Dear Louis,
Thanks for your helpful suggestions. I will try.
All the best.
 
2013-12-04
Rujing Zha
发件人：Louis Nicholas Vinke <vinke@nmr.mgh.harvard.edu>
发送时间：2013-12-03 23:13
主题：Re: Re: [Freesurfer] recon-all strip skull and neck by brain volume mask
收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com>
抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
 
Hi Rujing, 
If portions of gray matter have been removed, then that will need to be  
corrected.  You can definitely remove skull/dura manually from the  
brainmask.mgz volume (see link below), but that can be time-consuming and  
may not be necessary.  It's hard to know for sure if a brainmask.mgz is  
bad until you have generated the surfaces or have some experience with  
similar cases processed with Freesurfer. 
 
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/SkullStripFix_freeview 
 
-Louis 
 
On Tue, 3 Dec 2013, Rujing Zha wrote: 
 
> Dear Louis, 
> Thanks for your helpful prompt in advance. 
> I see. In my case, there is a not properly stripping, there is a not 
> properly gray matter(there are a some skull considered as gray matter). Did 
> you mean I can draw the segmentation without considering the skull 
> stripping? And a bad brainmask.mgz will not influence the GM thickness 
> analysis? 
> Thanks in advance. 
> All the best. 
>   
> 2013-12-03 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> Rujing Zha 
>  
> ____________________________________________________________________________ 
> 发件人：Louis Nicholas Vinke <vinke@nmr.mgh.harvard.edu> 
> 发送时间：2013-12-03 03:58 
> 主题：Re: [Freesurfer] recon-all strip skull and neck by brain volume mask 
> 收件人："Rujing Zha"<charujing123@163.com> 
> 抄送："freesurfer"<freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 
>   
> Hi Rujing,  
> Even if there is some skull/dura left after the skullstrip step in   
> recon-all, it still may not negatively impact the surfaces.  It might be   
> worth running the remaining recon-all steps to see how the surfaces turn   
> out.  
>   
> If you want to swap-in a better skullstripped volume into the recon-all   
> stream then you just need to replace the brainmask.mgz and continue with   
> autorecon2 and autorecon3.  
>   
> Keep in mind that the new brainmask.mgz volume still needs to be in the   
> conformed anatomical space, so use the T1.mgz or brainmask.mgz to create   
> the improved skullstrip volume which will replace the existing   
> brainmask.mgz.  
>   
> -Louis  
>   
> On Mon, 2 Dec 2013, Rujing Zha wrote:  
>   
> > Dear all,  
> > Part of subjects 3d images cannot be stripped skull and neck properly in 
?? ?> recon-all default. I have got the brain volume mask, how I can using the 
?? ?> existing proper mask to help strip skull in recon-all and next workflow? 
?? ?> Thanks.Any reply will be appreciated.  
> > All the best.  
> >    
> > 2013-12-02  
> >   
> > _________________________________________________________________________ 
> ___  
> > Rujing Zha  
> >   
> >  
> _______________________________________________  
> Freesurfer mailing list  
> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu  
> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer  
>   
>   
> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it i 
> s  
> addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-ma 
> il  
> contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLi 
> ne at  
> http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in e 
> rror  
> but does not contain patient information, please contact the sender and pro 
> perly  
> dispose of the e-mail.  
>   
>  
>