Hi Bruce,
Thanks Bruce.
When I run this command:mri_surf2vol --surfval rh.36sb.10.mgh --hemi rh --fillribbon --subject fsaverage --template /mnt/sdb1/psylab16/BACKUP/freesurfer/freesurfer/subjects/fsaverage/mri/orig --o test.nii; it echo this error message:
====================================
gdiagno = -1
Using identity matrix for registration
Overriding reg subject fsaverage with fsaverage
corRead(): can't open file ../fsaverage/mri/orig/COR-.info
mri_surf2vol ERROR: reading ../fsaverage/mri/orig header
================================================
I have no idea about that.
Would you please help me?
All the best.
Rujing Zha
2014-03-15
charujing123
发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2014-03-15 21:41
主题：Re: [Freesurfer] Fw: Re: convert sig.mgh into *.nii
收件人："charujing123"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hi Rujing 
 
1. whatever subject's surface the data is mapped to (probably fsaverage in  
this case, but I haven't been following the conversation). 
 
2. mri_or should do the trick: 
 
mri_or left_hemi.mgz right_hemi.mgz both_hemis.mgz 
 
 
cheers 
Bruce 
 
 
On Sat, 15 Mar 2014, charujing123 wrote: 
 
> Hi Bruce and other FS experts, 
> Thanks Bruce. 
> 1,How can I adding them? 
> 2,--identity option need to applied one subject's name. Which subject should 
> I supply? or can it be anyone? 
> Thanks again. 
> All the best. 
> Rujing Zha 
>   
> 2014-03-15 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> charujing123 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> 
> 发送时间：2014-03-15 21:30 
> 主题：Re: [Freesurfer] Fw: Re: convert sig.mgh into *.nii 
> 收件人："charujing123"<charujing123@163.com> 
> 抄送："freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
>   
> Hi Rujing  
>   
> 1. No, you can always combine the hemispheres into a volume later (e.g. by 
?? ?  
> adding them).  
>   
> 2. Try --identity <subject name>  
>   
> cheers  
> Bruce  
>   
>   
> On Sat, 15   
> Mar 2014, charujing123 wrote:  
>   
> > Hi doug and other FS experts,  
> > Thanks doug.  
> > I have 2 new questions:  
> > 1,What you told me is generate a hemisphere. So there is only one hemisph 
> ere  
> > I can see in the AFNI?  
> > 2,After typing this code:  
> > "mri_surf2vol --surfval rh.36sb.10.mgh --hemi rh --fillribbon --subject  
> > fsaverage --template/mnt/sdb1/psylab16/BACKUP/freesurfer/freesurfer/subje 
> cts/fsaverage/mri/orig  
> > --o test.nii."  
> > the command window echo this error message:  
> > "gdiagno = -1  
> > A volume registration file must be supplied"  
> > Thanks.  
> > All the best.  
> > Rujing Zha  
> >    
> > 2014-03-13  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > charujing123  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > 发件人：Douglas Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>  
> > 发送时间：2014-03-12 23:00  
> > 主题：Re: [Freesurfer] convert sig.mgh into *.nii  
> > 收件人："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>  
> > 抄送：  
> >    
> >   
> > Use mri_surf2vol to do this. Soemthing like  
> >   
> > mri_surf2vol --surfval rh.36...mgh --hemi rh --fillribbon --subject  
> > fsaverage --template $SUBJECTS_DIR/fsaverage/mri/orig --o yourvolume.nii 
?? ?>   
> > doug  
> >   
> >   
> > On 3/11/14 10:10 PM, charujing123 wrote:  
> >       Hi Bruce,  
> > Thanks Bruce.  
> > I knew that code, but I have no idea to deal with my problem after  
> > reading the help. Would you please tell me how to use mri_surf2vol  
> > after I describe my problem details?  
> > I have a file named rh.36sb.score.thickness.10.mgh which is created  
> > from the "mris_preproc --fsgd $FSGDFILE --target fsaverage --hemi  
> > $style --meas thickness --out ${style}.${FSGDFILE%_*}.00.mgh". I want  
> > to convert this file into nii format volume-based, so I can read it by  
> > AFNI.  
> > Thanks.  
> > All the best.  
> > Rujing Zha  
> >    
> > 2014-03-12  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > charujing123  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > 发件人：Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu>  
> > 发送时间：2014-03-12 09:44  
> > 主题：Re: [Freesurfer] convert sig.mgh into *.nii  
> > 收件人："charujing123"<charujing123@163.com>  
> > 抄送："freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>  
> >    
> > try mri_surf2vol with the output volume named .nii   
> >    
> > cheers   
> > Bruce   
> > On Wed, 12 Mar 2014,    
> > charujing123 wrote:   
> >    
> > > Hi doug,   
> > > Thanks doug.   
> > > I try this code, but it represent two dimension for each subject data w 
> he  
> > n   
> > > loaded in the AFNI. Is there any code to volume-based conversion from m 
> gh  
> >  to   
> > > nii?   
> > > All the best.   
> > > Rujing Zha   
> > >     
> > > 2014-03-12   
> > >    
> > > _______________________________________________________________________ 
> __  
> > ___   
> > > charujing123   
> > >    
> > > _______________________________________________________________________ 
> __  
> > ___   
> > > 发件 人：Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu>   
> > > 发送时间：2014-03-12 00:16   
> > > 主题：Re: [Freesurfer] convert sig.mgh into *.nii   
> > > 收件 人："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>   
> > > 抄送：   
> > >     
> > >     
> > > mri_convert file.mgh file.nii    
> > >     
> > > doug    
> > >     
> > > On 03/11/2014 05:55 AM, charujing123 wrote:    
> > > > Hi FS experts,    
> > > > I want to extract time course from sig.mgh. But the *.y.ocn.mgh canno 
> t  
> ?? ?    
> > > > be created. So I want to view it in other formats, such as nii. So ho 
> w  
> ?? ?    
> > > > to convert it into nii format.    
> > > > Thanks.    
> > > > All the best.    
> > > > Rujing Zha    
> > > > 2014-03-11    
> > > > --------------------------------------------------------------------- 
> --  
> > -   
> > ?? ?> charujing123    
> > > >    
> > > >    
> > > > _______________________________________________    
> > > > Freesurfer mailing list    
> > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu    
> > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer    
> > >     
> > > --     
> > > Douglas N. Greve, Ph.D.    
> > > MGH-NMR Center    
> > > greve@nmr.mgh.harvard.edu    
> > > Phone Number: 617-724-2358    
> > > Fax: 617-726-7422    
> > >     
> > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting    
> > > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2    
> > > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html    
> > > Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve 
> /  
> ?? ?   
> > >     
> > > _______________________________________________    
> > > Freesurfer mailing list    
> > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu    
> > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer    
> > >     
> > >     
> > > The information in this e-mail is intended only for the person to whom 
?? ?it  
> >  i   
> > > s    
> > > addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the 
?? ?e-  
> > ma   
> > > il    
> > > contains patient information, please contact the Partners Compliance He 
> lp  
> > Li   
> > > ne at    
> > > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you 
?? ?in  
> >  e   
> > > rror    
> > > but does not contain patient information, please contact the sender and 
>  p  
> > ro   
> > > perly    
> > > dispose of the e-mail.    
> > >     
> > >    
> > >   
> >   
> >   
> > _______________________________________________  
> > Freesurfer mailing list  
> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu  
> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer  
> >   
> >   
> >   
> >  
>  
>