Dear Pauline, Did the skull stripping fail? What does norm.mgz look like? Cheers, /Eugenio

-- Juan Eugenio Iglesias http://www.jeiglesias.com

From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Lieshout, P.B. van (Pauline) P.B.vanLieshout@umcutrecht.nl Date: Thursday, March 20, 2025 at 10:40 AM To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: [Freesurfer] Recon-all-clinical pipeline

External Email - Use Caution Dear sir/madam,

I am implementing the recon-all-clinical pipeline on clinical MRI scans. I have done a test-run of around 70 T1-w clinical MRI scans. Processing of 9 out of 70 scans have failed. In almost all the failed processing scans, the pipeline stopped at the corpus callosum segmentation step. I was curious as to why this might happen, do you have any ideas?

error: mri_cc: no WM voxels found with norm > 40 -- check skull stripping

Best,

Pauline van Lieshout [A blue and white logo Description automatically generated] Promovendus | Divisie Hersenen, Zorglijn NMZ | Universitair Medisch Centrum Utrecht De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

________________________________

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

________________________________

This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.

Please consider the environment before printing this e-mail.