<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div>It&#39;s going to be annoying to find and adjust the opacity of the right points in `mne coreg` since there are so many things plotted. There might be a global mayavi setting that disables all opacity but I&#39;m not sure.<br></div><div><br></div><div>I suspect the issue is related to the version of mesa that you and I are using but I don&#39;t have a suggestion of what version you should try that will work. I did open an issue (<a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/issues/7977">https://github.com/mne-tools/mne-python/issues/7977</a>) to hopefully find a good way to evaluate this.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 8, 2020 at 4:20 AM FAIRS Amie &lt;<a href="mailto:amie.FAIRS@univ-amu.fr" target="_blank">amie.FAIRS@univ-amu.fr</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">        External Email - Use Caution        <br>
<br>
Thanks for the tip! I&#39;ll test it out tomorrow and come back if I run into more problems.<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Amie<br>
<br>
------------------   <br>
Dr. Amie Fairs<br>
Post-doctorant<br>
Aix-Marseille Université<br>
Laboratoire Parole et Langage (LPL) | CNRS UMR 7309 | 5 Avenue Pasteur | 13100 Aix-en-Provence<br>
Email : <a href="mailto:amie.fairs@univ-amu.fr" target="_blank">amie.fairs@univ-amu.fr</a><br>
<br>
While I may send this email outside of typical working hours, I have no expectation to receive an email outside of your typical hours.<br>
<br>
Date: Tue, 7 Jul 2020 22:54:18 -0400<br>
From: Luke Bloy &lt;<a href="mailto:luke.bloy@gmail.com" target="_blank">luke.bloy@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Mne_analysis] mne.gui.coregistration - coloured fiducial<br>
        dots not showing<br>
To: Discussion and support forum for the users of MNE Software<br>
        &lt;<a href="mailto:mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;CAG5Ru-rVwLXjF1NioxnqivEFNQfP2P-NcEpR=kaqc140=<a href="mailto:ZfQ9Q@mail.gmail.com" target="_blank">ZfQ9Q@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
        External Email - Use Caution        <br>
<br>
Those won&#39;t help unfortunately. The problem is that it won&#39;t render any points with an alpha not equal to one. If you change the alpha, using the mayavi settings they will show up.<br>
<br>
Eric, I think one of the cis might match the llvm driver and opengl that is causing the problem so maybe we have a place to test so we can submit a bug report to vtk? I just need to confirm with your new PR.<br>
<br>
On Tue, Jul 7, 2020, 11:32 AM Eric Larson &lt;<a href="mailto:larson.eric.d@gmail.com" target="_blank">larson.eric.d@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;         External Email - Use Caution<br>
&gt;<br>
&gt; (For the antialias option, you&#39;ll need to try latest MNE-Python <br>
&gt; master, not 0.20.7)<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Jul 7, 2020 at 11:30 AM Eric Larson &lt;<a href="mailto:larson.eric.d@gmail.com" target="_blank">larson.eric.d@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; If the rendering is done in a VM it&#39;s likely to be using MESA GL <br>
&gt;&gt; software rendering, can you see if any of these help?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; <a href="https://mne.tools/dev/install/advanced.html#off-screen-rendering-in-m" rel="noreferrer" target="_blank">https://mne.tools/dev/install/advanced.html#off-screen-rendering-in-m</a><br>
&gt;&gt; ne-python-on-linux-with-mesa<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Eric<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Tue, Jul 7, 2020 at 9:33 AM FAIRS Amie &lt;<a href="mailto:amie.FAIRS@univ-amu.fr" target="_blank">amie.FAIRS@univ-amu.fr</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;         External Email - Use Caution<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Dear mne community,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Sorry again for another error message. I?m trying to run <br>
&gt;&gt;&gt; mne.gui.coregistration, but while the MRI appears to load (there is <br>
&gt;&gt;&gt; a head) there are no fiducials plotted. There is a fiducial file <br>
&gt;&gt;&gt; that is found in the watershed folder for my subject, but I cannot <br>
&gt;&gt;&gt; see any of the fiducials plotted so cannot edit them if needs be.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I?m running mne python via spyder on linux, but not through <br>
&gt;&gt;&gt; anaconda, because anaconda clashed with something in my VM and so <br>
&gt;&gt;&gt; previously the GUI wouldn?t even launch. My sys info is below. One <br>
&gt;&gt;&gt; thing to note: I don?t have pyvistaqt because when trying to install <br>
&gt;&gt;&gt; it there is an error with pyqt5 version 5.15 and that dependency <br>
&gt;&gt;&gt; cannot be loaded, so pyvistaqt also failed to install.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Do you know why the fiducial points are not visible in the GUI?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; As an aside, the linux system I am using is the one bundled with <br>
&gt;&gt;&gt; freesurfer as a VM for running freesurfer on windows. A bit off <br>
&gt;&gt;&gt; topic but do I need a different linux distribution to make this work?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Any help would be really appreciated.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; mne.sys_info()<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Platform:      Linux-5.3.0-62-generic-x86_64-with-Ubuntu-18.04-bionic<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Python:        3.6.9 (default, Apr 18 2020, 01:56:04)  [GCC 8.4.0]<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Executable:    /usr/bin/python3.6<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; CPU:           x86_64: 6 cores<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Memory:        19.8 GB<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; mne:           0.20.7<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; numpy:         1.19.0 {blas=openblas, lapack=openblas}<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; scipy:         1.5.1<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; matplotlib:    3.2.2 {backend=module://ipykernel.pylab.backend_inline}<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; sklearn:       0.23.1<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; numba:         0.50.1<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; nibabel:       3.1.1<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cupy:          Not found<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; pandas:        1.0.5<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; dipy:          1.1.1<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; mayavi:        4.7.1 {qt_api=pyqt5, PyQt5=5.11.3}<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; pyvista:       0.25.3<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; vtk:           8.1.2<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Best,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Amie<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; ------------------<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Dr. Amie Fairs<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Post-doctorant<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Aix-Marseille Universit?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Laboratoire Parole et Langage (LPL) | CNRS UMR 7309 | 5 Avenue <br>
&gt;&gt;&gt; Pasteur |<br>
&gt;&gt;&gt; 13100 Aix-en-Provence<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Email : <a href="mailto:amie.fairs@univ-amu.fr" target="_blank">amie.fairs@univ-amu.fr</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; While I may send this email outside of typical working hours, I have <br>
&gt;&gt;&gt; no expectation to receive an email outside of your typical hours.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; Mne_analysis mailing list<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Mne_analysis mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
&gt; <a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
-------------- next part --------------<br>
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URL: <a href="http://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/mne_analysis/attachments/20200707/1186cc16/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/mne_analysis/attachments/20200707/1186cc16/attachment.html</a> <br>
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Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
<br>
End of Mne_analysis Digest, Vol 150, Issue 9<br>
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Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
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</blockquote></div>