<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><font color="#000000">At the beginning, I used the watershed algorithm and MPRAGE images to build the three-layer model. The plot (watershed:</font> <a href="https://www.dropbox.com/s/ceyucikgvcpjka9/watershed.png?dl=0" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/ceyucikgvcpjka9/watershed.png?dl=0</a><span style="color:rgb(0,0,0)">) shows that the outer-skull surface is closer to the outer-skin surface, which is very different from what was shown on the MNE documentation webpage here: </span><a href="https://mne-tools.github.io/dev/auto_tutorials/plot_forward.html#sphx-glr-auto-tutorials-plot-forward-py" target="_blank">https://mne-tools.github.io/dev/auto_tutorials/plot_forward.html#sphx-glr-auto-tutorials-plot-forward-py</a></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Freesurfer&#39;s <a href="https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_watershed#MethodsDescription" target="_blank">watershed bem strategy</a> is roughly:</div><div><br></div><div>1. Compute outer skin surface</div><div>2. Shrink outer skin inward make the &quot;outer skull&quot;</div><div>3. Compute brain surface (IIRC this is extracted from brain.mgz, which gets masked by brainmask.mgz)</div><div>4. Expand brain surface outward to make the &quot;inner skull&quot;</div><div><br></div><div>So it&#39;s not 100% correct that the outer skull is this way, but it is working as designed.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">My first question is: which algorithm was used for the plot on the documentation webpage? Should I use flash for the 3-layer model?</span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The `sample` dataset has FLASH images, and the BEM surfaces were computed from those.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="m_-7826251596340830761gmail-m_-1751809401511982742gmail-adL"><span class="m_-7826251596340830761gmail-m_-1751809401511982742gmail-im" style="color:rgb(80,0,80)"><div><font color="#000000">My second question is: is it possible to have a relatively accurate 3-layer model using watershed?</font></div></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>FLASH should be better than watershed. As to the errors that the watershed creates, I&#39;m not sure. For your subjects that have usable FLASH sequences, you could compute head models using FLASH and using watershed, and compare them, for example how much worse the watershed peak localization is compared to the FLASH ones. You can adapt some of our basic <a href="https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/minimum_norm/tests/test_inverse.py#L296-L313">minimum norm benchmarking code</a> if you want. It&#39;s also likely someone has already done this, it&#39;s probably worth a literature search (I don&#39;t know offhand).</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="m_-7826251596340830761gmail-m_-1751809401511982742gmail-adL"><span class="m_-7826251596340830761gmail-m_-1751809401511982742gmail-im" style="color:rgb(80,0,80)"><div><font color="#000000">We have 9 subjects missing the FLASH images. Although I can still build the 3-layer head model using watershed for 8 subjects, I run into this error for one subject:  &quot;the surface inner skull is not completely inside surface outer skull&quot;. Is there any easy fix?</font></div></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>In these cases you can try changing the <a href="http://mne-tools.github.io/dev/generated/commands.html#mne-watershed-bem" target="_blank">--preflood / -p</a> parameter in mne watershed_bem. If that does not do it, you can manually run <a href="https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_watershed#OptionalFlaggedArguments" target="_blank">mri_watershed</a> (which mne watershed_bem calls under the hood) with various parameters to fix the output. Or you might have to go farther back in your Freesurfer pipeline to fix the problem. Inner skull not within outer skull can be caused by the brain masking step (<a href="https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReconAllDevTable" target="_blank">part of autorecon1</a>) getting some dura/skull within the brain mask. Refer to the Freesurfer listserv for ideas on how to fix this problem, for example <a href="https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg20991.html">tweaking the mri_normalize parameters via xopts</a> can sometimes help.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Eric</div><div><br></div></div></div>