<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><br class="">
Dear MNE,<div class=""><br class=""></div><div class="">Thus far I have been using Matlab scripts for my permutation tests, but I would like to use mne functionality for this as well. Today I have been playing around with some tutorials using mne.stats.permutation_cluster_test and used it on my own data as well. This seemed to work fine, however, there is one aspect that is not entirely clear to me.&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">In my understanding if the argument connectivity is set to None, to be considered part of a cluster a node needs to be connected to another node in horizontal or vertical direction. But what I would like to do is to specify the connectivity matrix such that diagonals are also set to be part of the cluster. As a first attempt I tried to set connectivity with the following argument&nbsp;<span class="pln" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);">sparse</span><span class="pun" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);">.</span><span class="pln" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);">csr_matrix</span><span class="pun" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);">(np.ones((3,3))</span><span class="pun" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);">), but this gave me the error that connectivity must be of the correct size (I am comparing 3d arrays with the following dimensions: 16 x 19 x 141, where the first dimension are the number of observations)</span></div><div class=""><span class="pun" style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant-caps: inherit; white-space: inherit; font-size: inherit; orphans: 2; widows: 2; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-position: inherit; font-variant-numeric: inherit; font-variant-alternates: inherit; font-variant-east-asian: inherit; font-stretch: inherit; line-height: inherit; vertical-align: baseline; color: rgb(48, 51, 54);"><br class=""></span></div><div style="orphans: 2; widows: 2;" class="">Could you please tell me how to set the connectivity matrix to accomplish this or could you point me to a tutorial where this is explained.</div><div style="orphans: 2; widows: 2;" class=""><br class=""></div><div style="orphans: 2; widows: 2;" class="">Thanks in advance,</div><div style="orphans: 2; widows: 2;" class=""><br class=""></div><div style="orphans: 2; widows: 2;" class="">Dirk</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div></body></html>