<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Nathan,<br><br></div>It appears you do not have the latest version of autoreject. Could you try upgrading to the latest version from pip<br></div>and trying again? Also what do you have in <a href="http://epochs.info">epochs.info</a>[&#39;bads&#39;] before you apply autoreject?<br><br></div>Mainak<br><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 10, 2018 at 5:47 AM, Nathan Weisz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nathanweisz@me.com" target="_blank">nathanweisz@me.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:#ffffff;font-weight:bold;display:inline-block;background-color:#ff0000">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p><div>Hi,</div><div><br></div><div>i am trying to explore a little the &quot;autoreject&quot; tools. specifically i am trying to apply following example:</div><div><a href="https://autoreject.github.io/auto_examples/plot_auto_repair.html#sphx-glr-auto-examples-plot-auto-repair-py" target="_blank">https://autoreject.github.io/<wbr>auto_examples/plot_auto_<wbr>repair.html#sphx-glr-auto-<wbr>examples-plot-auto-repair-py</a></div><div><br></div><div>to a dataset recorded in salzburg.</div><div><br></div><div>i adapted the code to chop out 2s epochs from the fif file. the rest should be the same as in the tutorial example (which works great btw). code below.</div><div><br></div><div>however i am getting an error message that is over the top of my head.</div><div><div style="margin:0px"><span style="color:#859900">&gt;&gt;&gt;</span> <span style="color:#b58900">(executing lines 34 to 36 of &quot;&lt;tmp 1&gt;&quot;)</span></div><div style="margin:0px">Running autoreject on ch_type=grad</div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">Traceback (most recent call last):</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;&lt;tmp 1&gt;&quot;, line 36, in &lt;module&gt;</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    ar.fit(epochs)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/autoreject.py&quot;, line 878, in fit</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    self.consensus, self.verbose)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/autoreject.py&quot;, line 683, in _run_local_reject_cv</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    local_reject.fit(epochs)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/autoreject.py&quot;, line 600, in fit</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    epochs.copy(), picks=self.picks_, verbose=self.verbose)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/autoreject.py&quot;, line 367, in compute_thresholds</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    verbose=verbose)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/utils.py&quot;, line 231, in clean_by_interp</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    interpolate_bads(inst_clean, picks=picks, reset_bads=True, mode=&#39;fast&#39;)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/utils.py&quot;, line 279, in interpolate_bads</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    _interpolate_bads_meg_fast(<wbr>inst, picks=meg_picks_interp, mode=mode)</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">  File &quot;/Users/b1019548/anaconda3/<wbr>lib/python3.6/site-packages/<wbr>autoreject/utils.py&quot;, line 392, in _interpolate_bads_meg_fast</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">    assert ch_names_a == ch_names_b</span></div><div style="margin:0px"><span style="color:#ff0000">AssertionError</span></div></div><div><br></div><div>this is likely due to my ignorance in the proper use of autoreject. but the error message makes it difficult for me to infer what the problem might be. i would appreciate any pointers.</div><div><br></div><div>best,</div><div>nathan</div><div><br></div><div><blockquote type="cite">
<div style="margin:0px">import numpy as np</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">n_interpolates = np.array([1, 4, 32])</div><div style="margin:0px">consensus_percs = np.linspace(0, 1.0, 11)</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">##</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">import mne  # noqa</div><div style="margin:0px">from mne.utils import check_random_state  # noqa</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">from autoreject import (AutoReject, set_matplotlib_defaults)  # noqa</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">check_random_state(42)</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">data_path = &#39;/Users/b1019548/Desktop/Data_<wbr>Sternberg/&#39;</div><div style="margin:0px">raw_fname = data_path + &#39;jens_H.fif&#39;</div><div style="margin:0px">raw = mne.io.read_raw_fif(raw_fname, preload=True)</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">events = mne.make_fixed_length_events(<wbr>raw, id=1, duration=2)</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px"><a href="http://raw.info" target="_blank">raw.info</a>[&#39;bads&#39;] = []</div><div style="margin:0px">picks = mne.pick_types(<a href="http://raw.info" target="_blank">raw.info</a>, meg=&#39;grad&#39;, eeg=False, stim=False, eog=False, include=[], exclude=[])</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px"><a href="http://raw.info" target="_blank">raw.info</a>[&#39;projs&#39;] = list() </div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">epochs = mne.Epochs(raw, events, tmin=0, tmax=2,</div><div style="margin:0px">                    baseline=(None, 0), reject=None,</div><div style="margin:0px">                    verbose=False, detrend=0, preload=True)</div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px"><br></div><div style="margin:0px">##</div><div style="margin:0px">ar = AutoReject(n_interpolates, consensus_percs, picks=picks,</div><div style="margin:0px">                thresh_method=&#39;random_search&#39;, random_state=42)</div><div style="margin:0px">ar.fit(epochs)</div><div style="margin:0px">epochs_clean = ar.transform(epochs)</div></blockquote></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>
<br></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.<wbr>edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.<wbr>edu/mailman/listinfo/mne_<wbr>analysis</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.partners.org/<wbr>complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div>