<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="en-CH" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word"><p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Hi,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Thank you, indeed I see slight changes in both the sample dataset and on mine., with both your code sample and mine.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">I didn’t pay enough attention, sorry.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Thank you for the help, and have a great week-end !<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Mathieu<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">&lt;mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu&gt; on behalf of Dan McCloy &lt;dan@mccloy.info&gt;<br>
<b>Reply to: </b>Dan McCloy &lt;dan@mccloy.info&gt;, Discussion and support forum for the users of MNE Software &lt;mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu&gt;<br>
<b>Date: </b>Friday, 18 December 2020 at 17:39<br>
<b>To: </b>Discussion and support forum for the users of MNE Software &lt;mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: [Mne_analysis] Inputting bad channels through raw.plot() while applying a CAR reference.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<p><b><span style="color:white;background:red">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></b><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Mathieu,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I cannot replicate the problem.&nbsp; Using the current master version, when I do the following:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">import os<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">import mne<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">sample_data_folder = mne.datasets.sample.data_path()<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">sample_data_raw_file = os.path.join(sample_data_folder, 'MEG', 'sample',<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'sample_audvis_raw.fif')<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">raw = mne.io.read_raw_fif(sample_data_raw_file)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">raw.pick_types(meg=False, eeg=True).crop(tmax=60.)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">raw.set_eeg_reference(projection=True)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fig = raw.plot()<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">and then mark some channels as bad, I can see the good EEG channels changing slightly.&nbsp; It may be easier to see if you increase the scaling py pressing `&#43;` a few times, and/or if you reduce the number of channels shown in the plot by pressing
 `page down` several times.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Can you confirm that this works for you too?&nbsp; If so, then probably there is something about your specific code that is making it hard to see the changes (probably the scaling?).<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-- dan<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Daniel McCloy<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">https://dan.mccloy.info<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Research Scientist<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Institute for Learning and Brain Sciences<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">University of Washington<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">‐‐‐‐‐‐‐ Original Message ‐‐‐‐‐‐‐<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wednesday, December 16, 2020 2:48 AM, Scheltienne Mathieu &lt;mathieu.scheltienne@epfl.ch&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p><b><span style="color:white;background:red">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></b><o:p></o:p></p>
<p><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Hi Eric,</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Thank you for the reply.</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">I do not apply the projectors to the data, the code is:</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # Load</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw = mne.io.read_raw_fif(fname, preload=True)</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.set_channel_types(mapping={'ECG':'ecg', 'EOG':'eog'})</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.set_montage('standard_1020')</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.info['bads'] = list()</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US"># Conversion</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.apply_function(conversion_uVolt2Volt, picks=['ecg', 'eog', 'eeg'], dtype=None,</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;n_jobs=1, channel_wise=True, verbose=None)</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.apply_function(brainvisionMarkersCh2StimCh, picks=['stim'], dtype=None,</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;n_jobs=1, channel_wise=True, verbose=None)</span><o:p></o:p></p>
<p style="text-indent:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p style="text-indent:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US"># Car and filters</span><o:p></o:p></p>
<p style="text-indent:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.set_eeg_reference(ref_channels='average', ch_type='eeg', projection=True)</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">mne.io.Raw.filter(raw, l_freq=1., h_freq=100., picks=['ecg', 'eog', 'eeg'], method='iir',</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;iir_params=dict(order=4, ftype='butter', output='sos'))</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.notch_filter(np.arange(50, 151, 50), picks=['ecg', 'eog'], filter_length='auto', phase='zero')</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US"># Plot</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin-left:36.0pt"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">raw.plot(scalings=dict(eeg=20e-6, eog=4e-2, ecg=5e-2, stim=2))</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">In the plot interface, the CAR projector is selected in the bottom right projector panel.</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">When in the plot I click on a channel to mark it as bad (changing its color to light grey), the others do not change at all, thus I don’t think the projector is updated on my setup.</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Best,</span><o:p></o:p></p>
<p><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:EN-US">Mathieu</span><o:p></o:p></p>
<p><span style="mso-fareast-language:EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">&lt;mne_analysis-bounces@nmr.mgh.harvard.edu&gt; on behalf of Eric Larson &lt;larson.eric.d@gmail.com&gt;<br>
<b>Reply to: </b>Discussion and support forum for the users of MNE Software &lt;Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu&gt;<br>
<b>Date: </b>Tuesday, 15 December 2020 at 18:59<br>
<b>To: </b>Discussion and support forum for the users of MNE Software &lt;Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: [Mne_analysis] Inputting bad channels through raw.plot() while applying a CAR reference. {Disarmed}</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p>&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<p><b><span style="color:white;background:red">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></b><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p>When applying a CAR (as a projector), MNE removes the already set <a href="http://secure-web.cisco.com/1Z5R3lf4_Yhc3f-8tcRLDANtB_KwN4pLGbSuFpRLxU1AF4atIofcrktKaEDvZRxIf17jXo8CjVhq_M1Ag-hLXAPQorOED0O3y6sqtUKhUSxYmno8YfvJn7WWLUF_vNNv78K9vXpLNzY0EmEYTYJzvl1qljUaKQ6JzVdZATHuiVjdXfh0iLr52ifZm_FwLBPTfnU6e9v86Fe90V-JNAOCf0epQZs3lRAmJyVKKdy9LZAp21URuxEa7X2mWki9UY6nfH1En5Q7Gi1J9yUn8SrfXLg/http%3A%2F%2Fraw.info" target="_blank">
<b><span style="color:red">MailScanner has detected a possible fraud attempt from &quot;secure-web.cisco.com&quot; claiming to be</span></b> raw.info</a>[‘bads’] from the average. However, when adding or removing bad channels through the plot interface, I guess the CAR
 projector is not updated.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p>&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p>As long as you don't `raw.apply_proj()`, then in `raw.plot` or `mne browse_raw` the CAR projector should be updated. If it's not, there is a bug -- feel free to open one on GitHub.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p>&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p>Eric<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p>&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>