<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I&#39;m reading in an EDF (not FIF) file and would like to compute the Stockwell Transform for a single channel using time_frequency.tfr_array_stockwell as</div><div>described at <a href="https://mne.tools/stable/generated/mne.time_frequency.tfr_array_stockwell.html?highlight=mne%20time_frequency%20tfr_stockwell">https://mne.tools/stable/generated/mne.time_frequency.tfr_array_stockwell.html?highlight=mne%20time_frequency%20tfr_stockwell</a>.</div><div><br></div><div>It says that the last dimension of my data is time. I&#39;m not sure what that means, but I interpret it to be that, for a single channel, the first column consists of signal readings and the second consists of corresponding times.</div><div><br></div><div>Here&#39;s what I&#39;ve tried for the first channel of my signal, which is 10 minutes long with sampling frequency 200 </div><div><br></div><div><font color="#0000ff">import numpy as np<br>import mne as mn</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">raw=mn.io.read_raw_edf(&#39;/Users/fishbacp/Desktop/EEG_file.edf&#39;, preload=True)</font></div><div><font color="#0000ff">Fs=<a href="http://raw.info">raw.info</a>[&#39;sfreq&#39;]<br></font></div><div><font color="#0000ff"><br>data,times=raw[:,:]</font></div><div><font color="#0000ff">signal=np.array([data[0,:],times]).T  #Creates a number_of_times -by- 2 array, whose second column consists of times.</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">min_freq=5<br>max_freq=100<br><br>st_power, itc, freqs=mn.time_frequency.tfr_array_stockwell(signal, Fs,fmin=min_freq,fmax=max_freq)</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#000000">This results in the following error:</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div>l<font color="#ff0000">ine 172, in tfr_array_stockwell<br>    n_out = data.shape[2] // decim + bool(data.shape[2] % decim)<br>IndexError: tuple index out of range</font></div><div><font color="#ff0000"><br></font></div><div><font color="#000000">I gather that I&#39;m not interpreting how my input signal should be formatted.</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Thanks for any assistance you can provide.</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Paul F.<br></font><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Professor of Mathematics, Grand Valley State University </font></div><div dir="ltr"><br><div style="font-family:arial">Department of Mathematics (MAK C-2-408)</div><div style="font-family:arial">Grand Valley State University</div><div style="font-family:arial">1 Campus Dr.<br>Allendale, MI 49401<br><font color="#0000ff"><a href="mailto:fishbacp@mail.gvsu.edu" target="_blank">fishbacp@mail.gvsu.edu</a></font></div><div><font color="#0000ff"><span style="font-family:arial"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.2040</span></span></span></span><br></font><span style="font-family:arial"><font color="#0000ff"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.3120</span></span></span> </font>(fax)</span><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>