At 2012-12-02 05:24:18,"MCLAREN, Donald" <mclaren.donald@gmail.com> wrote:
>Bo Xiang got the following Error Message. Attached are the mtx and
>fsgd file. Does anyone what caused the error?
>
>>
>>On Fri, Nov 30, 2012 at 8:28 AM, xiangbo_2010 <xiangbo_2010@126.com> wrote:
>>> Dear Donald McLaren
>>>
>>>        I used the contrast to run, but the error is appear:
>>>
>>> mri_glmfit --y lh.gender_age.thickness.10.mgh --fsgd COMTthreeinteryes.fsgd
>>> dods --C COMTthreeinteryes.mtx --surf fsaverage rh --cortex --glmdir
>>> lh.COMTthree.glmdir
>>>
>>> gdfReadHeader: reading COMTthreeinteryes.fsgd
>>> INFO: DeMeanFlag keyword not found, DeMeaning will NOT be done.
>>> Continuous Variable Means (all subjects)
>>> 0 age 26.2227 11.3891
>>> Class Means of each Continuous Variable
>>> 1 MAC  23.9333
>>> 2 MAD  23.5455
>>> 3 MAE  24.5000
>>> 4 MBC  28.6923
>>> 5 MBD  26.3158
>>> 6 MBE  30.3750
>>> 7 FAC  24.1707
>>> 8 FAD  26.4643
>>> 9 FAE  25.0909
>>> 10 FBC 25.9130
>>> 11 FBD  31.5217
>>> 12 FBE 34.0000
>>> INFO: gd2mtx_method is dods
>>> Reading source surface /media/freesurfer1/CT/fsaverage/surf/rh.white
>>> Number of vertices 163842
>>> Number of faces    327680
>>> Total area         65020.765625
>>> AvgVtxArea       0.396850
>>> AvgVtxDist       0.717994
>>> StdVtxDist       0.193566
>>>
>>> $Id: mri_glmfit.c,v 1.196.2.6 2011/05/05 20:54:25 greve Exp $
>>> cwd /media/freesurfer1/CT
>>> cmdline mri_glmfit --y lh.gender_age.thickness.10.mgh --fsgd
>>> COMTthreeinteryes.fsgd dods --C COMTthreeinteryes.mtx --surf fsaverage rh
>>> --cortex --glmdir lh.COMTthree.glmdir
>>> sysname  Linux
>>> hostname psylab-desktop
>>> machine  x86_64
>>> user     psylab
>>> FixVertexAreaFlag = 1
>>> UseMaskWithSmoothing     1
>>> OneSampleGroupMean 0
>>> y    /media/freesurfer1/CT/lh.gender_age.thickness.10.mgh
>>> logyflag 0
>>> usedti  0
>>> FSGD COMTthreeinteryes.fsgd
>>> labelmask  /media/freesurfer1/CT/fsaverage/label/rh.cortex.label
>>> maskinv 0
>>> glmdir lh.COMTthree.glmdir
>>> IllCondOK 0
>>> ReScaleX 1
>>> DoFFx 0
>>> Creating output directory lh.COMTthree.glmdir
>>> Loading y from /media/freesurfer1/CT/lh.gender_age.thickness.10.mgh
>>> INFO: gd2mtx_method is dods
>>> Saving design matrix to lh.COMTthree.glmdir/Xg.dat
>>> Normalized matrix condition is 82.694
>>> Matrix condition is 73313.7
>>> Found 149926 points in label.
>>> Pruning voxels by thr: 0.000000
>>> Found 149926 voxels in mask
>>> Saving mask to lh.COMTthree.glmdir/mask.mgh
>>> Reshaping mriglm->mask...
>>> search space = 74490.928733
>>> MatrixReadTxT: could not scan value [3][1]
>>>
>>> ERROR: loading C COMTthreeinteryes.mtx
>>>
>>> thanks!
>>>
>>> Bo Xiang
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> At 2012-11-30 06:25:12,"MCLAREN, Donald" <mclaren.donald@gmail.com> wrote:
>>>>Yes.
>>>>
>>>>Best Regards, Donald McLaren
>>>>=================
>>>>D.G. McLaren, Ph.D.
>>>>Research Fellow, Department of Neurology, Massachusetts General Hospital
>>>> and
>>>>Harvard Medical School
>>>>Postdoctoral Research Fellow, GRECC, Bedford VA
>>>>Website: http://www.martinos.org/~mclaren
>>>>Office: (773) 406-2464
>>>>=====================
>>>>This e-mail contains CONFIDENTIAL INFORMATION which may contain PROTECTED
>>>>HEALTHCARE INFORMATION and may also be LEGALLY PRIVILEGED and which is
>>>>intended only for the use of the individual or entity named above. If the
>>>>reader of the e-mail is not the intended recipient or the employee or agent
>>>>responsible for delivering it to the intended recipient, you are hereby
>>>>notified that you are in possession of confidential and privileged
>>>>information. Any unauthorized use, disclosure, copying or the taking of any
>>>>action in reliance on the contents of this information is strictly
>>>>prohibited and may be unlawful. If you have received this e-mail
>>>>unintentionally, please immediately notify the sender via telephone at
>>>> (773)
>>>>406-2464 or email.
>>>>
>>>>
>>>>On Wed, Nov 28, 2012 at 3:27 AM, xiangbo_2010 <xiangbo_2010@126.com> wrote:
>>>>> Dear Donald McLaren
>>>>>
>>>>>>>  I want to make interaction between factor 1 (A,B) and factor 2
>>>>>>> (C,D,E).
>>>>>>> age
>>>>>
>>>>>>> and  gender (M,F)
>>>>>>>  as covariates, I can get 12 classes: ACM ADM AEM BCM BDM BEM ACF ADF
>>>>>>> AEF
>>>>>>> BCF BDF BEF and make the contrast:
>>>>>>>
>>>>>>> +ACM -ADM 0 -BCM +BDM 0 +ACF -ADF 0 -BCF +BDF 0 age age age age age age
>>>>>>> age age age age age age
>>>>>>> 0 +ADM -AEM 0 -BDM +BEM 0 +ADF -AEF 0 -BDF +BEF age age age age age age
>>>>>>> age age age age age age
>>>>> because the age and gender as covariates, the column of age should be
>>>>> instead of 0. the constrast is following:
>>>>>
>>>>>  1 -1 0 -1 1 0 1 -1 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>  0 1 -1 0 -1 1 0 1 -1 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>> is correct? thanks!
>>>>>
>>>>> Bo Xiang
>>>>>
>>>>>
>>>>> At 2012-11-22 11:15:08,"MCLAREN, Donald" <mclaren.donald@gmail.com>
>>>>> wrote:
>>>>>>Please provide us with what each column represents. There seems to be
>>>>>>too many zeros.
>>>>>>
>>>>>>Best Regards, Donald McLaren
>>>>>>=================
>>>>>>D.G. McLaren, Ph.D.
>>>>>>Research Fellow, Department of Neurology, Massachusetts General Hospital
>>>>>> and
>>>>>>Harvard Medical School
>>>>>>Postdoctoral Research Fellow, GRECC, Bedford VA
>>>>>>Website: http://www.martinos.org/~mclaren
>>>>>>Office: (773) 406-2464
>>>>>>=====================
>>>>>>This e-mail contains CONFIDENTIAL INFORMATION which may contain PROTECTED
>>>>>>HEALTHCARE INFORMATION and may also be LEGALLY PRIVILEGED and which is
>>>>>>intended only for the use of the individual or entity named above. If the
>>>>>>reader of the e-mail is not the intended recipient or the employee or
>>>>>> agent
>>>>>>responsible for delivering it to the intended recipient, you are hereby
>>>>>>notified that you are in possession of confidential and privileged
>>>>>>information. Any unauthorized use, disclosure, copying or the taking of
>>>>>> any
>>>>>>action in reliance on the contents of this information is strictly
>>>>>>prohibited and may be unlawful. If you have received this e-mail
>>>>>>unintentionally, please immediately notify the sender via telephone at
>>>>>> (773)
>>>>>>406-2464 or email.
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>On Wed, Nov 21, 2012 at 7:26 PM, xiangbo_2010 <xiangbo_2010@126.com>
>>>>>> wrote:
>>>>>>> Dear Donald McLaren
>>>>>>>
>>>>>>>  I want to make interaction between factor 1 (A,B)and factor 2(C,D,E).
>>>>>>> age
>>>>>>> and  gender (M,F)
>>>>>>>  as covariates, I can get 12 classes: ACM ADM AEM BCM BDM BEM ACF ADF
>>>>>>> AEF
>>>>>>> BCF BDF BEF and make the contrast:
>>>>>>>
>>>>>>> +ACM -ADM 0 -BCM +BDM 0 +ACF -ADF 0 -BCF +BDF 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>> 0 +ADM -AEM 0 -BDM +BEM 0 +ADF -AEF 0 -BDF +BEF 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>> 0
>>>>>>>
>>>>>>> is correct? thanks!
>>>>>>>
>>>>>>> Bo Xiang
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> At 2012-11-22 08:55:29,"MCLAREN, Donald" <mclaren.donald@gmail.com>
>>>>>>> wrote:
>>>>>>>>Please explain what are the columns represent.
>>>>>>>>
>>>>>>>>Best Regards, Donald McLaren
>>>>>>>>=================
>>>>>>>>D.G. McLaren, Ph.D.
>>>>>>>>Research Fellow, Department of Neurology, Massachusetts General
>>>>>>>> Hospital
>>>>>>>> and
>>>>>>>>Harvard Medical School
>>>>>>>>Postdoctoral Research Fellow, GRECC, Bedford VA
>>>>>>>>Website: http://www.martinos.org/~mclaren
>>>>>>>>Office: (773) 406-2464
>>>>>>>>=====================
>>>>>>>>This e-mail contains CONFIDENTIAL INFORMATION which may contain
>>>>>>>> PROTECTED
>>>>>>>>HEALTHCARE INFORMATION and may also be LEGALLY PRIVILEGED and which is
>>>>>>>>intended only for the use of the individual or entity named above. If
>>>>>>>> the
>>>>>>>>reader of the e-mail is not the intended recipient or the employee or
>>>>>>>> agent
>>>>>>>>responsible for delivering it to the intended recipient, you are hereby
>>>>>>>>notified that you are in possession of confidential and privileged
>>>>>>>>information. Any unauthorized use, disclosure, copying or the taking of
>>>>>>>> any
>>>>>>>>action in reliance on the contents of this information is strictly
>>>>>>>>prohibited and may be unlawful. If you have received this e-mail
>>>>>>>>unintentionally, please immediately notify the sender via telephone at
>>>>>>>> (773)
>>>>>>>>406-2464 or email.
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>>On Wed, Nov 21, 2012 at 2:50 PM,  <xiangbo_2010@126.com> wrote:
>>>>>>>>> No, I want to compute the interaction between factor 1 and factor 2 ,
>>>>>>>>> gender and age as covariates. thanks
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Bo Xiang
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> 在 2012-11-22 04:22:06，"Douglas N Greve" <greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>>>>>>> 写道：
>>>>>>>>>>Hi Bo, I don't understand the contrast you are trying to make. Are
>>>>>>>>>> you
>>>>>>>>>>really trying to compute the interaction between four variables
>>>>>>>>>> (factor
>>>>>>>>>>1, factor 2, gender, and age)?
>>>>>>>>>>doug
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>On 11/21/2012 10:49 AM, xiangbo_2010 wrote:
>>>>>>>>>>> Dear Donald McLaren
>>>>>>>>>>> Thank you for your reply! I make the contrast according to your
>>>>>>>>>>> method
>>>>>>>>>>> is following，but I want to make interaction between factor 1
>>>>>>>>>>> (A,B)and
>>>>>>>>>>> factor 2(C,D,E), gender (M,F) and one continuous variable (age) as
>>>>>>>>>>> covariates, the following contrast:
>>>>>>>>>>> 2 -2 0 -2 2 0 2 -2 0 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> 0 2 -2 0 -2 2 0 2 -2 0 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> is correct? Thanks!
>>>>>>>>>>> Bo Xiang
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> At 2012-11-21 04:07:37,"MCLAREN, Donald"<mclaren.donald@gmail.com
>>>>>>>>>>> <mailto:mclaren.donald@gmail.com>>  wrote:
>>>>>>>>>>> >On Tue, Nov 20, 2012 at 12:56 PM, Douglas N Greve
>>>>>>>>>>> ><greve@nmr.mgh.harvard.edu  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
>>>>>>>>>>> > wrote:
>>>>>>>>>>> >>  Thanks Donald. Is this the standard way to do this? I had used
>>>>>>>>>>> >> 8
>>>>>>>>>>> >> rows
>>>>>>>>>>> >>  instead of 4 with the difference being that 8 rows gives you an
>>>>>>>>>>> >> opportunity
>>>>>>>>>>> >>  to look for an effect in males OR females.
>>>>>>>>>>> >
>>>>>>>>>>> >Yes. Having 8 rows would tell you if you have an interaction
>>>>>>>>>>> > between
>>>>>>>>>>> >factor 1 and 2 in either males or females. My 4 rows only tell you
>>>>>>>>>>> > if
>>>>>>>>>>> >the interaction exists. Technically speaking, one would run the
>>>>>>>>>>> >three-way interaction first. If nothing existed then you do the
>>>>>>>>>>> >two-way interaction as I suggested. If there is a three-way
>>>>>>>>>>> >interaction, then you would use Doug's approach of the interaction
>>>>>>>>>>> > in
>>>>>>>>>>> >either males or females.
>>>>>>>>>>> >
>>>>>>>>>>> >If there is an effect in both
>>>>>>>>>>> >>  males and females but the effects go in opposite directions,
>>>>>>>>>>> >> then
>>>>>>>>>>> >> the 4 row
>>>>>>>>>>> >>  implementation will resolve to 0 (no effect). Or am I
>>>>>>>>>>> >> misunderstanding
>>>>>>>>>>> >>  something (again:)?
>>>>>>>>>>> >
>>>>>>>>>>> >Nope. You are right. If the male and female effects are different,
>>>>>>>>>>> >then they could cancel each other out. If you suspect this to be
>>>>>>>>>>> > the
>>>>>>>>>>> >case, then you should be able to demonstrate a three-way
>>>>>>>>>>> > interaction.
>>>>>>>>>>> >
>>>>>>>>>>> >>  thanks!
>>>>>>>>>>> >>  doug
>>>>>>>>>>> >>
>>>>>>>>>>> >>
>>>>>>>>>>> >>  On 11/20/2012 01:50 PM, MCLAREN, Donald wrote:
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  Bo,
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  Doug asked me to chime in on your issue. Here are some points
>>>>>>>>>>> >>> that
>>>>>>>>>>> >>> you
>>>>>>>>>>> >>>  (and others) will hopefully find useful.
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (1) Inferences are two-step process. First, you create and
>>>>>>>>>>> >>> estimate
>>>>>>>>>>> >>>  the design matrix. Every column in the design matrix accounts
>>>>>>>>>>> >>> can
>>>>>>>>>>> >>>  account for some of the variance in the data. Second, you have
>>>>>>>>>>> >>>  contrasts that allow you to infer specific effects. Because
>>>>>>>>>>> >>> the
>>>>>>>>>>> >>> model
>>>>>>>>>>> >>>  contains your covariates, you are always controlling for the
>>>>>>>>>>> >>>  covariates and by extension any factor/covariate not in the
>>>>>>>>>>> >>> contrast.
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (2) Forming contrasts is often the most difficult thing to do.
>>>>>>>>>>> >>> I
>>>>>>>>>>> >>>  assume that your three factors (1, 2, and gender) are all
>>>>>>>>>>> >>>  between-subject factors. If one of them is a within-subject
>>>>>>>>>>> >>> factor
>>>>>>>>>>> >>>  please let me know and disregard the rest of the email. The
>>>>>>>>>>> >>> final
>>>>>>>>>>> >>>  F-contrast will have 4 rows (factor 1 levels-1)*(factor 2
>>>>>>>>>>> >>> levels
>>>>>>>>>>> >>>  -1)=(3-1)*(3-1)=2*2=4
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  The following is an outline for creating contrasts:
>>>>>>>>>>> >>>  (a) Start simple - difference between levels of 1 factor
>>>>>>>>>>> >>>  (b) Define your null hypothesis: AO=AP=AQ
>>>>>>>>>>> >>>  (c) Make it equal to 0: AO-AP=0 AND AP-AQ=0
>>>>>>>>>>> >>>  (d) Repeat for the other levels of the factor...
>>>>>>>>>>> >>>  BO-BP=0 AND BP-BQ=0
>>>>>>>>>>> >>>  CO-CP=0 AND CP-CQ=0
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (e) Now combine them AO-AP=BO-BP=CO-CP AND AP-AQ=BP-BQ=CP-CQ
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (f) Make them equal to 0:
>>>>>>>>>>> >>>  AO-AP-BO+BP=0
>>>>>>>>>>> >>>  BO-BP-CO+CP=0
>>>>>>>>>>> >>>  AP-AQ-BP+BQ=0
>>>>>>>>>>> >>>  BP-BQ-CP+CQ=0
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (g) Expand them to include gender, for example:
>>>>>>>>>>> >>>  AO-AP-BO+BP=0 becomes FAO-FAP-FBO+FBP+MAO-MAP-MBO+MBP=0
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  Since the contrast now has 2 columns per level, you should
>>>>>>>>>>> >>> divide
>>>>>>>>>>> >>> all
>>>>>>>>>>> >>>  values by 2. This will produce the correct amplitude and
>>>>>>>>>>> >>> statistics.
>>>>>>>>>>> >>>  If you leave the values as 1 and -1, then you will have an
>>>>>>>>>>> >>> incorrect
>>>>>>>>>>> >>>  amplitude, but the statistics will still be correct.
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (h) Fill in the respective columns of your design matrix.
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  (3) The degrees of freedom are defined based on the rows of
>>>>>>>>>>> >>> the
>>>>>>>>>>> >>>  F-matrix and the number of rows in the design matrix. The
>>>>>>>>>>> >>> F-test
>>>>>>>>>>> >>> has a
>>>>>>>>>>> >>>  numerator and denominator degrees of freedom. F(n,d).
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  Best Regards, Donald McLaren
>>>>>>>>>>> >>>  =================
>>>>>>>>>>> >>>  D.G. McLaren, Ph.D.
>>>>>>>>>>> >>>  Research Fellow, Department of Neurology, Massachusetts
>>>>>>>>>>> >>> General
>>>>>>>>>>> >>> Hospital
>>>>>>>>>>> >>>  and
>>>>>>>>>>> >>>  Harvard Medical School
>>>>>>>>>>> >>>  Postdoctoral Research Fellow, GRECC, Bedford VA
>>>>>>>>>>> >>>  Website: http://www.martinos.org/~mclaren
>>>>>>>>>>> >>>  Office: (773) 406-2464
>>>>>>>>>>> >>>  =====================
>>>>>>>>>>> >>>  This e-mail contains CONFIDENTIAL INFORMATION which may
>>>>>>>>>>> >>> contain
>>>>>>>>>>> >>> PROTECTED
>>>>>>>>>>> >>>  HEALTHCARE INFORMATION and may also be LEGALLY PRIVILEGED and
>>>>>>>>>>> >>> which is
>>>>>>>>>>> >>>  intended only for the use of the individual or entity named
>>>>>>>>>>> >>> above.
>>>>>>>>>>> >>> If the
>>>>>>>>>>> >>>  reader of the e-mail is not the intended recipient or the
>>>>>>>>>>> >>> employee
>>>>>>>>>>> >>> or
>>>>>>>>>>> >>>  agent
>>>>>>>>>>> >>>  responsible for delivering it to the intended recipient, you
>>>>>>>>>>> >>> are
>>>>>>>>>>> >>> hereby
>>>>>>>>>>> >>>  notified that you are in possession of confidential and
>>>>>>>>>>> >>> privileged
>>>>>>>>>>> >>>  information. Any unauthorized use, disclosure, copying or the
>>>>>>>>>>> >>> taking of
>>>>>>>>>>> >>>  any
>>>>>>>>>>> >>>  action in reliance on the contents of this information is
>>>>>>>>>>> >>> strictly
>>>>>>>>>>> >>>  prohibited and may be unlawful. If you have received this
>>>>>>>>>>> >>> e-mail
>>>>>>>>>>> >>>  unintentionally, please immediately notify the sender via
>>>>>>>>>>> >>> telephone at
>>>>>>>>>>> >>>  (773)
>>>>>>>>>>> >>>  406-2464 or email.
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>>  On Tue, Nov 20, 2012 at 8:17 AM,
>>>>>>>>>>> >>> xiangbo_2010<xiangbo_2010@126.com
>>>>>>>>>>> >>> <mailto:xiangbo_2010@126.com>>
>>>>>>>>>>> >>>  wrote:
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Dear doug
>>>>>>>>>>> >>>>      Thank you for your reply!
>>>>>>>>>>> >>>>  +AOM -BOM -APM -BPM    0    0    0    0    0
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM -BOM    0    0 -AQM +BQM    0    0    0
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM    0 -APM    0    0    0 -COM +CPM    0
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM    0    0    0 -AQM      -COM    0 +CQM
>>>>>>>>>>> >>>>  there should be use 1 -1 or 0.5 -0.5? whether the -BPM should
>>>>>>>>>>> >>>> be
>>>>>>>>>>> >>>> change
>>>>>>>>>>> >>>>  BPM?
>>>>>>>>>>> >>>>  Thanks
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Bo Xiang
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  At 2012-11-19 07:23:31,"Douglas
>>>>>>>>>>> >>>> Greve"<greve@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>> >>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>   wrote:
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Hi Bo, you can think of  the Ftest as a logical 'OR' between
>>>>>>>>>>> >>>> the
>>>>>>>>>>> >>>> t-test
>>>>>>>>>>> >>>>  contrasts indicated in each row. Each row is a difference of
>>>>>>>>>>> >>>> differences,
>>>>>>>>>>> >>>>  so
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  1. (A-B)om - (A-B)pm -->   Does the difference between A and
>>>>>>>>>>> >>>> B
>>>>>>>>>>> >>>> differ
>>>>>>>>>>> >>>>  between
>>>>>>>>>>> >>>>  groups O and P for Males?
>>>>>>>>>>> >>>>  2. (A-B)om - (A-B)qm
>>>>>>>>>>> >>>>  3. (A-C)om - (A-C)pm
>>>>>>>>>>> >>>>  4. (A-C)om - (A-C)qm
>>>>>>>>>>> >>>>  5. (A-B)of - (A-B)pf -->   Does the difference between A and
>>>>>>>>>>> >>>> B
>>>>>>>>>>> >>>> differ
>>>>>>>>>>> >>>>  between
>>>>>>>>>>> >>>>  groups O and P for Females?
>>>>>>>>>>> >>>>  6. (A-B)of - (A-B)qf
>>>>>>>>>>> >>>>  7. (A-C)of - (A-C)pf
>>>>>>>>>>> >>>>  8. (A-C)of - (A-C)pf
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  I've put together the first 9 columns of the first 4 rows.
>>>>>>>>>>> >>>> The
>>>>>>>>>>> >>>> last 9
>>>>>>>>>>> >>>>  columns are all 0s. For the last for rows, the 0s and below
>>>>>>>>>>> >>>> matrix are
>>>>>>>>>>> >>>>  swapped to give you the same for the females
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  doug
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>    AOM  BOM  APM  BPM  AQM  BQM  COM  CPM  CQM
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>> --------------------------------------------------------------------------
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM -BOM -APM -BPM    0    0    0    0    0
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM -BOM    0    0 -AQM +BQM    0    0    0
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM    0 -APM    0    0    0 -COM +CPM    0&! nbsp;&nb sp;
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>    +AOM    0    0    0 -AQM      -COM    0 +CQM
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  On 11/17/12 9:21 PM, xiangbo_2010 wrote:
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Hi Freesurfer experts,
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  I'm very sorry to bother you, but I am very confused with the
>>>>>>>>>>> >>>> following
>>>>>>>>>>> >>>>  questions:
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  My experimental design includes three discrete factors:
>>>>>>>>>>> >>>> factor
>>>>>>>>>>> >>>> 1
>>>>>>>>>>> >>>> with
>>>>>>>>>>> >>>>  three
>>>>>>>>>>> >>>>  levels (A,B,C ); factor 2 with three levels (O,P,Q); gender
>>>>>>>>>>> >>>> (F,
>>>>>>>>>>> >>>> M), and
>>>>>>>>>>> >>>>  one
>>>>>>>>>>> >>>>  covariate.
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  So I can get 18 classes: FAO,
>>>>>>>>>>> >>>> FAP,FAQ,FBO,FBP,FBQ,FCO,FCP,FCQ,MAO,
>>>>>>>>>>> >>>>  MAP,MAQ,MBO,MBP,MBQ,MCO,MCP,MCQ.  I want to perform the
>>>>>>>>>>> >>>> interaction
>>>>>>>>>>> >>>>  between
>>>>>>>>>>> >>>>  factor 1 and factor 2 regressing out the effect of gender and
>>>>>>>>>>> >>>> one
>>>>>>>>>>> >>>>  covariate,
>>>>>>>>>>> >>>>  but I don't know the rules for setting the contrasts for the
>>>>>>>>>>> >>>> F-test.  The
>>>>>>>>>>> >>>>  contrast matrix I used is:
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  1 1 1 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  1 -1 0 1 -1 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  1 1 1 0 0 0 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  1 0 -1 1 0 -1 1 0 -1  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 -1 0 1 -1 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 -1 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 -1 1 0 -1 1 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0
>>>>>>>>>>> >>>> 0 0 0 0
>>>>>>>>>>> >>>>  0
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  is it correct?
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Any help will be very appreciated.
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Best wishes,
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  Bo Xiang
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  _______________________________________________
>>>>>>>>>>> >>>>  Freesurfer mailing list
>>>>>>>>>>> >>>>  Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>> >>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>>>>>>>>> >>>>  https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  _______________________________________________
>>>>>>>>>>> >>>>  Freesurfer mailing list
>>>>>>>>>>> >>>>  Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>> >>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>>>>>>>>> >>>>  https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>>  The information in this e-mail is intended only for the
>>>>>>>>>>> >>>> person
>>>>>>>>>>> >>>> to
>>>>>>>>>>> >>>> whom it
>>>>>>>>>>> >>>>  is
>>>>>>>>>>> >>>>  addressed. If you believe this e-mail was sent to you in
>>>>>>>>>>> >>>> error
>>>>>>>>>>> >>>> and the
>>>>>>>>>>> >>>>  e-mail
>>>>>>>>>>> >>>>  contains patient information, please contact the Partners
>>>>>>>>>>> >>>> Compliance
>>>>>>>>>>> >>>>  HelpLine at
>>>>>>>>>>> >>>>  http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was
>>>>>>>>>>> >>>> sent
>>>>>>>>>>> >>>> to you in
>>>>>>>>>>> >>>>  error
>>>>>>>>>>> >>>>  but does not contain patient information, please contact the
>>>>>>>>>>> >>>> sender and
>>>>>>>>>>> >>>>  properly
>>>>>>>>>>> >>>>  dispose of the e-mail.
>>>>>>>>>>> >>>>
>>>>>>>>>>> >>>
>>>>>>>>>>> >>
>>>>>>>>>>> >>  --
>>>>>>>>>>> >>  Douglas N. Greve, Ph.D.
>>>>>>>>>>> >>  MGH-NMR Center
>>>>>>>>>>> >>  greve@nmr.mgh.harvard.edu  <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>>>>>>>>> >>  Phone Number: 617-724-2358
>>>>>>>>>>> >>  Fax: 617-726-7422
>>>>>>>>>>> >>
>>>>>>>>>>> >>  Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>>>>>>>>>>> >>  FileDrop: www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>>>>>>>>>>> >>  Outgoing:
>>>>>>>>>>> >> ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>>>>>>>>>>> >>
>>>>>>>>>>> >_______________________________________________
>>>>>>>>>>> >Freesurfer mailing list
>>>>>>>>>>> >Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>>>>>>>>>>> >https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>>>>>> Freesurfer mailing list
>>>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>--
>>>>>>>>>>Douglas N. Greve, Ph.D.
>>>>>>>>>>MGH-NMR Center
>>>>>>>>>>greve@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>Phone Number: 617-724-2358
>>>>>>>>>>Fax: 617-726-7422
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
>>>>>>>>>>FileDrop: www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
>>>>>>>>>>Outgoing:
>>>>>>>>>> ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>_______________________________________________
>>>>>>>>>>Freesurfer mailing list
>>>>>>>>>>Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>>>https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> _______________________________________________
>>>>>>>>> Freesurfer mailing list
>>>>>>>>> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>>
>>>>>>>>_______________________________________________
>>>>>>>>Freesurfer mailing list
>>>>>>>>Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
>>>>>>>>https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>
>>>
>>>