Hi Caspar

I'm not sure what to tell you. There are bright spots and rings out near the pial surface that are probably part of your problem, and the images even in the zoom look really inhomogenous. I don't think we ever have to add thousands of control points, but I have no experiences with NHP data.

cheers
Bruce

On Fri, 4 Oct 2013, Caspar M. Schwiedrzik wrote:

Hi Bruce,
another update: I now set more than 2000 control points which significantly
improved the pial surface. I am still fighting with a few places though, in
particular medially and orbitofrontal.
I attached a screenshot of the problem that I am facing medially. Is this a
situation where even more control points can help?
Orbitofrontally, the issue seems to be that I cannot clearly discern white
matter from some point on, so there is nothing to grow out from
Caspar


2013/10/3 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu>
      Hi Bruce,
sorry, I meant to say that data is conformed.
It is primate data. I am having trouble with this particular data set
only; the other ones are at the same resolution and worked fine.
I am attaching another screenshot to show that the control points
unfortunately do not solve the problem. See occipital lobe.
Caspar


2013/10/3 Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
      Hi Caspar,

      that's probably part of the problem. Is this human data?
      If you actually run it at 1mm (conforming it) does it work
      better?
      Bruce


      On Thu, 3 Oct 2013, Caspar M. Schwiedrzik wrote:

            It is originally 0.5x0.5x0.5 mm but we are
            pretending it's 1x1x1 mm.
            Caspar


            2013/10/3 Bruce Fischl
            <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
                  what resolution?
                  On Thu, 3 Oct 2013, Caspar M.
            Schwiedrzik wrote:

                        This was a fairly regular MPRAGE,
            unfortunately not
                        very well optimized for
                        contrast. However, the main issue
            seems to be that
                        the data were acquired
                        with a surface coil here. That
            made some of the
                        brain extremely bright
                        (close to the coil) and some of
            the brain pretty
                        dark (far away from the
                        coil). In the screenshot that I
            sent you, there is
                        some gray matter that has
                        values between 95-100, which is
            well captured by the
                        pial surface, while the
                        grey matter in the more medial
            areas has values
                        between 70 and 80. The
                        transition where the pial surface
            starts to fail is
                        when the gray matter
                        values drop from above 90 to below
            90.
                        Caspar


                        2013/10/3 Bruce Fischl
            <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
                              hmmmm. Can you tell us more
            about the
                        acquisition?
                              On Thu, 3 Oct 2013, Caspar
            M. Schwiedrzik
                        wrote:

                                    the white matter is
            mostly between 100
                        and 110 in
                                    these regions. at
            least in
                                    the center of the wm,
            the voxels are
                        almost all 110.
                                    caspar


                                    2013/10/3 Bruce Fischl
                        <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
                                          is the WM in
            those regions already
                        close to
                                    110? No, there is no
                                          way to normalize
            GM intensity (it
                        has too much
                                    biological
                                          variability over
            the brain)

                                          On Thu, 3 Oct
            2013, Caspar M.
                        Schwiedrzik
                                    wrote:

                                          Thanks, Bruce.
            The problem is
                        fairly
                                    extensive. There is
                                          no way to do
                                          normalize grey
            matter intensity
                        (the white
                                    surface looks
                                          pretty
            good)?Caspar

                                          On Thursday,
            October 3, 2013,
                        Bruce Fischl
                                    wrote:
                                                Hi Caspar

                                                try
            putting control points
                        in the white
                                    matter where
                                          the pial
                                                surface
            doesn't get out far
                        enough.

                                                cheers
                                                Bruce
                                                On Thu, 3
            Oct 2013, Caspar
                        M.
                                    Schwiedrzik wrote:

                                                      Hi
            Freesurfer Experts,
                                                      I am
            working on a
                        fairly noisy and
                                          inhomogeneous
                                                     
            MPRAGE T1 and I am
                        having
                                                     
            trouble getting the
                        pial surface
                                    to go all the
                                          way
                                                     
            through the grey
                        matter.
                                                     
            Please see screenshot
                        attached.
                                    These data
                                          were
                                                     
            acquired with a
                        surface coil
                                                      and
            the grey matter
                        varies a lot
                                    in intensity.
                                                     
            Interestingly, the
                        pial
                                                     
            surface growing
                        process fails
                                    where the grey
                                          matter
                                                      is
            fairly dark. I have
                                                     
            tried several rounds
                        of
                                    normalizing using the
                                          N3
                                                      tool
            but that didn't
                        change
                                                     
            anything.
                                                     
            Thanks for any advice
                        on this,
                                    Caspar




                                                The
            information in this
                        e-mail is
                                    intended only for
                                          the person
                                                to whom it
            is
                                                addressed.
            If you believe
                        this e-mail
                                    was sent to
                                          you in error
                                                and the
            e-mail
                                                contains
            patient
                        information, please
                                    contact the
                                          Partners
                                                Compliance
            HelpLine at
                                               
                       
            http://www.partners.org/complianceline .
                                    If the
                                          e-mail was sent
                                                to you in
            error
                                                but does
            not contain patient
                                    information, please
                                          contact the
                                                sender and
            properly
                                                dispose of
            the e-mail.