<div dir="ltr">Thanks, Alex! <div><br></div><div>I saw it but it has a major cited function of mri_watershed, which is the key to mne_watershed. My point is where I can find the source code of mri_watershed?</div><div><br></div><div>Thank you very much!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Peng</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 13, 2016 at 12:00 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Mne_analysis mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu">mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Mne_analysis digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: mne_watershed_bem problems (Alexandre Gramfort)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 12 Feb 2016 21:45:21 +0100<br>
From: Alexandre Gramfort &lt;<a href="mailto:alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr">alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Mne_analysis] mne_watershed_bem problems<br>
To: Discussion and support forum for the users of MNE Software<br>
        &lt;<a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1%2BGg8na9L%2BpzJMOB_Y_g@mail.gmail.com">CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1+Gg8na9L+pzJMOB_Y_g@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8<br>
<br>
hi,<br>
<br>
see :<br>
<br>
<a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py</a><br>
<br>
it&#39;s the code we use that is based on freesurfer commands.<br>
<br>
HTH<br>
Alex<br>
<br>
<br>
On Fri, Feb 12, 2016 at 12:41 AM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Dear MNE experts,<br>
&gt;<br>
&gt; I am currently doing mne analysis and came into the problem with<br>
&gt; mne_watershed_bem. From this command, three files of inner and outer skull<br>
&gt; and outer skin surface were generated, but the outer skull reached outside<br>
&gt; of the outer skin surface so I was not able to go on to construct the the<br>
&gt; bem model and then the forward solution. Do you know what is the reason<br>
&gt; causing this error? And how do I fix this? Besides, I could not find the<br>
&gt; source code for mri_watershed command, which has its binary codes in the MNE<br>
&gt; package. Where can I find the source file, and how could I edit the<br>
&gt; algorithm to make any changes to MNE toolbox?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you very much!<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Peng<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Mne_analysis mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
&gt; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
&gt; addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the<br>
&gt; e-mail<br>
&gt; contains patient information, please contact the Partners Compliance<br>
&gt; HelpLine at<br>
&gt; <a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in<br>
&gt; error<br>
&gt; but does not contain patient information, please contact the sender and<br>
&gt; properly<br>
&gt; dispose of the e-mail.<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
<br>
End of Mne_analysis Digest, Vol 97, Issue 4<br>
*******************************************<br>
</blockquote></div><br></div>