<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><font color="#000000">Hi MNE-experts,</font><div><font color="#000000"><br></font></div><div><span class="gmail-im" style="color:rgb(80,0,80)"><div><font color="#000000">I&#39;m trying to build a 3-compartment BEM model to source localize combined MEG and EEG data.</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div></span><div><font color="#000000">At the beginning, I used the watershed algorithm and MPRAGE images to build the three-layer model. The plot (watershed:</font> <a href="https://www.dropbox.com/s/ceyucikgvcpjka9/watershed.png?dl=0" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/ceyucikgvcpjka9/watershed.png?dl=0</a><span style="color:rgb(0,0,0)">) shows that the outer-skull surface is closer to the outer-skin surface, which is very different from what was shown on the MNE documentation webpage here: </span><a href="https://mne-tools.github.io/dev/auto_tutorials/plot_forward.html#sphx-glr-auto-tutorials-plot-forward-py" target="_blank">https://mne-tools.github.io/dev/auto_tutorials/plot_forward.html#sphx-glr-auto-tutorials-plot-forward-py</a></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Later, I used flash algorithm and FLASH images to have a better estimation of the three layers. This way, the plot ( flash: </font><a href="https://www.dropbox.com/s/8c6l5fiosl7p19k/flash.png?dl=0" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/8c6l5fiosl7p19k/flash.png?dl=0</a><span style="color:rgb(0,0,0)">) shows similar segmentation results as shown in the documentation webpage, i.e. the outer-skull surface is closer to the inner-skull surface.</span></div><div class="gmail-adL"><span class="gmail-im" style="color:rgb(80,0,80)"><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">My first question is: which algorithm was used for the plot on the documentation webpage? Should I use flash for the 3-layer model?</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">My second question is: is it possible to have a relatively accurate 3-layer model using watershed? We have 9 subjects missing the FLASH images. Although I can still build the 3-layer head model using watershed for 8 subjects, I run into this error for one subject:  &quot;the surface inner skull is not completely inside surface outer skull&quot;. Is there any easy fix?</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Thanks a lot for you help!</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div></span></div></div><span class="gmail-HOEnZb gmail-adL"><font color="#888888"><font color="#000000">Lin   </font></font></span>  <br></div>