<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>It&#39;s likely that the way I define Exclude_indices is wrong. It would be greatly appreciated if anyone can help me correct this. <br></div></div></div></blockquote><div><br></div>Yeah, debugging indexing errors is a pain. This is what I might have done instead, you could compare to what you have:<div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">keep_stc = </span><span style="font-size:12.8px">stc.in_label(label_lh[3] + </span><span style="font-size:12.8px">label_lh[5] + </span><span style="font-size:12.8px">label_rh[6] + </span><span style="font-size:12.8px">label_rh[8])</span></div><div><span style="font-size:12.8px">exclude_lh = ~np.in1d(</span><span style="font-size:12.8px">All_vertices_</span><wbr style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">lh, </span><span style="font-size:12.8px">keep_stc.vertices[0]</span><span style="font-size:12.8px">)</span></div><div><span style="font-size:12.8px">exclude_rh = ~np.in1d(</span><span style="font-size:12.8px">All_vertices_rh, </span><span style="font-size:12.8px">keep_stc.vertices[1])</span></div><div><span style="font-size:12.8px">spatial_exclude = np.concatenate([np.where(exclude_lh)[0], np.where(exclude_rh)[0] + len(All_vertices_lh))</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">I&#39;d also recommend making use of </span>e.g. <span style="font-size:12.8px">stc_Ocp_lh.plot() along the way verify that all of the restrictions work properly. </span> </div><div><br></div><div>If mine doesn&#39;t work either (with any small tweaks necessary to get it actually working), we might very well have a bug at the MNE end. Could you try to replicate the issue with the sample dataset and open an MNE GitHub issue with a minimal example (<a href="http://sscce.org/">SSCCE</a>)?</div><div><br></div><div>Eric</div><div><br></div></div></div></div>