<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I am using the mne.viz.plot_bem function and I get some co-registration issues between the volume and the surfaces:<br></div><div><div><img src="cid:ii_k5fl97190" alt="image.png" width="546" height="462"><br><br></div></div><div>I am working with Lilla Zöllei pipeline, which do not produce the T1.mgz file that is expected by the mne.viz.plot_bem function (as a side note, it might be nice to have an optional mri arguments to mne.viz.plot_bem to explicitly pass the location of the MRI file to use), so I generated it from the original mprage.nii.gz volume expected as input by infant_recon_all: <br></div><div><br></div><div>mri_convert $SUBJECT_DIR/mprage.nii.gz $SUBJECT_DIR/mri/T1.mgz<br></div><div><br></div><div>The different surfaces co-register well in freeview:</div><div><br></div><div>freeview -v $SUBJECT_DIR/brainmask.nii.gz \             </div><div>                  $SUBJECT_DIR/mri/T1.mgz \</div><div>               -f $SUBJECT_DIR/surf/lh.pial:edgecolor=red \</div><div>                   $SUBJECT_DIR/surf/rh.pial:edgecolor=red \</div><div>                   $SUBJECT_DIR/surf/lh.white:edgecolor=blue \</div><div>                   $SUBJECT_DIR/surf/rh.white:edgecolor=blue \</div><div>                   $SUBJECT_DIR/bem/outer_skin.surf:edgecolor=yellow \</div><div>                   $SUBJECT_DIR/bem/outer_skull.surf:edgecolor=yellow \<br></div><div>                   $SUBJECT_DIR/bem/inner_skull.surf:edgecolor=yellow  <br></div><div><br></div><div>produces</div><div><br></div><div><div><img src="cid:ii_k5flhyz71" alt="Screenshot from 2020-01-15 12-41-39.png" width="546" height="362"><br></div></div></div><div>I am trying to pinpoint the source of this missmatch in mne.viz.plot_bem. I am not that worry about mne.viz.plot_bem per se, but I am worry that it might be indicative of how volumes and surfaces will be (wrongly) co-registered when I will compute the source model.</div><div><br></div><div>Thanks for any advice on how to troubleshoot this. Best wishes,</div><div><br></div><div>Christian<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><br></div></div></div>