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<body lang="EN-GB" link="#0563C1" vlink="#954F72"><p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Hi everyone,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">This is a naive question but I’d appreciate some clarity from someone who understands in more depth.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’m currently running source recon MEG data using individual MRIs. I found that when running make_inverse_operator(raw.info, fwd, noise_cov) I was getting an error saying ‘no channels match the selection’. I checked in raw.info and no channels
 were marked as bad, so I tried again using epoch.info (also no bad channels) instead of raw.info and got the same error.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have diagnosed this further up the pipeline – I was making the forward solution with:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">make_forward_solution(raw.info, trans, src, bem, meg=True, eeg=False)
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thinking that this would pick only the MEG channels. However, my noise covariance is calculated from epochs, not the raw data, and I think that creating a forward solution using raw.info and the covariance using epoch.info resulted in a
 clash of channels, even though both of them have 270 MEG channels.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">To get around this, I am now making the forward solution and inverse operator using epoch.info:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">make_forward_solution(epoch.info, trans, src, bem, meg=True, eeg=False)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">make_inverse_operator(epoch.info, fwd, noise_cov)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, the tutorials always use raw.info. So my question is: am I introducing errors into the analysis calculating the forward solution and the inverse operator using epoch.info rather than raw.info? I think that only the channel names/placement
 are used from .info but I am not sure. In case relevant: I think that some of my channels in the epochs object were repaired/interpolated using autoReject.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any clarity anyone can give would be appreciated so I don’t introduce errors.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Amie<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">P.S. thanks for updating the installation instructions – I followed them exactly and now have everything working on my virtual machine
</span><span style="font-family:&quot;Segoe UI Emoji&quot;,sans-serif;mso-fareast-language:EN-GB">😊</span><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">------------------&nbsp;&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Dr. Amie Fairs<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Post-doctorant<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Aix-Marseille Université<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB">Laboratoire Parole et Langage (LPL) | CNRS UMR 7309 | 5 Avenue Pasteur | 13100 Aix-en-Provence<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Email&nbsp;: </span><span lang="FR" style="mso-fareast-language:EN-GB"><a href="mailto:amie.fairs@univ-amu.fr"><span lang="EN-GB">amie.fairs@univ-amu.fr</span></a></span><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">While I may send this email outside of typical working hours, I have no expectation to receive an email outside of your typical hours.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
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