<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body dir="auto">
<div>Hi David,</div>
<div><br>
</div>
<div>I believe you can use the baseline-argument in read_epochs:</div>
<div><br>
</div>
<div>mne.read_epochs(eponame, ...other args..., baseline=(strt,stp))</div>
<div><br>
</div>
<div>baseline=(None,0)</div>
<div><br>
</div>
<div>means use beginning of epoch as baseline start.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>/Chris<br>
</div>
<div><br>
On Jul 10, 2015, at 5:36 PM, David I Leitman &lt;<a href="mailto:leitman@mail.med.upenn.edu">leitman@mail.med.upenn.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>Hi all,&nbsp;
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;Quick question how can I baseline correct a 'fif 'file that contains epochs, I would like to read it in using mne.read_epochs and then apply a baseline correction and re save the file with a different name. The &quot;epochs.baseline&quot; seems to be empty as I
 get Type=&quot;NoneType&quot;</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>thanks dave<br>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">David I. Leitman PhD</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; "><br class="webkit-block-placeholder">
</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Research Assistant Professor</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Department of Psychiatry-</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Neuropsychiatry program</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Perelman School of Medicine</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">University of Pennsylvania</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Gates Pavilion 10th floor room 1042</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">3400 Spruce St</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">Philadelphia, PA 19104-4283</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">P: (215) 662-7389</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">F: (215) 662-7903</span></font></div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="Lucida Grande" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">E:&nbsp;<a href="mailto:leitman@mail.med.upenn.edu">leitman@mail.med.upenn.edu</a></span></font></div>
</div>
</div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: x-small; ">Faculty page:<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">
</span></span><a href="http://www.med.upenn.edu/apps/faculty/index.php/g275/p8174343" style="font-size: 11px; ">http://www.med.upenn.edu/apps/faculty/index.php/g275/p8174343</a>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: x-small; ">Lab website:</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: x-small; ">&nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: x-small; "><a href="http://davidileitman.com">http://davidileitman.com</a></span></div>
<div><br>
</div>
<div>The information contained in this e-mail message is intended only for the personal and confidential use of the recipient(s) named above. &nbsp;If the reader of this message is not the intended recipient or an agent responsible for delivering it to the intended
 recipient, you are hereby notified that you have received this document in error and that any review, dissemination, distribution, or copying of this message is strictly prohibited. &nbsp;If you have received this communication in error, please notify the the Neuropsychiatry
 Section immediately by e-mail, and delete the original message.</div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>
<div style="font-weight: normal; font-style: normal; font-family: Helvetica; font-size: 16px; ">
<font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; "><br>
</span></font></div>
</div>
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>_______________________________________________</span><br>
<span>Mne_analysis mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu">Mne_analysis@nmr.mgh.harvard.edu</a></span><br>
<span><a href="https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis">https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/mne_analysis</a></span><br>
<span></span><br>
<span></span><br>
<span>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is</span><br>
<span>addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail</span><br>
<span>contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at</span><br>
<span><a href="http://www.partners.org/complianceline">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error</span><br>
<span>but does not contain patient information, please contact the sender and properly</span><br>
<span>dispose of the e-mail.</span><br>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>