<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr">Hi Eric, <div>thanks a lot for the clarification. The last days I went also though the mailing list and found a &quot;patch&quot; to the problem of matching the sources with the lobes.</div><div>For the convenience of other users with similar issues I post the direct link to it:</div><div><pre style="color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap">Fill missing vertices in parcellation and save the labels</pre></div><div><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail//mne_analysis/attachments/20140818/2347751d/attachment.py">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail//mne_analysis/attachments/20140818/2347751d/attachment.py</a><br></div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Sep 6, 2019 at 4:00 PM Eric Larson &lt;<a href="mailto:larson.eric.d@gmail.com">larson.eric.d@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>I am still stuck with the correspondence of the source space with parcellation. </div></div></div></blockquote><div><br></div><div>In general, a source space takes the high resolution mesh (~100k verts) and subselects a small subset of them (~10k or less). The subset is stored in `src[0][&#39;vertno&#39;]` for the left hemi and `src[1][&#39;vertno&#39;]` for the right.</div><div><br></div><div>Parcellations are generally defined (by FreeSurfer) on the entire high resolution cortical surface, and thus should contain many more points than our decimated source space.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>So, for a given source space (e.g. ico 4, 2562 sources per hemisphere) I would expect to find the vertices 0...2561 in the parcellation.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The parcellation can have holes. In the case of &quot;aparc&quot; the medial wall vertices are missing:</div><div></div><div class="gmail-m_3623980083789229030markdown-here-wrapper"><pre style="font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;font-size:1em;line-height:1.2em;margin:1.2em 0px"><code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;background-color:rgb(248,248,248);white-space:pre-wrap;overflow:auto;border-radius:3px;border:1px solid rgb(204,204,204);padding:0.5em 0.7em;display:block">&gt;&gt;&gt; import surfer
&gt;&gt;&gt; brain = surfer.Brain(&#39;fsaverage&#39;, &#39;lh&#39;, &#39;white&#39;, views=&#39;med&#39;)
&gt;&gt;&gt; brain.add_annotation(&#39;aparc&#39;, borders=False)
</code></pre><div title="MDH:PGRpdj5gYGA8L2Rpdj48ZGl2PiZndDsmZ3Q7Jmd0OyBpbXBvcnQgc3VyZmVyPC9kaXY+PGRpdj4m
Z3Q7Jmd0OyZndDsgYnJhaW4gPSBzdXJmZXIuQnJhaW4oJ2ZzYXZlcmFnZScsICdsaCcsICd3aGl0
ZScpPGJyPiZndDsmZ3Q7Jmd0OyBicmFpbi5hZGRfYW5ub3RhdGlvbignYXBhcmMnLCBib3JkZXJz
PUZhbHNlKTxicj48L2Rpdj48ZGl2PmBgYDwvZGl2PjxkaXY+PC9kaXY+" style="height:0px;width:0px;max-height:0px;max-width:0px;overflow:hidden;font-size:0em;padding:0px;margin:0px"></div></div><div><div><img src="cid:ii_k086ra6d1" alt="Screenshot from 2019-09-06 09-58-16.png" width="216" height="224" style="margin-right: 0px;"><br></div></div><div><br></div><div>Also keep in mind that the decimated source space vertices being numbered 0 to 2561 is a property unique to `fsaverage` (and how its spherical mesh is arranged), in general for other subjects these can and will be integers spanning the whole ~100k brain space.</div><div><br></div><div>Eric</div><div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="color:rgb(136,136,136)">Department of Biomedical and Clinical Sciences &quot;Luigi Sacco&quot;</div><div style="color:rgb(136,136,136)">University of Milan</div><div style="color:rgb(136,136,136)">Phone: +39 02 503 19731</div><div style="color:rgb(136,136,136)"><a href="https://maps.google.com/?q=via+G.+B.+Grassi+74+-+20157+Milano&amp;entry=gmail&amp;source=g" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">via G. B. Grassi 74 - 20157 Milano</a></div></div></div></div></div>
<p><br /><img src="cid:signature@unimi.it" alt="MailScanner Signature Unimi" /> <br />Il tuo 5 x mille progetti <br />Sostieni la ricerca, investi sul futuro dei giovani <br /><br />Universita` degli Studi di Milano - codice fiscale 80012650158</p>