Freesurfer

freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu

6 participants
30055 discussions

Individual pre- and post-values for cortical thickness after a paired analysis
by Franziska Mund 05 Aug '25

05 Aug '25

External Email - Use Caution Dear FreeSurfer Developers, we have a longitudinal study design with one group and ran a paired analysis in FreeSurfer V6 (as described here: https://secure-web.cisco.com/1V0gSNyIvhCtX3j8K-mzIp_bu0OnK1ZDZxKlOeenlA2T-l…) Afterwards we corrected for multiple comparisons (as described here: https://secure-web.cisco.com/1kF3xxriMcabTqMwlV5PjrV7Bz3-ihiWEkX08AlNLpslyH…) One cluster showed a significant change for cortical thickness and the average values of each subject were located in the “y.ocn.dat”. However, we are now wondering how it is possible to get the individual pre- and post-values for that specific cluster for all subjects. Is there any method to do so? Any assistance is very much appreciated! Thanks in advance. Best, Franziska Dr. Franziska Mund Wissenschaftliche Mitarbeiterin Sportmedizinisches Institut [cid:image001.png@01DC016F.4B7B4640]<http://secure-web.cisco.com/1MXBasQV5Cu2ljjndrv0cARnfi2yk8RGCa8zldfWWltrJ-c…> Warburger Straße 100 33098 Paderborn Raum SP.0.508 Telefon +49 5251 60-3187 Mail mund(a)sportmed.uni-paderborn.de<mailto:mund@sportmed.uni-paderborn.de> Web http://secure-web.cisco.com/1mtAP8Z87ARwP9B1vJH2CI98DdfTwRbHMRsFSxOHk8YZF_j…<http://secure-web.cisco.com/1HjqZvGkQ5IUZLtZDOdlUAFPmJpXhcqgZc6dhIvSG816p-t…> [UPB Instagram]<https://secure-web.cisco.com/1Nd--jQ71ePt5LJ_Wmk5O8d4Kr2kWpH55lAu0v9n9LQVjG…> [UPB Facebook] <https://secure-web.cisco.com/1qI6cvPugysabKPf7WJIn-pK1ebwXTYqTkS1Cq7h9IJDbH…> [HNI LinkedIn] <https://secure-web.cisco.com/1QjEIu8F4_OFs-qMy1zfRJ09N60yJv7f8jN4vl0JbHSAUa…> [HNI Twitter] <https://secure-web.cisco.com/1RiPhNxpWoH_W7GY4WC-7wEUB04OrzGVeskAVxjwYN9y6H…> [HNI YouTube] <https://secure-web.cisco.com/11K2yPkMlVnMf6mztj9krvQ4gM44-jTlMplFJReirNNc8t…>

2 5

Freesurfer labels not generated and have some corrupted label files
by Samantha Hendry 05 Aug '25

05 Aug '25

External Email - Use Caution Hello FreeSurfer Developers, I'm attempting to run freesurfer on a resampled T1w scan and it has come up with segmentation fault error at the stages of the atlas. I was wondering if the resampled T1w scan has caused this error and this is the only difference between processing before. I am really stuck and its not a system compatability issue as I have been able to run all of my freesurfer output without error before so anything would be great. I've searched the list and no similar errors have been reported. Does anyone have any thoughts on how to trouble-shoot this one? Also, Ive attached the recon-all.log in case it's of any use. 1) FreeSurfer version: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c 2) Platform: Performed on MobaXterm on windows computer using eddie super computer and Edinburgh university 3) uname -a: Linux node1c08.ecdf.ed.ac.uk 5.14.0-427.33.1.el9_4.x86_64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Aug 28 17:34:59 UTC 2024 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 4) recon-all.log: see attached Not sure if the above is fully correct. Any help would be greatly appreciated! Best wishes Samantha Hendry The University of Edinburgh is a charitable body, registered in Scotland, with registration number SC005336. Is e buidheann carthannais a th' ann an Oilthigh Dh?n ?ideann, cl?raichte an Alba, ?ireamh cl?raidh SC005336.

2 3

Segmentation of the Hypothalamus in FreeSurfer 7.4.1
by Juen Guo 04 Aug '25

04 Aug '25

External Email - Use Caution Dear FreeSurfer Expert, I am trying to segment the subunits of the hypothalamus using FreeSurfer 7.4.1, but the segment_subregions command does not include an option for the hypothalamus in this version. I found that version 7.2.0 includes the command mri_segment_hypothalamic_subunits, but this command is not executable in version 7.4.1. My questions are: 1. Do I have to downgrade to 7.2.0 to use this function? 2. Why was this function discontinued in version 7.4? Was it removed due to defects or other issues? 3. Is there any alternative way to segment the hypothalamus in FreeSurfer 7.4.1? Best, Juen

3 4

Best way to map aseg.mgz to denoised T1 (native space)
by Razieh Salesi 01 Aug '25

01 Aug '25

External Email - Use Caution Dear FreeSurfer team, I have a workflow question and would appreciate your guidance: I ran `recon-all` on the original `T1.nii.gz` image (208×240×256), which produced the standard FreeSurfer outputs, including `mri/aseg.mgz`, conformed to 256×256×256. Separately, I performed N4 bias correction using ANTs and denoising (non-local means) on the original `T1.nii.gz`, resulting in a denoised volume (`T1_N4_naonlm3d.nii.gz`) with the original dimensions (208×240×256). My goal is to: 1. Create an accurate white matter (WM) mask aligned with this denoised native-space T1, 2. Use it with an EPC image (T1/T2 ratio) for perivascular space (PVS) mapping using Frangi filtering. My main question is: What is the best approach to transform `aseg.mgz` (in conformed space) to this denoised T1 native space, preserving anatomical accuracy? Should I: - Use `mri_label2vol` with `--regheader` and `--temp T1_N4_naonlm3d.nii.gz`? - Register `T1_N4_naonlm3d` back to `orig.mgz` and invert the matrix? - Or is there a more accurate method (e.g., using `tkregister2`, `bbregister`, or resampling via FreeSurfer)? Any recommendations or practices would be very helpful. Best regards, Razieh Salesi

2 2

FW: Freesurfer stops are parcellation stats - segmentation core dumped
by Samantha Hendry 30 Jul '25

30 Jul '25

External Email - Use Caution From: Samantha Hendry Sent: 29 July 2025 15:28 To: analysis-bugs(a)nmr.mgh.harvard.edu Subject: Freesurfer stops are parcellation stats - segmentation core dumped Good afternoon, I am currently running Freesurfer for a group of subjects but I get the same error of segmentation core dumped when getting the parcellation stats stage. This is a copy of the output and can attatch the recon-all.log of this error. #@# Parcellation Stats lh Thu May 1 20:28:36 BST 2025 /exports/eddie/scratch/shendry2/rerun_w0_cross_mixed_protocol_out/FMS_0094/scripts mris_anatomical_stats -th3 -mgz -cortex ../label/lh.cortex.label -f ../stats/lh.aparc.stats -b -a ../label/lh.aparc.annot -c ../label/aparc.annot.ctab FMS_0094 lh white computing statistics for each annotation in ../label/lh.aparc.annot. reading volume /exports/eddie/scratch/shendry2/rerun_w0_cross_mixed_protocol_out/FMS_0094/mri/wm.mgz... reading input surface /exports/eddie/scratch/shendry2/rerun_w0_cross_mixed_protocol_out/FMS_0094/surf/lh.white... reading input pial surface /exports/eddie/scratch/shendry2/rerun_w0_cross_mixed_protocol_out/FMS_0094/surf/lh.pial... reading input white surface /exports/eddie/scratch/shendry2/rerun_w0_cross_mixed_protocol_out/FMS_0094/surf/lh.white... INFO: using TH3 volume calc INFO: assuming MGZ format for volumes. INFO: using ../label/lh.cortex.label as mask to calc cortex NumVert, SurfArea and MeanThickness. Using TH3 vertex volume calc Total face volume 182364 Total vertex volume 180081 (mask=0) reading colortable from annotation file... colortable with 36 entries read (originally /autofs/space/tanha_002/users/greve/fsdev.build/average/colortable_desikan_killiany.txt) Segmentation fault (core dumped) Linux node1c08.ecdf.ed.ac.uk 5.14.0-427.33.1.el9_4.x86_64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Aug 28 17:34:59 UTC 2024 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux recon-all -s FMS_0094 exited with ERRORS at Thu May 1 20:28:52 BST 2025 To report a problem, see http://secure-web.cisco.com/131BJaXKVTNSvzwOvbztIF-rVEQtLQjwlAL2lKxiF0OHBMX… As a note for the subjects i had to resample to the T1w scans to fit in with the 1x1x1 voxel size. Not sure if this ahs anything to do with it. Any help would be so amazing really struggling with this. Best wishes Samantha Hendry The University of Edinburgh is a charitable body, registered in Scotland, with registration number SC005336. Is e buidheann carthannais a th' ann an Oilthigh Dh?n ?ideann, cl?raichte an Alba, ?ireamh cl?raidh SC005336.

2 5

شهادة الأبوة في المغرب
by walid falcon 29 Jul '25

29 Jul '25

External Email - Use Caution كل ما تحتاج معرفته حول شهادة الأبوة بالمغرب يمكنك تحميل الطلب من خلال الرابط المباشر https://secure-web.cisco.com/1RuvVsSZuwRpLeduWe7rImYSjQK3-5FHmp-MNW_oNXURVw… معلومات شاملة لاستخراج شهادة الأبوة والإجراءات القانونية المرتبطة بها ما هي شهادة الأبوة في المغرب؟ شهادة الأبوة وثيقة قانونية تصدر بناءً على حكم قضائي، وتُثبت العلاقة البنوية بين الطفل ووالده البيولوجي، في حال عدم وجود عقد زواج رسمي أو تسجيل سابق. تُعَد هذه الشهادة جزءًا من الإجراءات القضائية التي تدخل ضمن قضايا الحالة المدنية. الحالات التي تستوجب استخراج شهادة الأبوة 1. الأطفال غير المسجلين في الحالة المدنية عندما يولد طفل خارج إطار الزواج أو لم يُسجَّل بصفة قانونية في دفتر الحالة المدنية، يحتاج الأب إلى رفع دعوى للحصول على شهادة الأبوة. 2. إثبات النسب في غياب عقد زواج في حالات عدم توفر وثيقة الزواج بين الأبوين، يُلجأ إلى المحكمة لتقديم التصريح بالأبوة. إجراءات الحصول على شهادة الأبوة أولا: رفع دعوى أمام المحكمة يتوجب على الأب أو ولي أمر الطفل تقديم طلب إلى المحكمة الابتدائية التي يقع فيها مقر سكن الطفل أو الأب، وذلك من أجل إصدار حكم قضائي بإثبات الأبوة. ثانياً: الوثائق المطلوبة نسخة من بطاقة التعريف الوطنية عقد الازدياد الخاص بالطفل (إن وُجد) شهادة طبية للولادة شهادة السكنى وثائق أو إثباتات تدعم علاقة الأب بالطفل نموذج شهادة الأبوة pdf تتيح بعض المواقع الإلكترونية تحميل نموذج شهادة الأبوة PDF قابل للطباعة، غير أن إصدارها الرسمي لا يتم إلا بعد حكم قضائي، ويتم توجيهها لمصلحة الحالة المدنية لتسجيل الطفل. الأسئلة الشائعة حول شهادة الأبوة هل يمكن تقديم طلب شهادة الأبوة إلكترونياً؟ لا، المسطرة تظل قضائية وتتطلب الحضور أمام المحكمة. ما هي مدة الحصول على شهادة الأبوة؟ قد تختلف المدة حسب عدد الجلسات، ولكن عادة ما تستغرق بين شهر إلى ثلاثة أشهر، حسب تعقيد الملف. صلة بين شهادة الأبوة وبعض التصاريح القانونية الأخرى تم الربط ضمن هذا الدليل بين شهادة الأبوة وبعض المفاهيم القانونية الأخرى التي يبحث عنها الكثير، مثل: 1. التصريح الأمني وتصريح السفر غالباً ما يُطلب في بعض الحالات القانونية توفير تصريح أمني عند استخراج أوراق ثبوتية، كما هو الحال في: الأوراق المطلوبة لاستخراج تصريح السفر من منطقة التجنيد تصريح أمني مستعجل التصريح الأمني الإلكتروني 2. استبدال التصريح برخصة قيادة في حالات مثل شروط إصدار رخصة قيادة بعد التصريح أو تجديد التصريح إلى رخصة، من المهم التأكد من إثبات الهوية القانونية، وهو ما يجعل شهادة الأبوة ضرورية في بعض الحالات القانونية الخاصة. شهادة الأبوة الغاية من هذه الوثيقة هي إثبات علاقة الأبوة بالابن سواء كان راشدا أم قاصرا وغالبا ما تطلب في بعض المساطر الإدارية. صاحب الطلب المغربي المقيم بالخارج الوثائق المطلوبة بالنسبة للراشد : · بطاقة التسجيل ؛ · الدفتر العائلي بالنسبة للقاصر : · بطاقة تسجيل الأب ؛ · الدفتر العائلي . المصلحة المكلفة باستلام الوثائق المطلوبة المصالح القنصلية التابعة لمحل إقامة صاحب الطلب المصلحة المكلفة بتقديم الخدمة المصالح القنصلية التابعة لمحل إقامة صاحب الطلب في حالة تعذر الحصول على الخدمة مؤسسة الوسيط لأجل الاتصال وزارة الشؤون الخارجية والتعاون مصدر المعلومات (الإدارة المعنية) وزارة الشؤون الخارجية والتعاون_أرشيف يمكنك تحميل الطلب من خلال الرابط المباشر نموذج شهادة الأبوة بالمغرب محكمة الأسرة بـ: [اسم المدينة] رقم الملف: [يُترك للمحكمة] رقم القضية: [يُترك للمحكمة] بيان تصريح بالأبوة أنا الموقع أسفله: الاسم الكامل: [الاسم الكامل للأب] رقم بطاقة التعريف الوطنية: [رقم CIN] تاريخ ومكان الازدياد: [تاريخ ومكان ولادة الأب] العنوان الكامل: [عنوان الإقامة] المهنة: [المهنة الحالية] أُصرّح بموجب هذا، وبكامل قواي العقلية والقانونية، بما يلي: أن الطفل (ة) المسمى (ة): [اسم الطفل/ة] المولود (ة) بتاريخ: [تاريخ الولادة] بـ: [مكان الولادة] هو(هي) ابني/ابنتي البيولوجي(ة)، وقد وُلد(ت) نتيجة علاقة أبوية قائمة بيني وبين السيدة: [اسم الأم]، المولودة بتاريخ: [تاريخ ميلاد الأم]، والحاملة لرقم بطاقة التعريف الوطنية: [رقم CIN الأم]. وأتحمل كامل المسؤولية القانونية والأبوية تجاه هذا الطفل/ة، وأطلب من المحكمة الموقرة إصدار حكم قضائي يثبت نسب الطفل لي، وتمكينه من التسجيل في الحالة المدنية. الإمضاء الإسم الكامل: _____________________ التوقيع: ___________________________ التاريخ: ____ / ____ / ________ ملاحظات : يُرفق هذا النموذج بالوثائق الداعمة كـ: نسخة البطاقة الوطنية، شهادة السكنى، شهادة الولادة، وغيرها. يُودَع لدى كتابة ضبط المحكمة الابتدائية (قسم قضاء الأسرة) التي يقع ضمن اختصاصها محل ولادة الطفل أو محل سكن الأب.

1 0

Reading mca-dura.both-lh.nstd21.fhs.h5 error
by nalwsh 29 Jul '25

29 Jul '25

External Email - Use Caution Hello FreeSurfer Developers, I encountered an error during the mri_sclimbic_seg step while performing cortical segmentation and surface reconstruction using FreeSurfer version 8.1's recon-all command. The program terminated unexpectedly at this stage. mri_sclimbic_seg --model /models/mca-dura.both-lh.nstd21.fhs.h5 --ctab /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/dumca.lh.ctab --keep_ac --percentile 99.9 --vmp --output-base mcadura --conform --logfile mri_mcadura_seg.log --no-cite-sclimbic --threads 1 --fov 72 --i /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/invol.lh.crop.nii.gz --o /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/seg.lh.mgz Traceback (most recent call last): File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/scripts/mri_sclimbic_seg", line 1077, in <module> main() File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/scripts/mri_sclimbic_seg", line 170, in main /usr/local/freesurfer/8.1.0/python/scripts/mri_sclimbic_seg --model /models/mca-dura.both-lh.nstd21.fhs.h5 --ctab /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/dumca.lh.ctab --keep_ac --percentile 99.9 --vmp --output-base mcadura --conform --logfile mri_mcadura_seg.log --no-cite-sclimbic --threads 1 --fov 72 --i /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/invol.lh.crop.nii.gz --o /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/seg.lh.mgz Keeping anterior commissure in vols and stats Using CPU Using 1 thread(s) Loaded lookup table /data2/FST1T2Res/002_S_0295_006/mri/tmp.mri_mcadura_seg.271283/dumca.lh.ctab Loaded population stats /usr/local/freesurfer/8.1.0/models/sclimbic.volstats.csv nb_labels 2 inshape (72, 72, 72) features 24 (None, 72, 72, 72, 1) Loading weights from /models/mca-dura.both-lh.nstd21.fhs.h5 ----------------------- segmenter = LimbicSegmenter(model_file=model_file, File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/scripts/mri_sclimbic_seg", line 425, in __init__ self.model.load_weights(model_file, by_name=True) File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/lib/python3.8/site-packages/keras/src/utils/traceback_utils.py", line 70, in error_handler raise e.with_traceback(filtered_tb) from None File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/lib/python3.8/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 562, in __init__ fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl, swmr=swmr) File "/usr/local/freesurfer/8.1.0/python/lib/python3.8/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 235, in make_fid fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl) File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper File "h5py/h5f.pyx", line 102, in h5py.h5f.open FileNotFoundError: [Errno 2] Unable to synchronously open file (unable to open file: name = '/models/mca-dura.both-lh.nstd21.fhs.h5', errno = 2, error message = 'No such file or directory', flags = 0, o_flags = 0) I've searched the list and no similar errors have been reported. Does anyone have any thoughts on how to trouble-shoot this one? Also, I've attached the recon-all.log in case it's of any use. 1) FreeSurfer version: freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-8.1.0-20250718-f30dfed 2) Platform: Ubuntu 20.04 3) uname -a: Linux synmr-X12DPi-N-T-6 5.15.0-139-generic #149~20.04.1-Ubuntu SMP Wed Apr 16 08:29:56 UTC 2025 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 4) recon-all.log: see attached -- Sung-Ho Woo Research Professor, Dongguk University tel : 82-31-961-5744 mobile : 82-10-3746-6124 e-mail : nalwsh(a)gmail.com / nalwsh(a)dongguk.edu

1 0

Re: tarball installer for version 8.1
by fsbuild 28 Jul '25

28 Jul '25

External Email - Use Caution  The —relocate option may not work, but once you check all the dependencies are satisfied, then I don't think it matters where it is located.    Some clusters might NFS mount it from an external machine where it was installed like any other package. - R.

1 0

Re: tarball installer for version 8.1
by Drucker, Daniel 28 Jul '25

28 Jul '25

How do you suggest installing it on a cluster, where things need to be in custom locations? Daniel

2 1

Re: tarball installer for version 8.1
by fsbuild 28 Jul '25

28 Jul '25

External Email - Use Caution  Hello Daniel, Because of system package dependencies, we only provide the binary Debian, rpm and Mac (pkg) installers now.  We’ve learned from experience that it is impractical to troubleshoot what packages will manually need to be manually installed on an end users system after they expand a freesurfer tar archive on their system, i.e., a tar archive is not an installer. - R.

1 0

Jump to page:

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

Freesurfer