<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div>Hi Peng,</div><div><br></div><div>mri_watershed is part of freesurfer:&nbsp;<a href="https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_watershed">https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_watershed</a></div><div><br></div><div>The (large) freesurfer code repository can be downloaded if you wish to do so:&nbsp;<a href="https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReadOnlyCVS">https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReadOnlyCVS</a></div><div><br></div><div><br></div><div>mne.bem is this module:</div><div><a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/bem.py">https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/bem.py</a></div><div><br></div><div>HTH,</div><div>Hari</div><div><br></div><div><br><div>Hari Bharadwaj<div>Research Fellow,</div><div>Martinos Center for Biomedical Imaging,</div><div>Massachusetts General Hospital</div><div>Charlestown, MA 02129</div><div><br></div><div><a href="mailto:hari@nmr.mgh.harvard.edu">hari@nmr.mgh.harvard.edu</a></div><div><a href="http://www.haribharadwaj.com">www.haribharadwaj.com</a></div><div>Ph: 734-883-5954</div></div></div><div><br>On Feb 13, 2016, at 12:19 PM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Sorry, I meant in the 'bin/' directory of mne package, mne_watershed_bem called the function of mri_wathershed, while in mne_watershed.py, function 'mne.bem' is called. Where can I find those two files if I want to check the algorithm in detail.&nbsp;<div><br></div><div>Thank you very much!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Peng</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 13, 2016 at 12:09 PM, Peng Zan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com" target="_blank">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks, Alex!&nbsp;<div><br></div><div>I saw it but it has a major cited function of mri_watershed, which is the key to mne_watershed. My point is where I can find the source code of mri_watershed?</div><span class=""><div><br></div><div>Thank you very much!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Peng</div></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 13, 2016 at 12:00 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Mne_analysis mailing list submissions to<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Mne_analysis digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;1. Re: mne_watershed_bem problems (Alexandre Gramfort)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 12 Feb 2016 21:45:21 +0100<br>
From: Alexandre Gramfort &lt;<a href="mailto:alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr" target="_blank">alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Mne_analysis] mne_watershed_bem problems<br>
To: Discussion and support forum for the users of MNE Software<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="mailto:CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1%2BGg8na9L%2BpzJMOB_Y_g@mail.gmail.com" target="_blank">CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1+Gg8na9L+pzJMOB_Y_g@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8<br>
<br>
hi,<br>
<br>
see :<br>
<br>
<a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py</a><br>
<br>
it's the code we use that is based on freesurfer commands.<br>
<br>
HTH<br>
Alex<br>
<br>
<br>
On Fri, Feb 12, 2016 at 12:41 AM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com" target="_blank">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Dear MNE experts,<br>
&gt;<br>
&gt; I am currently doing mne analysis and came into the problem with<br>
&gt; mne_watershed_bem. From this command, three files of inner and outer skull<br>
&gt; and outer skin surface were generated, but the outer skull reached outside<br>
&gt; of the outer skin surface so I was not able to go on to construct the the<br>
&gt; bem model and then the forward solution. Do you know what is the reason<br>
&gt; causing this error? And how do I fix this? Besides, I could not find the<br>
&gt; source code for mri_watershed command, which has its binary codes in the MNE<br>
&gt; package. Where can I find the source file, and how could I edit the<br>
&gt; algorithm to make any changes to MNE toolbox?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you very much!<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Peng<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Mne_analysis mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
&gt; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
&gt; addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the<br>
&gt; e-mail<br>
&gt; contains patient information, please contact the Partners Compliance<br>
&gt; HelpLine at<br>
&gt; <a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in<br>
&gt; error<br>
&gt; but does not contain patient information, please contact the sender and<br>
&gt; properly<br>
&gt; dispose of the e-mail.<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
<br>
End of Mne_analysis Digest, Vol 97, Issue 4<br>
*******************************************<br>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>Mne_analysis mailing list</span><br><span><a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a></span><br><span><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></span></div></blockquote></body></html>