<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>To create a trans file for the average MRI you need to use the `mne.gui.corregistration` (see <a href="https://mne-tools.github.io/stable/generated/mne.gui.coregistration.html?highlight=coreg#mne.gui.coregistration">https://mne-tools.github.io/stable/generated/mne.gui.coregistration.html?highlight=coreg#mne.gui.coregistration</a>) </div><div dir="ltr"><br></div><div>Thats why I did for this <a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/pull/5836">https://github.com/mne-tools/mne-python/pull/5836</a> </div><div><br></div><div>If you want to use the one I did, you would need to patch the `mne.datasets.utils` to look like in the PR and use `get_trans` from `mne/channels/tests/test_digitation.py`</div></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 13, 2019 at 1:47 PM Victor Ferat &lt;<a href="mailto:victor.ferat@fcbg.ch">victor.ferat@fcbg.ch</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="FR"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p>
<div class="gmail-m_-3043391365851752705WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Maryam &amp; Alex,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I&#39;m quite interesting in this question too, but I didn&#39;t have  MRI of my subjects neither.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Perhaps can we try to use average MRI that we can easly find online. (
<a href="http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesAtlases/ICBM152NLin2009" target="_blank">http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesAtlases/ICBM152NLin2009</a>)  Results may not be relevant, but it should give an overall idea of how to do source reconstruction for further studies.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Can someone explain how to create forward solution and source reconstruction supposing that we have a MRI of the subject  such as the one available in the previous link ?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Victor<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> <a href="mailto:mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu</a> &lt;<a href="mailto:mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;
<b>On Behalf Of </b>Alexandre Gramfort<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, 13 March 2019 09:49<br>
<b>To:</b> Mary Zolfaghar &lt;<a href="mailto:Maryam.Zolfaghar@colorado.edu" target="_blank">Maryam.Zolfaghar@colorado.edu</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> Discussion and support forum for the users of MNE Software &lt;<a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: [Mne_analysis] Forward and Inverse Models<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p><b><span lang="EN-US" style="color:white;background:red">        External Email - Use Caution        </span></b><span lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">hi,<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">then so far there is little doc/material to allow you to work easily I fear.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Maybe someone can share some code and hints though.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Alex<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On Tue, Mar 12, 2019 at 5:21 PM Maryam Zolfaghar &lt;</span><a href="mailto:Maryam.Zolfaghar@colorado.edu" target="_blank"><span lang="EN-US">Maryam.Zolfaghar@colorado.edu</span></a><span lang="EN-US">&gt; wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Alex, <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">No, I don&#39;t have the MRI of my subjects.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">-Maryam<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On Tue, Mar 12, 2019 at 10:19 AM Alexandre Gramfort &lt;</span><a href="mailto:alexandre.gramfort@inria.fr" target="_blank"><span lang="EN-US">alexandre.gramfort@inria.fr</span></a><span lang="EN-US">&gt; wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">hi Maryam,<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">do you have the MRI of your subjects?<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Alex<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On Tue, Mar 12, 2019 at 5:14 PM Maryam Zolfaghar &lt;</span><a href="mailto:Maryam.Zolfaghar@colorado.edu" target="_blank"><span lang="EN-US">Maryam.Zolfaghar@colorado.edu</span></a><span lang="EN-US">&gt; wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<p><b><span lang="EN-US" style="color:white;background:red">        External Email - Use Caution        </span></b><span lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi all, <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am new to using source analysis for my EEG data. In all of the MNE examples, the forward and inverse models have existed for the MEG data. I couldn&#39;t find any good sources to know how I can create a forward and inverse
 model for my EEG data and what subjects&#39; specific information I should use to create a forward and inverse model.<br clear="all">
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks, <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">-Maryam<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
</span><a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank"><span lang="EN-US">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</span></a><span lang="EN-US"><br>
</span><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" target="_blank"><span lang="EN-US">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</span></a><span lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br clear="all">
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">-- <u></u><u></u></span></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif;color:rgb(68,68,68)">Mary Zolfaghar,</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:7.5pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif;color:rgb(68,68,68)">Ph.D. Student in Computational Cognitive Neuroscience Lab, Institute of Cognitive Science, Dept. of Psychology and Neuroscience, CU Boulder,</span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:7.5pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif;color:rgb(68,68,68)">Muenzinger E023</span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:7.5pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif;color:rgb(68,68,68)">UCB 345</span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:7.5pt;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif;color:rgb(68,68,68)">Boulder, CO 80309</span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></blockquote></div>