<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p>I'm not sure but I think pyvista 0.25.3 is only compatible with latest development version of MNE-python?  You could try downgrading:<br>pip install pyvista=0.24 <br><br><div>-- dan<br /></div><div>Daniel McCloy<br /></div><div>https://dan.mccloy.info<br /></div><div>Research Scientist<br /></div><div>Institute for Learning and Brain Sciences<br /></div><div>University of Washington<br /></div><br><br><br><br><br><br>-------- Original Message --------<br>On Jul 3, 2020, 06:02, Luke Bloy < luke.bloy@gmail.com> wrote:<blockquote class="protonmail_quote"><br><p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div>Have you tried with</div><div><pre><span class="gmail-nb">export</span> <span class="gmail-nv"><span class="gmail-highlighted">MESA</span>_GL_VERSION_OVERRIDE</span><span class="gmail-o">=</span><span class="gmail-m">3</span>.3<br><span class="gmail-nb">export</span> <span class="gmail-nv">MNE_3D_OPTION_ANTIALIAS</span><span class="gmail-o">=</span><span class="gmail-nb">false<br></span></pre><pre><span class="gmail-nb"><font face="arial,sans-serif">before launching mne?</font><br></span></pre><pre><span class="gmail-nb"><font face="arial,sans-serif">On my virtual linux machines this lets me get some visualization, although I still have some issues with seeing the fiducial points, depending on opacity levels.<br><br>Luke</font><br></span></pre></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 3, 2020 at 7:33 AM FAIRS Amie &lt;<a href="mailto:amie.FAIRS@univ-amu.fr">amie.FAIRS@univ-amu.fr</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p>
<div class="gmail-m_3584979817616343253WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Dear all,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal">I’m using mne python for source reconstruction and need to align my coordinate frames, using mne.gui.coregistration. However, it is crashing and I don’t know how to fix it. The GUI box briefly flashes, disappears, and then my kernel restarts.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m using spyder from within anaconda, and my sys_info is:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mne sys_info<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Platform:      Linux-5.3.0-61-generic-x86_64-with-debian-buster-sid<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Python:        3.7.6 (default, Jan  8 2020, 19:59:22)  [GCC 7.3.0]<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Executable:    /home/developer/anaconda3/bin/python<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">CPU:           x86_64: 6 cores<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Memory:        19.8 GB<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">mne:           0.20.7<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">numpy:         1.18.1 {blas=mkl_rt, lapack=mkl_rt}<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">scipy:         1.4.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">matplotlib:    3.1.3 {backend=Qt5Agg}<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">sklearn:       0.22.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">numba:         0.48.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nibabel:       3.1.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cupy:          Not found<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pandas:        1.0.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">dipy:          1.1.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mayavi:        4.7.2.dev0 {qt_api=pyqt5, PyQt5=5.10}<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pyvista:       0.25.3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">vtk:           9.0.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">The linux platform is running through a virtual machine on my windows computer – I need to do it this way because some of the mne commands need freesurfer and that is in linux. In case it is relevant: before crashing, memory usage is around
 16GB (almost 20 GB are assigned to the virtual machine, out of 32GB total).<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">If I type mne coreg into the command line I get:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mne coreg<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Stack dump:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Fatal Python error: Segmentation fault<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thread 0x00007fc9da677700 (most recent call first):<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/threading.py&quot;, line 296 in wait<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/queue.py&quot;, line 170 in get<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/mne/gui/_coreg_gui.py&quot;, line 1368 in worker<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/threading.py&quot;, line 870 in run<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/threading.py&quot;, line 926 in _bootstrap_inner<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/threading.py&quot;, line 890 in _bootstrap<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Current thread 0x00007fca60f2d740 (most recent call first):<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tvtk/pyface/ui/qt4/QVTKRenderWindowInteractor.py&quot;, line 370 in paintEvent<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/tvtk/pyface/ui/qt4/scene.py&quot;, line 69 in paintEvent<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pyface/util/guisupport.py&quot;, line 137 in start_event_loop_qt4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/traitsui/qt4/view_application.py&quot;, line 132 in __init__<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/traitsui/qt4/view_application.py&quot;, line 85 in view_application<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/traitsui/qt4/toolkit.py&quot;, line 224 in view_application<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/traits/has_traits.py&quot;, line 2351 in configure_traits<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/mne/gui/__init__.py&quot;, line 18 in _initialize_gui<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/mne/gui/__init__.py&quot;, line 180 in coregistration<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;&lt;decorator-gen-421&gt;&quot;, line 21 in coregistration<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/mne/commands/mne_coreg.py&quot;, line 118 in run<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/mne/commands/utils.py&quot;, line 107 in main<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  File &quot;/home/developer/anaconda3/bin/mne&quot;, line 8 in &lt;module&gt;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Segmentation fault (core dumped)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I think this could be a mayavi issue because I also cannot launch mne.viz.plot_alignment(), as a mayavi image object is created that remains blank, crashes the computer, and I have to restart. I saw in a git issue some other people had
 seg fault issues and one check was to test with mlab.test_plot3d(), which crashes the kernel and then brings up warnings when the kernel restarts itself.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Am I doing something entirely stupid? Does anyone know why this might not work and how I can make it work?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Amie<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">------------------  
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Dr. Amie Fairs<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Post-doctorant<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Aix-Marseille Université<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Laboratoire Parole et Langage (LPL) | CNRS UMR 7309 | 5 Avenue Pasteur | 13100 Aix-en-Provence<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Email : </span><span lang="FR"><a href="mailto:amie.fairs@univ-amu.fr" target="_blank"><span lang="EN-GB">amie.fairs@univ-amu.fr</span></a></span><span><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>While I may send this email outside of typical working hours, I have no expectation to receive an email outside of your typical hours.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></blockquote></div>
</div>