Hi Bruce and Doug,

Given the fact that all my surfaces for my 16 patients and controls are fine, I'm still left with some basic questions: 

Since there is this interaction effect for age, how can I actually compare the thickness of the two populations? 

And should I be worried about the fact that some areas are thickening with age, despite the fact that this isn't caused by defects in the surface topology of the subjects?

Thank you for the help,
Allie



On Wed, Mar 7, 2012 at 10:02 AM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Hi Allie

the real question is whether the surfaces are accurate in that place for that subject. The only way to tell is to visually inspect them.

cheers
Bruce

On Wed, 7 Mar 2012, Allie Rosen wrote:

Hi Bruce,
I'm not sure if this qualifies as an outlier, but I do have one individual (and the age-matched control) who is much older than the rest (see
attached). Do you think elimination of this subject could make the comparison possible?

Thanks,
Allie



On Tue, Mar 6, 2012 at 5:10 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
     do you have a big outlier in the thickness measures? I didn't see one. It seems unlikely that all your subject have a defect in that
     spot
     On Tue, 6 Mar 2012, Douglas N Greve wrote:

           It means that any comparison depends on age. Eg, if you compare them at
           an age where the lines cross, you will see no effect. If you compare
           them at age=0 (what you were doing before), then you see a big effect.
           Some statisticians will say that you cannot do the comparison in the
           presence of an interaction.
           dogu

           Allie Rosen wrote:
                 So if my findings show that each group ages differently, does that
                 mean I can't compare them at all because I can't regress out age? Or
                 is there some way of comparing the groups despite this difference in
                 aging patterns?

                 Thanks again,
                 Allie

                 On Tue, Mar 6, 2012 at 4:44 PM, Douglas N Greve
                 <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote:

                    It might, don't know

                    Allie Rosen wrote:

                        Hi Doug,

                        Yes, I think there actually may be a topologic defect in this
                        area, although not directly where the cluster is (attached).
                        Could this be the cause of the thickness result? If I go back
                        and try to repair the defect, will that make the results more
                        typical and, more importantly, correct?

                        Thanks again,
                        Allie



                        On Tue, Mar 6, 2012 at 3:57 PM, Douglas N Greve
                        <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

                           Hi Allie, yes, it means that each group is affected
                        differently by
                           age. The controls are increasing their thickness with age
                        in this
                           area (which seems strange, usually you expect general decreases
                           with age). You might check the quality of the surfaces in
                        this area.
                           doug

                           Allie Rosen wrote:

                               Hi Doug,

                               Thanks for the response. I've actually already run an
                               interaction contrast and the same area is still significant
                               (attached). I'm not sure how to interpret this either,
                               unfortunately. Does it say that both groups are affected
                               significantly differently by age? Can you tell me what it
                               means? I'm having problems trying to do this myself.

                               Thanks very much,
                               Allie

                               On Tue, Mar 6, 2012 at 3:47 PM, Douglas N Greve
                               <greve@nmr.mgh.harvard.edu
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                               <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>

                               <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
                        <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:

                                  Allie, to be more precise, you have selected
                        control<patient
                                  regressing out the effects of age. This second part
                        is the key.
                                   If you were to trace the regression lines back to
                        age=0 (the
                                  meaning of "regressing out age"), then
                        control<patient by a
                               wide
                                  margin. But you have a problem here in that the
                        regression
                               lines
                                  are crossed. This means that you have an interaction
                               between age
                                  and patient (no interaction means that the lines
                        would be
                                  parallel). An interaction means that you cannot
                        assess whether
                                  there is a difference in the thickness because this
                        difference
                                  changes depending upon the age. One thing you can
                        try is to
                                  actually compute an interaction contrast (something
                        like [0 0 1
                                  -1]). If it is significant in this area, then
                        there's not
                               much you
                                  can do (though it may be interesting in itself). If
                        it is not
                                  significant, then you can switch to a DOSS model which
                               forces the
                                  lines to be parallel and makes the distance between the
                               lines be
                                  independent of age. Does this make sense?
                                  doug



                                  Allie Rosen wrote:

                                      Hi All,

                                      I'm having trouble reconciling the cluster
                        colours with the
                                      graph that can be made when you load the group
                               descriptor file
                                      and click on a point. I've attached an example.
                                      In this study, I'm comparing thickness in a
                        patient and
                                      control group, with age regressed out. The contrast
                               I've used
                                      means that blue means control<patient. Therefore,
                               patients are
                                      thicker than controls. But in the graph,
                        patients don't
                               seem
                                      to be thicker. I've seen the same results with
                        red clusters
                                      (i.e. they should mean that controls are thicker but
                               the graph
                                      shows otherwhise). Please let me know how I can
                               interpret my
                                      findings given the graph. Which group is
                        actually thicker?

                                      Thank you,
                                      Allison


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