<div dir="ltr">Hi Jaakko, <div>that was very clear thank you!</div><div>I saw that you have already commited a fix on github, awesome!</div><div><br></div><div>Lorenzo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 December 2016 at 14:58, Jaakko Leppakangas <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jaeilepp@gmail.com" target="_blank">jaeilepp@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br><br></div>the first logging message is actually a bit misleading because it is only storing the baseline parameters. So the baselining actually only happens when the data is loaded (probably on concatenation in your case).<br><br></div>If you construct the epochs by passing a dict as the event_id (see for example <a href="http://mne-tools.github.io/stable/auto_tutorials/plot_object_epochs.html" target="_blank">http://mne-tools.github.io/<wbr>stable/auto_tutorials/plot_<wbr>object_epochs.html</a>), you can get a copy of the &#39;A&#39; category by doing ``epochs[&#39;A&#39;]``.<br><br></div>-Jaakko<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, Dec 15, 2016 at 2:03 PM, Lorenzo Alfine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lorenzo.alfine@gmail.com" target="_blank">lorenzo.alfine@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Dear mne users,</div><div style="font-size:12.8px">I´m dealing with a 3 blocks experiment and for each block I have a raw object.</div><div style="font-size:12.8px">Then I´m epoching every raw object using the same event_id = [A, B, C, D].</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Later I concatenate the 3 epochs objects with:</div><div style="font-size:12.8px">epochs_merged = mne.concatenate_epochs([epochs<wbr>1, epochs2, epochs3])</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">First question, when concatenating, in the console I have the message:</div><div><span style="font-size:12.8px"><i>Applying baseline correction (mode: mean)</i> , but in the documentation I can´t find any reference of it.</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">Since I already used baseline correction when creating epochs1, epochs2, epochs3, could this additional correction generate any problem?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Later I´m doing some processing on epochs_merged (AutoReject, ICA). Is it possible to access a subset of epochs_merged, for example just the epochs</span></div><div><span style="font-size:12.8px">with the event A, and average them? </span></div><div><span style="font-size:12.8px">Otherwise I have to re-run the analysis on a newly created epochs object with event_id = A, but I would prefer to avoid this, since from my understanding ICA performs better with more data.</span></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Thank you in advance,</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">LA</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">MSc student, University of Padova</div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.e<wbr>du</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.e<wbr>du/mailman/listinfo/mne_analys<wbr>is</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/compli<wbr>anceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.<wbr>edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.<wbr>edu/mailman/listinfo/mne_<wbr>analysis</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/<wbr>complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div>