<div dir="ltr">here we go:<div><br></div><div><a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/pull/3732">https://github.com/mne-tools/mne-python/pull/3732</a><br></div><div><br></div><div>ALex</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 3, 2016 at 6:14 PM, Leonardo Barbosa <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lsbarbosa@gmail.com" target="_blank">lsbarbosa@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Alex,<div><br></div><div>That is exactly what I was looking for! I grepped a little and found some nice examples using it.</div><div><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/auto_examples/inverse/plot_compute_mne_inverse_epochs_in_label.html" target="_blank">http://martinos.org/mne/<wbr>stable/auto_examples/inverse/<wbr>plot_compute_mne_inverse_<wbr>epochs_in_label.html</a><br></div><div><br></div><div>Btw, can I make a suggestion? Change the name in the main menu from &quot;Gallery&quot; to &quot;Examples&quot;!</div><div>I was mostly looking at Tutorials, imagining that Gallery was something like figures and print-screens :)</div><div><br></div><div>Thank you!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Leonardo</div></font></span><div><div class="h5"><div><br></div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-11-03 8:40 GMT-05:00 Alexandre Gramfort <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:alexandre.gramfort@telecom-paristech.fr" target="_blank">alexandre.gramfort@telecom-pa<wbr>ristech.fr</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">hi Leonardo,<div><br></div><div>I will not comment on what&#39;s best but you can use all linear inverse solvers</div><div>(beamformers, MNE/dSPM/sLORETA) on epochs or even raw data.</div><div><br></div><div>Have a look at</div><div><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/generated/mne.minimum_norm.apply_inverse_epochs.html#mne.minimum_norm.apply_inverse_epochs" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/generated/mne.minimum_norm.ap<wbr>ply_inverse_epochs.html#mne.mi<wbr>nimum_norm.apply_inverse_epoch<wbr>s</a><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/generated/mne.beamformer.dics_epochs.html#mne.beamformer.dics_epochs" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/generated/mne.beamformer.dics<wbr>_epochs.html#mne.beamformer.<wbr>dics_epochs</a><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/generated/mne.beamformer.lcmv_epochs.html#mne.beamformer.lcmv_epochs" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/generated/mne.beamformer.lcmv<wbr>_epochs.html#mne.beamformer.<wbr>lcmv_epochs</a><br></div><div><br></div><div>HTH</div><div>Alex</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_106970485496208859gmail-m_7855210482945420850h5">On Wed, Nov 2, 2016 at 11:48 PM, Leonardo Barbosa <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lsbarbosa@gmail.com" target="_blank">lsbarbosa@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="m_106970485496208859gmail-m_7855210482945420850h5"><div dir="ltr">Dear MNE users!<div><br></div><div>I&#39;ve been trying to localize spontaneous activity for a week now, and couldn&#39;t find much about this topic in the MNE list archives:</div><div><br></div><div><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/swish/mne_analysis/swish.cgi?query=spontaneous" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.e<wbr>du/mailman/swish/mne_analysis/<wbr>swish.cgi?query=spontaneous</a><br></div><div><br></div><div>I think my main question for the moment would be: which method / pipeline would be the most appropriate?<br></div><div><br></div><div>Looking into the literature, it seems like DICS is most used, probably because normally you are interested in some form of oscillatory component, and DICS uses the cross-spectral density matrix</div><div><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/auto_examples/inverse/plot_tf_dics.html" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/auto_examples/inverse/plot_tf<wbr>_dics.html</a><br></div><div><a href="http://www.scholarpedia.org/article/Source_localization#Dynamic_imaging_of_coherent_sources_.28DICS.29" target="_blank">http://www.scholarpedia.org/ar<wbr>ticle/Source_localization#Dyna<wbr>mic_imaging_of_coherent_source<wbr>s_.28DICS.29</a><br></div><div><br></div><div>Interestingly, tf_dics seems to be the only source localization / inverse calculation that accept Epochs as parameter (although it calculates the csd for each epoch, averages afterwards and return one source localization for the average)</div><div>All the other methods expect Evoked data<br></div><div><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/generated/mne.minimum_norm.apply_inverse.html" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/generated/mne.minimum_norm.ap<wbr>ply_inverse.html</a><br></div><div><a href="http://martinos.org/mne/stable/generated/mne.inverse_sparse.tf_mixed_norm.html" target="_blank">http://martinos.org/mne/stable<wbr>/generated/mne.inverse_sparse.<wbr>tf_mixed_norm.html</a><br></div><div><br></div><div>etc</div><div><br></div><div>So a more specific question would be:<b> How can I source localize each epoch using for instance mne.inver_sparse, perform a PSD/TF tranformation in</b></div><div><b>source space for each epoch, and then average the results? </b><b>Is there some example in this sense?</b></div><div><br></div><div>There is an interesting post by <span style="color:rgb(0,0,0)">Matti Hamalainen about that</span></div><div><br></div><div><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/mne_analysis/2009-December/000336.html" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.e<wbr>du/pipermail/mne_analysis/2009<wbr>-December/000336.html</a><br></div><div><br></div><div>And taking into consideration the other posts and all the technical aspects, I would prefer to apply the TF in source space and avoid introducing temporal correlations in the signal if possible.</div><div><br></div><div>Thank you in advance for any help!</div><div><br></div><div>Leonardo</div><div><br></div><div>------------------------</div><div><br></div><div>Leonardo S. Barbosa, PhD<br></div><div><div>Postdoctoral Research Scientist<br></div><div>University of Wisconsin, Madison</div><div>Center for Sleep and Consciousness Studies</div><div><br></div></div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.e<wbr>du</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.e<wbr>du/mailman/listinfo/mne_analys<wbr>is</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/compli<wbr>anceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.e<wbr>du</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.e<wbr>du/mailman/listinfo/mne_analys<wbr>is</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/compli<wbr>anceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.<wbr>edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.<wbr>edu/mailman/listinfo/mne_<wbr>analysis</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/<wbr>complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div>