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medical Imaging,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Massachusetts General Hospital<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Charlestown, MA 02129<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><a href="mailto:hari@nmr.mgh.harvard.edu">hari@nmr.mgh.harvard.edu</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><a href="http://www.haribharadwaj.com">www.haribharadwaj.com</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Ph: 734-883-5954<o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>On Feb 13, 2016, at 12:19 PM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal>Sorry, I meant in the 'bin/' directory of mne package, mne_watershed_bem called the function of mri_wathershed, while in mne_watershed.py, function 'mne.bem' is called. Where can I find those two files if I want to check the algorithm in detail.&nbsp;<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Thank you very much!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Best,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Peng<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Sat, Feb 13, 2016 at 12:09 PM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com" target="_blank">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm'><div><p class=MsoNormal>Thanks, Alex!&nbsp;<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I saw it but it has a major cited function of mri_watershed, which is the key to mne_watershed. My point is where I can find the source code of mri_watershed?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Thank you very much!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Best,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Peng<o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Sat, Feb 13, 2016 at 12:00 PM, &lt;<a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm'><p class=MsoNormal>Send Mne_analysis mailing list submissions to<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-request@nmr.mgh.harvard.edu</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-owner@nmr.mgh.harvard.edu</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than &quot;Re: Contents of Mne_analysis digest...&quot;<br><br><br>Today's Topics:<br><br>&nbsp; &nbsp;1. Re: mne_watershed_bem problems (Alexandre Gramfort)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Fri, 12 Feb 2016 21:45:21 +0100<br>From: Alexandre Gramfort &lt;<a href="mailto:alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr" target="_blank">alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr</a>&gt;<br>Subject: Re: [Mne_analysis] mne_watershed_bem problems<br>To: Discussion and support forum for the users of MNE Software<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;<br>Message-ID:<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="mailto:CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1%2BGg8na9L%2BpzJMOB_Y_g@mail.gmail.com" target="_blank">CADeotZrVB6BCJuxfD2NT5VAXUgSzSw1+Gg8na9L+pzJMOB_Y_g@mail.gmail.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=UTF-8<br><br>hi,<br><br>see :<br><br><a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py" target="_blank">https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/commands/mne_watershed_bem.py</a><br><br>it's the code we use that is based on freesurfer commands.<br><br>HTH<br>Alex<br><br><br>On Fri, Feb 12, 2016 at 12:41 AM, Peng Zan &lt;<a href="mailto:zanpeng.pz@gmail.com" target="_blank">zanpeng.pz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear MNE experts,<br>&gt;<br>&gt; I am currently doing mne analysis and came into the problem with<br>&gt; mne_watershed_bem. From this command, three files of inner and outer skull<br>&gt; and outer skin surface were generated, but the outer skull reached outside<br>&gt; of the outer skin surface so I was not able to go on to construct the the<br>&gt; bem model and then the forward solution. Do you know what is the reason<br>&gt; causing this error? And how do I fix this? Besides, I could not find the<br>&gt; source code for mri_watershed command, which has its binary codes in the MNE<br>&gt; package. Where can I find the source file, and how could I edit the<br>&gt; algorithm to make any changes to MNE toolbox?<br>&gt;<br>&gt; Thank you very much!<br>&gt;<br>&gt; Best,<br>&gt; Peng<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Mne_analysis mailing list<br>&gt; <a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>&gt; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>&gt; addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the<br>&gt; e-mail<br>&gt; contains patient information, please contact the Partners Compliance<br>&gt; HelpLine at<br>&gt; <a href="http://www.partners.org/complianceline" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in<br>&gt; error<br>&gt; but does not contain patient information, please contact the sender and<br>&gt; properly<br>&gt; dispose of the e-mail.<br>&gt;<br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>Mne_analysis mailing list<br><a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br><br>End of Mne_analysis Digest, Vol 97, Issue 4<br>*******************************************<o:p></o:p></p></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></blockquote><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal>_______________________________________________<br>Mne_analysis mailing list<br><a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><o:p></o:p></p></div></blockquote></div></body></html>