On Fri, Sep 19, 2014 at 1:24 PM, <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

Mahmoud,

If I recall correctly, your on a virtual machine with the /mnt/hgfs/mydata
directory being a shared directory, and you werent able to write to it
when running recon-all.

So, what you want to do is create another directory within your virtual
machine that holds your subjects data. You will still need the
$FREESURFER_HOME/subjects directory because that directory contains files
required by recon-all, so you will have a separate directory which
contains your subjects.

You should not be creating symlinks or anything like that.

Just restore the fsaverage directory from the link I sent you back into
$FREESURFER_HOME/subjects, put your subject data somewhere else in the VM,
and run recon-all with the correct arguments.

-Zeke

> yes, that is true. If it's already there the symlink will fail. You
> should be able to rm it if it is there an incorrect (or leave it if it is
> there and correct)
> On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>
>> Bruce and Zeke,
>> Thank you so much for your advice.
>> The last question before running the recon again. if I say:
>> cdÂ /mnt/hgfs/mydata
>> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>> It means that I shouldn't already have the fsaverage under /mydata
>> directory, right ?
>>
>> Mahmoud
>>
>> On Fri, Sep 19, 2014 at 12:09 PM, Bruce Fischl
>> <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> wrote:
>> the easiest thing to do is:
>>
>> cdÂ /mnt/hgfs/mydata
>> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>>
>> then you don't have to worry about source and target. It will
>> implicitly create the symlink in $PWD
>>
>> cheers
>> Bruce
>> On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>>
>> Bruce,
>>
>> By "symlink from your /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" you mean
>> "ln -s
>> /mnt/hgfs/mydata/fsaverageÂ
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" ?
>> which fsaverage is the target ?
>>
>> Thanks,
>> Mahmoud
>>
>> On Fri, Sep 19, 2014 at 9:50 AM, Mahmoud
>> <zeydabadi@gmail.com> wrote:
>> Â Â Â Bruce,
>> Thank you for your follow up and advice. Please let
>> me know:
>> 1- How to download the fsaverage again?
>> 2- should I do the symlink manually or it will be
>> done by recon-all
>> later ?
>> 3- What steps should I take before running the
>> recon-all -all ? should
>> I create any specific directory? set any permission
>> ?
>>
>> Best,
>> Mahmoud
>>
>> On Fri, Sep 19, 2014 at 9:41 AM, Bruce Fischl
>> <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
>> Â Â Â yes, you symlinked it to itself which is why
>> you are
>> Â Â Â getting the infinite recursion error. You need
>> to delete
>> Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>> Â Â Â and download the fsaverage dir again, put it
>> in that
>> Â Â Â directory, then symlink from your
>> Â Â Â /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to
>> Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>> Â Â Â cheers
>> Â Â Â Bruce
>> Â Â Â On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Bruce,
>>
>> Â Â Â Â Â Â I already had my data in a shared folder
>> Â Â Â Â Â Â (/mnt/hgfs/mydata) but I got the
>> Â Â Â Â Â Â permission error the same point that I
>> got the
>> Â Â Â Â Â Â symlink error lastly. So, I
>> Â Â Â Â Â Â tought that might be due to something
>> related
>> Â Â Â Â Â Â to shared directory.
>> Â Â Â Â Â Â Then I copied my subjects under the
>> Â Â Â Â Â Â $SUBJECTS_DIR but got the symlink error.
>>
>> Â Â Â Â Â Â running ls -l
>> /usr/local/freesurfer/subjects
>> Â Â Â Â Â Â /fsaverageÂ shows me this:
>>
>> Â Â Â Â Â Â lrwxrwxrwx 1 mahmoud mahmoud 40 Sep 18
>> 20:23
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>> ->
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>> Â Â Â Â Â Â Thank you,
>> Â Â Â Â Â Â Mahmoud
>>
>>
>> Â Â Â Â Â Â On Fri, Sep 19, 2014 at 9:23 AM, Bruce
>> Fischl
>> Â Â Â Â Â Â <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> Â Â Â Â Â Â wrote:
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â theÂ directory
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects is for
>> subjects
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â that we distribute and NOT where
>> you
>> Â Â Â Â Â Â should be putting your
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â subject data. Is that what you
>> are
>> Â Â Â Â Â Â doing? You may have
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â overwritten the fsaverage dir
>> there. Can
>> Â Â Â Â Â Â you run:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â ls -l
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â and send us the results?
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â you should create a directory
>> elsewhere
>> Â Â Â Â Â Â with your subject data
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â and point SUBJECTS_DIR at it
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â cheers
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bruce
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud
>> wrote:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Bruce,
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Here is the info when I
>> open
>> a new
>> Â Â Â Â Â Â terminal:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â --------
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â --------
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Setting up environment
>> for
>> Â Â Â Â Â Â FreeSurfer/FS-FAST (and
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FSL)
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FREESURFER_HOMEÂ Â
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FSFAST_HOMEÂ Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/fsfast
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SUBJECTS_DIRÂ Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> MNI_DIRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/mni
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ubuntu:~>
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â On Fri, Sep 19, 2014 at
>> 8:56
>> AM,
>> Â Â Â Â Â Â Bruce Fischl
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â wrote:
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â can you tell us
>> what
>> your
>> Â Â Â Â Â Â FREESURFER_HOME is
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â and what your
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SUBJECTS_DIR
>> is? You
>> will
>> Â Â Â Â Â Â need to remove the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â broken link
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â probably
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â On Fri, 19 Sep
>> 2014,
>> Mahmoud
>> Â Â Â Â Â Â wrote:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Hi
>> Bruce,
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Actually I
>> couldn't.
>> Â Â Â Â Â Â It says: ls: cannot
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â access
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage: Too
>> Â Â Â Â Â Â many
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â levels
>> of
>> symbolic
>> Â Â Â Â Â Â links
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â And
>> even I
>> couldn't cd
>> Â Â Â Â Â Â to fsaverage !
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â In
>> fact there is
>> no
>> Â Â Â Â Â Â directoryÂ under
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SUBJETCS_DIR
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â named
>> fsaverage,
>> it
>> Â Â Â Â Â Â seems
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â the
>> fsaverage
>> under
>> Â Â Â Â Â Â SUBJETCS_DIR is just
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â a broken
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â link,
>> and I have
>> no
>> Â Â Â Â Â Â idea
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â why
>> the the link
>> is
>> Â Â Â Â Â Â broken and how to
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â fix it.
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Any
>> help would
>> be
>> Â Â Â Â Â Â highly appreciated !
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Thank
>> you,
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Mahmoud
>>
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â On
>> Fri, Sep 19,
>> 2014
>> Â Â Â Â Â Â at 8:21 AM, Bruce
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Fischl
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â wrote:
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Hi Mahmoud
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â were you
>> able to
>> Â Â Â Â Â Â create a symlink
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â to fsaverage
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â in
>> your
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â
>> SUBJECTS_DIR? If
>> Â Â Â Â Â Â not, that is the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â reason for
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â this
>> error
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Bruce
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â On Thu, 18
>> Sep
>> Â Â Â Â Â Â 2014, Mahmoud
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â wrote:
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Dear
>> all,
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> After
>> Â Â Â Â Â Â running "recon-all -i
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> $SUBJECTS_DIR/Case018/case018_tp2/22-1.dcm
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> -subject
>> Â Â Â Â Â Â case018_tp2 -all"
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â I'm always
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> getting the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> following
>> Â Â Â Â Â Â error and really
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> don't know
>> Â Â Â Â Â Â how to fix.Â
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Could
>> Â Â Â Â Â Â anybody please help
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â me. The
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> recon-all.log
>> file
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â is
>> Â Â Â Â Â Â attached.
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Thank you,
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Mahmoud
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Reporting
>> Â Â Â Â Â Â on Â 70
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â segmentations
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â mri_segstats done
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> #--------------------------------------------
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â #@#
>> BA
>> Â Â Â Â Â Â Labels lh Thu Sep 18
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 20:23:27 EDT
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 2014
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> INFO:
>> Â Â Â Â Â Â fsaverage subject does
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â not exist
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â in
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â SUBJECTS_DIR
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> INFO:
>> Â Â Â Â Â Â Creating symlink to
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â fsaverage
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> subject...
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â cd
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects; ln
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â -s
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage; cd
>> Â Â Â Â Â Â -Â
>>
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â mri_label2label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â --srcsubject fsaverage
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> --srclabel
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â --trgsubject
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â case018_tp2 --trglabel
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ./lh.BA1.label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â --hemi
>> lh
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â --regmethod surfaceÂ
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Too
>> many
>> Â Â Â Â Â Â levels of symbolic
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â links
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â mri_label2label: could not
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â open label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â file
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> srclabel =
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> srcsubject
>> Â Â Â Â Â Â = fsaverage
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> trgsubject
>> Â Â Â Â Â Â = case018_tp2
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> trglabel =
>> Â Â Â Â Â Â ./lh.BA1.label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> regmethod
>> Â Â Â Â Â Â = surface
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> srchemi =
>> Â Â Â Â Â Â lh
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> trghemi =
>> Â Â Â Â Â Â lh
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> trgsurface
>> Â Â Â Â Â Â = white
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> srcsurfreg
>> Â Â Â Â Â Â = sphere.reg
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> trgsurfreg
>> Â Â Â Â Â Â = sphere.reg
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> usehash =
>> Â Â Â Â Â Â 1
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Use
>> Â Â Â Â Â Â ProjAbs Â = 0, 0
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Use
>> Â Â Â Â Â Â ProjFrac = 0, 0
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> DoPaint 0
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â SUBJECTS_DIR Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer/subjects
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â FREESURFER_HOME
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â /usr/local/freesurfer
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Loading
>> Â Â Â Â Â Â source label.
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Invalid
>> Â Â Â Â Â Â argument
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> ERROR
>> Â Â Â Â Â Â reading
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Linux
>> Â Â Â Â Â Â ubuntu
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 3.13.0-35-generic
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> #62-Ubuntu SMP
>> Fri
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Aug
>> 15
>> Â Â Â Â Â Â 01:58:42 UTC 2014
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> x86_64
>> Â Â Â Â Â Â x86_64 x86_64
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â GNU/Linux
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> recon-all
>> Â Â Â Â Â Â -s case018_tp2
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â exited with
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ERRORS
>> at Thu
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Sep
>> 18
>> Â Â Â Â Â Â 20:23:27 EDT 2014
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â For
>> more
>> Â Â Â Â Â Â details, see the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â log file
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/scripts/recon-all.log
>>
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> _______________________________________________
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Freesurfer
>> mailing
>> Â Â Â Â Â Â list
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â
>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>
>>
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â The
>> information
>> in
>> Â Â Â Â Â Â this e-mail is
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â intended only for
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â the
>> person to
>> whom
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â it is
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> addressed. If
>> you
>> Â Â Â Â Â Â believe this e-mail
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â was sent to
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â you in
>> error and
>> the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â e-mail
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> contains patient
>> Â Â Â Â Â Â information, please
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â contact the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Partners
>> Compliance
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> HelpLine at
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
>> Â Â Â Â Â Â http://www.partners.org/complianceline .
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â If the
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â e-mail
>> was sent
>> to you
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â in
>> error
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â but
>> does not
>> contain
>> Â Â Â Â Â Â patient
>> Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â information, please
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