
<html>

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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr"><p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p>

<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, &quot;EmojiFont&quot;, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols;">

<p>Hello,</p>

<p>I encountered a mistake when running <span>permutation_cluster_1samp_test</span> with TFCE.</p>

<p></p>

<div>clu&nbsp;=&nbsp;permutation_cluster_1samp_test(X,&nbsp;n_permutations&nbsp;=&nbsp;n_permutations,<br>

<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; connectivity&nbsp;=&nbsp;connectivity,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;threshold=threshold,&nbsp;tail=tails,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;out_type&nbsp;=&nbsp;'indices')</div>

</div>

=&gt;<span style="color:rgb(255,0,0)"> File &quot;C:\Users\XX\Anaconda3\lib\site-packages\mne\stats\cluster_level.py&quot;, line 385, in _find_clusters</span><br>

<p></p>

<p></p>

<div><span style="color:rgb(255,0,0)">&nbsp;&nbsp;&nbsp; threshold['step'], float)</span><br>

<span style="color:rgb(255,0,0)">ValueError: arange: cannot compute length</span></div>

<p></p>

<p><br>

</p>

<p>X is shape (n subjects x n sources). This mistake actually comes from the T-value computation. It seems that the activity of some of the sources is 0 for all subjects, hence creating nans when computing the t value :</p>

<p><span>&nbsp; t = np.mean(X, axis=0) / np.sqrt(var / X.shape[0])</span></p>

<p>with var =[8.09150634e-43 5.30338813e-43 5.90491142e-43 ... 0.00000000e&#43;00<br>

</p>

<p></p>

<div>0.00000000e&#43;00 0.00000000e&#43;00]</div>

<div><br>

</div>

<div>Then, in function _find_clusters, mne tries to set the stop limit of TFCE as np.max(np.abs(tvalues)), hence generating the error at this line:<br>

</div>

<div>thresholds&nbsp;=&nbsp;np.arange(threshold['start'],&nbsp;stop, threshold['step'],&nbsp;float)</div>

<div><br>

</div>

<div>Does anyone has a solution for this issue?</div>

<div>Thanks in advance,</div>

<div>Fleur<br>

</div>

<p></p>

</div>

</body>

</html>