- gpS ( 64 , 64 , 
Too many ('s.
[areum@localhost 14]#      -- gpT ( 64 , 64 , 52 )
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#    - running loop to estimate saturation pa
-: Command not found.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 
Sigma: Command not found.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical image
Too many ('s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 
Sigma: Command not found.
[areum@localhost 14]#   Sigma too small: 0 (identical images?)
Badly placed ()'s.
[areum@localhost 14]#   Si
Si: Command not found.
[areum@localhost 14]# Killed 
Killed: Command not found.
[areum@localhost 14]# Linux localhost.localdomain 2.6.32
Linux: Command not found.
[areum@localhost 14]# 
[areum@localhost 14]# recon-all -s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 08
ERROR: Flag exited unrecognized.
-s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 08
Linux localhost.localdomain 2.6.32-504.el6.x86_64 #1 SMP Wed Oct 15 04:27:16 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

recon-all -s subj014 exited with ERRORS at Sat Oct 17 08:35:53 PDT 2015

For more details, see the log file 
To report a problem, see http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting







how can i to do?

plz help me..

2015-10-18 0:11 GMT+09:00 Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>:
Hi A-reum

can you please follow the bug-reporting procedures in:

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting

also, don't include a snapshot of text - cutting and pasting the actual text in is far more useful, but in addition we need a lot of other information if we are to be able to help you

cheers
Bruce

On Sun, 18 Oct 2015, A-reum Min wrote:

hello experts.
I have a question to you...

I'm doing recon-all stage... but errors showed up (fig.1)

how can i to do? 

plz, help me 


2015-09-16 23:56 GMT+09:00 Douglas Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>:
      don't use .hdr.  When you have a .hdr/.img pair, just use the .img file.

      On 9/16/15 10:51 AM, A-reum Min wrote:
      hello, experts
I have some question.

I want to use analyze format instead of DICOM file.

So, i type this sentence 

recon-all -i /usr/local/freesurfer/subjects/test_han/I0071579.hdr -i
/usr/local/freesurfer/subjects/test_han/I0071579.img -all -s han001


and then error occured....

ERROR: cannot determine file type for
/usr/local/freesurfer/subjects/test_han/I0071579.hdr 
Linux localhost.localdomain 2.6.32-504.el6.x86_64 #1 SMP Wed Oct 15
04:27:16 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

recon-all -s han001 exited with ERRORS at Wed Sep 16 06:35:02 PDT 2015

For more details, see the log file
/usr/local/freesurfer/subjects/test_han/han001/scripts/recon-all.log
To report a problem, see
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting


 How can i to do using analyze format?


2015-08-27 23:55 GMT+09:00 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>:
      Specify something for --seg. It just needs to be a surface
      overlay of
      the same size as the input.

      On 08/27/2015 01:49 AM, A-reum Min wrote:
      > Hello doug
      >
      > i enter the ' mri_segstats --i y.mgh --vox 33 0 0 --avgwf
      out.dat'
      > then, error occured --> ERROR: must specify a segmentation
      volume
      >
      >
      > 2015-08-27 12:50 GMT+09:00 Douglas Greve
      <greve@nmr.mgh.harvard.edu
      > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>:
      >
      >     don't use "vertexno", just put the vertex number, eg,
      --vox 33 0 0
      >
      >
      >     On 8/26/15 9:22 PM, A-reum Min wrote:
      >>     Hello developer,
      >>
      >>     I have some question to  you.
      >>
      >>     How can i get the significant vertices value using Qdec
      result?
      >>
      >>     When i enter the 'mri_segstats --i y.mgh --vox vertexno
      33 0 0
      >>      --avgwf out.dat', then error ouccured --> ERROR :
      Option out.dat
      >>     unknown.
      >>
      >>     So, i enter the 'mri_segstats --i y.mgh --vox vertexno
      33 0 0
      >>     --avgwf out.dat', then error occured --> ERROR : Option
      0 unkown.
      >>
      >>     How can i fix it?
      >>
      >>
      >>
      >>
      >>
      >>
      >>
      >>     2015-08-25 23:41 GMT+09:00 Douglas Greve
      >>     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
      <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>:
      >>
      >>
      >>
      >>         On 8/25/15 9:35 AM, A-reum Min wrote:
      >>>         Hello developers
      >>>
      >>>         I have some question to you.
      >>>
      >>>         1.In fig.png, how many vertices were composed of
      cluster at
      >>>         least?
      >>         I'm not sure what you mean. it does not look like
      there are
      >>         any clusters there
      >>>
      >>>         2. How to change Area Threshold(fig.png)?
      >>         The area is controlled by the clusterwise threshold
      (--cwp)
      >>         to mri_glmfit-sim
      >>>
      >>>         3. How to change CSD thresh(fig.png)?
      >>         That is controlled by the threshold when specifying
      "--cache
      >>         threshold sign" to mri_glmfit-sim
      >>>
      >>>         4. What is the difference between two words(Area
      Threshold,
      >>>         CSD thresh)?
      >>         One is the cluster-pvalue and the other is the
      >>         cluster-forming thershold
      >>>
      >>>         5. What is the exactly mean two words(Area
      Threshold, CSD
      >>>         thresh)?
      >>         See above
      >>
      >>>
      >>>         Thank you
      >>>
      >>>         2015-08-12 23:23 GMT+09:00 Douglas N Greve
      >>>         <greve@nmr.mgh.harvard.edu
      <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>:
      >>>
      >>>
      >>>
      >>>             On 08/10/2015 10:06 PM, A-reum Min wrote:
      >>>             > HI expert !
      >>>             >
      >>>             > My name is Areum. I have some question to
      you.
      >>>             >
      >>>             > 1. Does FreeSurfer offer a effect size? if
      that offer,
      >>>             how can i use
      >>>             > effect size?
      >>>             >
      >>>             If you're doing a group analysis, you can
      compute
      >>>             fscalc glmdir/contrast/gamma.mgh div
      glmdir/rstd.mgh -o
      >>>             glmdir/contrast/effectsize.mgh
      >>>             >
      >>>             > 2. I was wondering about the stats.dat file
      in
      >>>             stats_table (in Qdec
      >>>             > folder).
      >>>             >
      >>>             > Stats.dat file’s value mean that each area’s
      average
      >>>             (include whole
      >>>             > vertex) or each
      >>>             >
      >>>             > area’s average (only significant vertex)?
      >>>             >
      >>>             what stats.dat? if
      subject/stats/lh.aparc.stats, then
      >>>             the area is the
      >>>             total area for the ROI
      >>>             >
      >>>             > 3. Can I get whole vertex value or
      significant vertex
      >>>             value? Because,
      >>>             > I want to
      >>>             >
      >>>             > compare two groups correlation using SPSS. In
      >>>             addition, I want to compare
      >>>             >
      >>>             > thickness, volume and surface area
      correlation within
      >>>             the one group
      >>>             > using SPSS.
      >>>             >
      >>>             You can extract a given vertex with
      >>>             mri_segstats --i y.mgh --crs vertexno 0 0
      --avgwf
      >>>             vertexno.dat
      >>>             vertexno.dat will be a text file with number of
      rows
      >>>             equalt to thge
      >>>             number of subjects where the value is the data
      from the
      >>>             given (0-based)
      >>>             vertex no. y.mgh is the input to mri_glmfit
      >>>             >
      >>>             > 4. I currently use the default cluster
      >>>             size(significant area threshold
      >>>             > is 0mm^2). So, I
      >>>             >
      >>>             > want to control cluster size larger than
      default
      >>>             cluster size. How can
      >>>             > I control the
      >>>             >
      >>>             > cluster size?
      >>>             >
      >>>             I don't know what you mean.
      >>>             >
      >>>             > 5. In FreeSurfer manual, GLM and Qdec have a
      same
      >>>             results. But when I
      >>>             > use the
      >>>             >
      >>>             > both(GLM, Qdec) group analysis program
      results are not
      >>>             same. What is
      >>>             > differences
      >>>             >
      >>>             > between two analysis program? How can I get
      same
      >>>             result while GLM and
      >>>             > Qdec?
      >>>             >
      >>>             No way to know unless you tell us the specifics
      of what
      >>>             you did
      >>>             >
      >>>             > 6. How can I get surface area and volume
      using
      >>>             GLM(group analysis
      >>>             > program)?
      >>>             >
      >>>             surface area and volume are outputs of
      recon-all, not glm
      >>>             >
      >>>             >
      >>>             > plz reply to me
      >>>             >
      >>>             >
      >>>             > 2015-08-10 21:35 GMT+09:00 A-reum Min
      >>>             <naniyaah@gmail.com <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             > <mailto:naniyaah@gmail.com
<mailto:naniyaah@gmail.com>>>:
>>>             >
>>>             >     Hello developer~
>>>             >
>>>             >     I have some questions to  you.
>>>             >
>>>             >     1. Does FreeSurfer offer a effect size? if that
>>>             offer, how can i
>>>             >     use effect size?
>>>             >
>>>             >     2. I was wondering about the stats.dat file in
>>>             stats_table (in
>>>             >     Qdec folder).
>>>             >
>>>             >     Stats.dat file’s value mean that each area’s
>>>             average (include
>>>             >     whole vertex) or each
>>>             >
>>>             >     area’s average (only significant vertex)?
>>>             >
>>>             >     3. Can I get whole vertex value or significant
>>>             vertex value?
>>>             >     Because, I want to
>>>             >
>>>             >     compare two groups correlation using SPSS. In
>>>             addition, I want to
>>>             >     compare
>>>             >
>>>             >     thickness, volume and surface area correlation
>>>             within the one
>>>             >     group using SPSS.
>>>             >
>>>             >     4. I currently use the default cluster
>>>             size(significant area
>>>             >     threshold is 0mm^2). So, I
>>>             >
>>>             >     want to control cluster size larger than
default
>>>             cluster size. How
>>>             >     can I control the
>>>             >
>>>             >     cluster size?
>>>             >
>>>             >     5. In FreeSurfer manual, GLM and Qdec have a
same
>>>             results. But
>>>             >     when I use the
>>>             >
>>>             >     both(GLM, Qdec) group analysis program results
are
>>>             not same. What
>>>             >     is differences
>>>             >
>>>             >     between two analysis program? How can I get
same
>>>             result while GLM
>>>             >     and Qdec?
>>>             >
>>>             >     6. How can I get surface area and volume using
>>>             GLM(group analysis
>>>             >     program)?
>>>             >
>>>             >
>>>             >     thanks for your help
>>>             >
>>>             >
>>>             >     2015-07-27 14:28 GMT+09:00 A-reum Min
>>>             <naniyaah@gmail.com <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             >     <mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>>>:
>>>             >
>>>             >         Hello bruce
>>>             >
>>>             >         I solve this problem(12.png)
>>>             >
>>>             >         Thank you
>>>             >
>>>             >         2015-07-27 13:03 GMT+09:00 dgw
>>>             <dgwakeman@gmail.com <mailto:dgwakeman@gmail.com>
>>>             >         <mailto:dgwakeman@gmail.com
>>>             <mailto:dgwakeman@gmail.com>>>:
>>>             >
>>>             >             Hi A-reum,
>>>             >
>>>             >             I think you may be able to get a faster
>>>             response if you
>>>             >             include some
>>>             >             details about your setup: I would start
>>>             with the following:
>>>             >
>>>             >
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>>>             >             and run bugr.
>>>             >
>>>             >             hth
>>>             >             D
>>>             >
>>>             >             On 7/26/15 5:17 PM, A-reum Min wrote:
>>>             >             > Hi, Bruce
>>>             >             >
>>>             >             > When i use a Qdec, this
message(12.png)
>>>             show up..
>>>             >             > How can i solve this problem?
>>>             >             >
>>>             >             > 2015-07-23 22:57 GMT+09:00 Bruce
Fischl
>>>             >             <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>             >             > <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>:
>>>             >             >
>>>             >             >     1. No, each subject has a
different
>>>             #. You can map
>>>             >             to fsaverage
>>>             >             >     (this is what -qcache does if you
>>>             specify it for
>>>             >             recon-all), then
>>>             >             >     they will have the same #.
>>>             >             >
>>>             >             >     2. What result data do you mean?
>>>             >             >
>>>             >             >     3. Yes, although I'll leave the
>>>             details to Doug
>>>             >             (since I don't
>>>             >             >  remember how his cluster code
works).
>>>             >             >
>>>             >             >     4. The significance doesn't
depend
>>>             on the cluster
>>>             >             size unless you do
>>>             >             >  multiple comparison corrections (and
>>>             even then only
>>>             >             if you do them a
>>>             >             >  certain way)
>>>             >             >
>>>             >             >     cheers
>>>             >             >     Bruce
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >     On Thu, 23 Jul 2015, A-reum Min
wrote:
>>>             >             >
>>>             >             >  HELLO developer
>>>             >             >         I have some question to you..
>>>             >             >
>>>             >             >  1.     Every patient is given to the
>>>             same number
>>>             >             of vertex?
>>>             >             >
>>>             >             >  2.     When i use a Qdec, How can I
get the
>>>             >             subject result data?
>>>             >             >
>>>             >             >  3.     Could i get the significant
vertex’s
>>>             >             number, extent of the
>>>             >             >  significant area and gray matter
volume?
>>>             >             >
>>>             >             >  4.     Is it significant blue color
>>>             which how
>>>             >             many connected
>>>             >             >  vertex?
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >  2015-05-29 2:03 GMT+09:00 A-reum Min
>>>             >             <naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
<mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>>
>>>             >             >  <mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             >             <mailto:naniyaah@gmail.com
<mailto:naniyaah@gmail.com>>>>:
>>>             >             >   hello developer~
>>>             >             >  reconstruction is well done, so i'm
>>>             doing on
>>>             >             'qdec' step..
>>>             >             >  Actually, i don't know how to treat
the
>>>             Design
>>>             >             menu exactly..
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ---------------------------------------------------------------------------
>>>             >             >  Discrete(fixed factors) : diagnosis
>>>             >             >  continuous (covariate) : age ,
>>>             >  Left-Lateral-Ventricle
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ---------------------------------------------------------------------------
>>>             >             >  which one click before analyze?
>>>             >             >
>>>             >             >         age range is 12years~24years/
>>>             >             >         all subjects are adolescent.
>>>             >             >         and no outlier in age range..
>>>             so.. age
>>>             >             (continuous factor) does not
>>>             >             >  nasessart?
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >  2015-05-29 1:19 GMT+09:00 A-reum Min
>>>             >             <naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
<mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>>
>>>             >             >  <mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             >             <mailto:naniyaah@gmail.com
<mailto:naniyaah@gmail.com>>>>:
>>>             >             >   hello developer~
>>>             >             >  reconstruction is well done, so i'm
>>>             doing on
>>>             >             'qdec' step..
>>>             >             >  Actually, i don't know how to treat
the
>>>             Design
>>>             >             menu exactly..
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ---------------------------------------------------------------------------
>>>             >             >  Discrete(fixed factors) : diagnosis
>>>             >             >  continuous (covariate) : age ,
>>>             >  Left-Lateral-Ventricle
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ---------------------------------------------------------------------------
>>>             >             >  which one click before analyze?
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >  2015-04-05 21:41 GMT+09:00 Bruce
Fischl
>>>             >             >         <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>:
>>>             >             >   I'm glad it worked out
>>>             >             >   Bruce
>>>             >             >   On Sun, 5 Apr 2015, A-reum Min
wrote:
>>>             >             >
>>>             >             >         Hello Bruce~
>>>             >             >         You're right.. my PISA dicom
file
>>>             >             header
>>>             >             >         is too short
>>>             >             >         so, freesurfer didn't read
it.
>>>             >             >
>>>             >             >         Therefore I use another
subjects
>>>             dicom
>>>             >             >         file and then freesurfer read
it!
>>>             >             >
>>>             >             >         thank you for u r adavice to
me.
>>>             >             >
>>>             >             >         I really appreciate u
>>>             >             >
>>>             >             >         2015-04-05 7:08 GMT+09:00
Bruce
>>>             Fischl
>>>             >             >         <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>             >             >  <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>:
>>>             >             > Hi  A-reum
>>>             >             >
>>>             >             >                 the problem is that
newer
>>>             >             versions
>>>             >             >           of scanner software
compress
>>>             >             > dicoms and the version of FS you
>>>             >             >           have doesn't know how to
read
>>>             >             >                 it. So you need to
>>>             decompress
>>>             >             them
>>>             >             >           before passing them to
>>>             >             > recon-all
>>>             >             >
>>>             >             > cheers
>>>             >             > Bruce
>>>             >             >                 On Sun, 5 Apr 2015,
>>>             A-reum Min
>>>             >             >           wrote:
>>>             >             >
>>>             >             >   Hello developer~
>>>             >             >
>>>             >             >   Can you summarize what the
>>>             >             >           problem is?
>>>             >             >   ==>
>>>             >             >   my problem is recon-all -i
>>>             >             >           didn't working...
>>>             >             >   so, if i type the recon-all
>>>             >             >           -i~then show up theses
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >   ERROR: 32512, see
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             /tmp/root.tmp.decompressed.dcm.55srMV.dcmdjpeg.out
>>>             >             >   for
>>>             >             >   more details
>>>             >             >   Linux localhost.localdomain
>>>             >             > 2.6.32-504.el6.x86_64 #1
>>>             >             >   SMP Wed Oct 15 04:27:16
>>>             >             >   UTC 2014 x86_64 x86_64
>>>             >             >           x86_64 GNU/Linux
>>>             >             >
>>>             >             >  dcmdjpeg.fs: error while
>>>             >             >           loading shared libraries:
>>>             >             >  libijg8.so.3.6: cannot
>>>             >             >   open shared object file: No
>>>             >             >           such file or directory
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >
>>>             >             >   then, i click the
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             root.tmp.decompressed.dcm.55srMV.dcmdjpeg.out,
>>>             >             >           show
>>>             >             >   up
>>>             >             >   these
>>>             >             >  dcmdjpeg.fs: error while
>>>             >             >           loading shared libraries:
>>>             >             >  libijg8.so.3.6: cannot
>>>             >             >   open shared object file: No
>>>             >             >           such file or directory
>>>             >             >
>>>             >             >   Are you trying to read
>>>             >             >           compressed dicom?
>>>             >             >   ==>
>>>             >             >   Am i trying to read
>>>             >             >           compressed dicom?
>>>             >             >   I send my 10071579.dicom(i
>>>             >             >           use this) to you,
>>>             >             >   using -i, convert the dicom
>>>             >             >           file to mgh file. i just
>>>             >             >   know that dicom file
>>>             >             >   convert to mgz format using
>>>             >             >           -i /my data path
>>>             >             >   Is it right..??
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >   If so, Can you try running
>>>             >             >           dcmdjpeg on it to create
>>>             >             >   a new (uncompressed)
>>>             >             >   series and give that to
>>>             >             >           recon-all?
>>>             >             >   ==> (actually, i didn't
>>>             >             >           understand your sentence
>>>             >             >   means perfectly..)
>>>             >             >   zeke
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 tomeaurl(ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu//pub/dist/freesurfer/dev_binaries/c
>>>             >             >
>>>             >             >           en
>>>             >             > t
>>>             >             > os6_x86_64/dcmdjpeg.fs)
>>>             >             > and then, replace my
>>>             >             >           existing
>>>             >             >
>>>             >             > $FREESURFER_HOME/bin/dcmdjpeg.fs
file.
>>>             >             > Also, make sure it is set to
>>>             >             >           executable by typing
>>>             >             > the following in a
>>>             >             > terminal window:
>>>             >             > $> chmod a+x
>>>             >             > $FREESURFER_HOME/bin/dcmdjpeg.fs
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             > 2015-04-05 2:30 GMT+09:00
>>>             >             >           Bruce Fischl
>>>             >             >
>>>             >             >           <fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>             >             >  <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:fischl@nmr.mgh.harvard.edu>>>>:
>>>             >             >  Hi  A-reum
>>>             >             >
>>>             >             >  sorry, I'm coming into
>>>             >             >           this late. Can you
>>>             >             >  summarize what the
>>>             >             >  problem is? Are you
>>>             >             >           trying to read compressed
>>>             >             >   dicom? If so, can
>>>             >             >  you try running
>>>             >             >           dcmdjpeg on it to create a
new
>>>             >             >  (uncompressed)
>>>             >             >  series and give that
>>>             >             >           to recon-all?
>>>             >             >
>>>             >             >  cheers
>>>             >             >  Bruec
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >         On Sat, 4 Apr 2015,
>>>             >             >           A-reum Min wrote:
>>>             >             >
>>>             >             >    Hello
>>>             >             > developers..
>>>             >             >
>>>             >             >    i type the
>>>             >             >           recon-all -i~then show up
>>>             >             >   theses
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >    ERROR: 32512,
>>>             >             >           see
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             /tmp/root.tmp.decompressed.dcm.55srMV.dcmdjpeg.out
>>>             >             >    for
>>>             >             >    more details
>>>             >             >    Linux
>>>             >             > localhost.localdomain
>>>             >             >  2.6.32-504.el6.x86_64 #1
>>>             >             >    SMP Wed Oct 15
>>>             >             >           04:27:16
>>>             >             >    UTC 2014 x86_64
>>>             >             >           x86_64 x86_64 GNU/Linux
>>>             >             >
>>>             >             >    dcmdjpeg.fs:
>>>             >             >           error while loading shared
>>>             >             >  libraries:
>>>             >             >    libijg8.so.3.6:
>>>             >             >           cannot
>>>             >             >    open shared
>>>             >             >           object file: No such file
or
>>>             >             >  directory
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >
>>>             >             >    error is occured
>>>             >             >           (a little differntly..)
>>>             >             >    then, i click
>>>             >             >           the
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             root.tmp.decompressed.dcm.55srMV.dcmdjpeg.out,
>>>             >             >           show
>>>             >             >    up
>>>             >             >    these
>>>             >             >
>>>             >             >    dcmdjpeg.fs:
>>>             >             >           error while loading shared
>>>             >             >  libraries:
>>>             >             >    libijg8.so.3.6:
>>>             >             >           cannot
>>>             >             >    open shared
>>>             >             >           object file: No such file
or
>>>             >             >  directory
>>>             >             >
>>>             >             >    i'm so sorry..to
>>>             >             >           bother you..
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >    2015-04-04 9:21
>>>             >             >           GMT+09:00 A-reum Min
>>>             >             >
>>>             >             >           <naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             >             <mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>>
<mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>
>>>             >             <mailto:naniyaah@gmail.com
>>>             <mailto:naniyaah@gmail.com>>>>:
>>>             >             >            hello
>>>             >             >
>>>             >             >    i type the
>>>             >             >           recon-all -i~
>>>             >             >    then show up
>>>             >             >           theses
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >    +++++++
>>>             >             >
>>>             >             >    ERROR: 32256,
>>>             >             >           see
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             /tmp/root.tmp.decompressed.dcm.XhbJG3.dcmdjpeg.out
>>>             >             >    for more details
>>>             >             >    Linux
>>>             >             > localhost.localdomain
>>>             >             >  2.6.32-504.el6.x86_64 #1
>>>             >             >    SMP Wed Oct 15
>>>             >             >    04:27:16 UTC
>>>             >             >           2014 x86_64 x86_64 x86_64
>>>             >             >  GNU/Linux
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >    +++++++
>>>             >             >    the error is
>>>             >             >           occured (a little
>>>             >             >  differntly..)
>>>             >             >    then, i click
>>>             >             >           the
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             /tmp/root.tmp.decompressed.dcm.XhbJG3.dcmdjpeg.out,
>>>             >             >    show iuo these
>>>             >             >
>>>             >             >    sh:
>>>             >             >
>>>             >             >
/usr/local/freesurfer/bin/dcmdjpeg.fs:
>>>             >             >
>>>             >             > /lib/ld-linux.so.2: bad ELF
>>>             >             >    interpreter: No
>>>             >             >           such file or directory
>>>             >             >
>>>             >             >    plz help me
>>>             >             >    2015-04-04 4:12
>>>             >             >           GMT+09:00
>>>             >             >
>>>             >             >         
 <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>             >             >  <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>             >             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
>>>             <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>>>:
>>>             >             >           A-reum,
>>>             >             >
>>>             >             >        Please
>>>             >             >           download the following
>>>             >             > file:
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >
>>>           
 ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu//pub/dist/freesurfer/dev_binaries/centos6_
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             > x86_64/dcmdjpeg.fs
>>>             >             >
>>>             >             >          And
>>>             >             >           replace your existing
>>>             >             >
>>>             >             > $FREESURFER_HOME/bin/dcmdjpeg.fs
>>>             >             >          file with
>>>             >             >           the
>>>             >             >          one from
>>>             >             >           the link above. Also,
>>>             >             >   make sure it is
>>>             >             >    set to
>>>             >             >          executable
>>>             >             >           by typing
>>>             >             >          the
>>>             >             >           following in a terminal
>>>             >             >   window:
>>>             >             >
>>>             >             >          $> chmod
>>>             >             >           a+x
>>>             >             >
>>>             >             > $FREESURFER_HOME/bin/dcmdjpeg.fs
>>>             >             >
>>>             >             >          And then
>>>             >             >           try again.
>>>             >             >
>>>             >             >          -Zeke
>>>             >             >
>>>             >             >
>>>             >             >          > Hi
>>>             >             >           doug... recon-all dosen't
>>>             >             >  working..
>>>             >             >          >
>>>             >             >          > If i
>>>             >             >           type the recon-all -i~

_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer


The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.