<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks again. Now, a different message appears:<div><br></div><div><font color="#ff0000">Warning (from warnings module):<br>  File &quot;/Users/fishbacp/Desktop/Python_Sabbatical/plot_stockwell.py&quot;, line 188<br>    st_power, itc, freqs = mn.time_frequency.tfr_array_stockwell(signal,Fs, fmin=min_freq, fmax=max_freq)<br>RuntimeWarning: The input signal is shorter (123200) than &quot;n_fft&quot; (131072). Applying zero padding.</font><br></div><div><font color="#ff0000"><br></font></div><div><font color="#000000">This warning message comes from the function, <span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">_check_input_st.</span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">I looked at this function separately and, while n_times is correct, n_fft is larger, even if I simply use the default value </span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">in </span></font>mn.time_frequency.tfr_array_stockwell. </div><div><br></div><div>Eventually, mn.time_frequency.tfr_array_stockwell runs and I return to the shell (in Idle); however I inserted a line to print st_power and freqs, which came back empty </div><div><br></div><div>Paul</div><div><font color="#000000"><span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-family:SFMono-Regular,Consolas,&quot;Liberation Mono&quot;,Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 3:21 PM Eric Larson &lt;<a href="mailto:larson.eric.d@gmail.com" target="_blank">larson.eric.d@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p><div dir="ltr">For now you can work around it by doing `data = data[np.newaxis]` to make it of shape `(n_epochs, n_channels, n_times)` (which appears to be what the function actually wants). Can you open an issue on the MNE-Python issue tracker so that we don&#39;t forget to fix this? It should really just operate along the last dimension and not assume that&#39;s 2.<div><br></div><div>Eric</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 3:18 PM Paul Fishback &lt;<a href="mailto:fishbacp@mail.gvsu.edu" target="_blank">fishbacp@mail.gvsu.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p><p></p><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Alex,<div><br></div><div>Thanks so much for responding to my message. I tried what you suggested, but I&#39;m still getting an error:</div><div><br></div><div><font color="#0000ff">raw=mn.io.read_raw_edf(&#39;/Users/fishbacp/Desktop/11.edf&#39;, preload=True)<br>Fs=<a href="http://raw.info" target="_blank">raw.info</a>[&#39;sfreq&#39;]<br><br>data,times=raw[:,:]<br>print(&#39;data: &#39;+str(data.shape)) #This indicates the data shape is 46-by-123200, which makes sense for my recording: 46 channels, 10 minute time length, and sampling frequency 200 Hz.<br><br>signal = data[[0]]<br>print(&#39;signal: &#39;+str(signal.shape))    # This produces 1-by-123200 for this channel<br>min_freq = 5<br>max_freq = 100<br>st_power, itc, freqs = mn.time_frequency.tfr_array_stockwell(signal,Fs, fmin=min_freq, fmax=max_freq)</font><br></div><div><br></div><div>This is the error message:</div><div><br><font color="#ff0000">Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/Users/fishbacp/Desktop/Python_Sabbatical/plot_stockwell.py&quot;, line 145, in &lt;module&gt;<br>    st_power, itc, freqs = mn.time_frequency.tfr_array_stockwell(signal,Fs, fmin=min_freq, fmax=max_freq)<br>  File &quot;/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/lib/python3.7/site-packages/mne/time_frequency/_stockwell.py&quot;, line 172, in tfr_array_stockwell<br>    n_out = data.shape[2] // decim + bool(data.shape[2] % decim)<br>IndexError: tuple index out of range</font><br></div><div><font color="#ff0000"><br></font></div><div><font color="#ff0000">Lines-171-173 in the script, located at </font><a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/maint/0.20/mne/time_frequency/_stockwell.py#L101-L199" target="_blank">https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/maint/0.20/mne/time_frequency/_stockwell.py#L101-L199</a> are as follows:</div><div><br></div><div><div><img src="cid:ii_kcf5y3it0" alt="image.png" width="472" height="92"><br></div></div><div><br></div><div>I don&#39;t see how data.shape[2] could even be defined if data lacks a third dimension.</div><div><br></div><div>I&#39;m not wed to using this implementation of the stockwell transform. I tried it first because I enjoy using MNE, but if you know of other good implementations, I would enjoy hearing about them.</div><div><br></div><div>Many, many thanks.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Paul</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 10:38 AM Alexandre Gramfort &lt;<a href="mailto:alexandre.gramfort@inria.fr" target="_blank">alexandre.gramfort@inria.fr</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">        External Email - Use Caution        <br>
<br>
hi Paul,<br>
<br>
try:<br>
<br>
import numpy as np<br>
import mne<br>
<br>
raw = mne.io.read_raw_edf(&#39;/Users/fishbacp/Desktop/EEG_file.edf&#39;, preload=True)<br>
Fs = <a href="http://raw.info" rel="noreferrer" target="_blank">raw.info</a>[&#39;sfreq&#39;]<br>
data, times=raw[:, :]<br>
signal = data[[0]]<br>
min_freq = 5<br>
max_freq = 100<br>
st_power, itc, freqs = mne.time_frequency.tfr_array_stockwell(signal,<br>
Fs, fmin=min_freq, fmax=max_freq)<br>
<br>
--<br>
<br>
signal must be a 2d array with dimensions: channel x time<br>
<br>
Alex<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Professor of Mathematics, Grand Valley State University </font></div><div dir="ltr"><br><div style="font-family:arial">Department of Mathematics (MAK C-2-408)</div><div style="font-family:arial">Grand Valley State University</div><div style="font-family:arial">1 Campus Dr.<br>Allendale, MI 49401<br><font color="#0000ff"><a href="mailto:fishbacp@mail.gvsu.edu" target="_blank">fishbacp@mail.gvsu.edu</a></font></div><div><font color="#0000ff"><span style="font-family:arial"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.2040</span></span></span></span><br></font><span style="font-family:arial"><font color="#0000ff"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.3120</span></span></span> </font>(fax)</span><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Mne_analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu" target="_blank">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a><br>
<a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Professor of Mathematics, Grand Valley State University </font></div><div dir="ltr"><font><font face="arial, sans-serif">President, Pi Mu Epsilon National Honorary Mathematics Society, Inc.</font><br></font><br><div style="font-family:arial">Department of Mathematics (MAK C-2-408)</div><div style="font-family:arial">Grand Valley State University</div><div style="font-family:arial">1 Campus Dr.<br>Allendale, MI 49401<br><font color="#0000ff"><a href="mailto:fishbacp@mail.gvsu.edu" target="_blank">fishbacp@mail.gvsu.edu</a></font></div><div><font color="#0000ff"><span style="font-family:arial"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.2040</span></span></span></span><br></font><span style="font-family:arial"><font color="#0000ff"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice"><span title="Call with Google Voice">616.331.3120</span></span></span> </font>(fax)</span><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>