<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Mathieu,<br></div>currently there is no way to project to 3d.<br><br></div>For the second point you could use a montage when reading the data. The readers for EEG data have a montage parameter that you could use to set the channel locations (see for example <a href="http://mne-tools.github.io/dev/generated/mne.io.read_raw_edf.html#mne.io.read_raw_edf">http://mne-tools.github.io/dev/generated/mne.io.read_raw_edf.html#mne.io.read_raw_edf</a> and <a href="http://mne-tools.github.io/dev/generated/mne.channels.read_montage.html#mne.channels.read_montage">http://mne-tools.github.io/dev/generated/mne.channels.read_montage.html#mne.channels.read_montage</a>). In your case, since you have some custom locations, one option would be to manually add entries for &#39;OL&#39; and &#39;OR&#39; to the standard_1020.elc file, if you know their locations.<br><br></div>-Jaakko<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 18 June 2016 at 20:56, Servant Mathieu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:servant.mathieu@gmail.com" target="_blank">servant.mathieu@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I&#39;m new to mne, and would like to compute some topographic voltage maps from my EEG grand-averaged data. </div><div><br></div><div>I have two specific questions:</div><div>(i) The plot_topomap function plots 2D maps. Is there a way to plot 3D maps? </div><div>(ii) My data_ is a 19 (electrodes) x 300 (datapoints) numpy array. Sampling rate was 250 Hz, and the 300 datapoints correspond to a -200 1000 ms epoch (0 being the stimulus-locking event). </div><div>-Is there a simple way to plot topographies at say, 300 ms after stimulus onset, or topographies over the average of a given time window (300-500ms after stimulus onset)?</div><div>-I need to provide the (x,y) coordinates for each EEG channel. My channels are:</div><div>electrodes = [&#39;F3&#39;,&#39;F4&#39;,&#39;C3&#39;,&#39;C4&#39;,&#39;P3&#39;,&#39;P4&#39;,&#39;PO3&#39;,&#39;PO4&#39;,&#39;O1&#39;,&#39;O2&#39;,&#39;OL&#39;,&#39;OR&#39;,&#39;T3&#39;,&#39;T4&#39;,&#39;T5&#39;,&#39;T6&#39;,&#39;Fz&#39;,&#39;Cz&#39;,&#39;Pz&#39;]</div><div>These electrodes are standard international 10/20 System sites, except OL (halfway between 01 and T5) and OL (halfway between 02 and T6). Given these locations, which coordinate array should I provide to the plot_topomap function ? </div><div><br></div><div>Thanks for your help!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Mathieu<br></div><div><br></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div>