<p><span style="padding: 3px 10px; border-radius: 5px; color: #ffffff; font-weight: bold; display: inline-block; background-color: #ff0000;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;External Email - Use Caution&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></p><p></p><div dir="ltr">Dear MNE team,<br><div><br></div><div>I had some issues with the skull stripping in Freesurfer and in some cases I obtained a better one using the fieldtrip/spm pipeline. Now that I obtain the inner_skull.surf I guess I have to convert it to the freesurfer coordinates otherwise it&#39;s not aligned with the mri for example (see image attached). How can I do the transformation ? I tried but unsuccessfully.</div><div><br></div><div>Thanks </div><div>Edoardo</div></div>