If FSL isn't happy with the directions, that's going to be fatal b/c trac-all relies on bedpostx running properly. I'm going to look into this further to try to figure out what it is about this data that's causing the discrepancy.
On Wed, 31 Oct 2012, Fernando Ventrice wrote:
Dear Anastasia, When I open the dtifit_V1 and dtifit_FA with Freeview the vector directions actually are OK, but when I open them with FSLview they are similar to your screen-shot. Here I also send a screen-shot with the comparison between the two softwares in each monitor. Best, Fernando ________________________________________ From: Anastasia Yendiki [ayendiki@nmr.mgh.harvard.edu] Sent: Tuesday, October 30, 2012 1:24 PM To: Fernando Ventrice Cc: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] FW: TRACULA some fiber volumes being too small
See screenshot now :)
On Tue, 30 Oct 2012, Anastasia Yendiki wrote:
Hi Fernando - Thanks for uploading your data. Looking at the primary directions from tensor fit on the data that you sent me (see screenshot), they seem to be off by a 90 degree angle from what you'd expect them. This means that your gradient table is probably off as well.
Hope this helps, a.y
On Thu, 18 Oct 2012, Fernando Ventrice wrote:
Dear Freesurfer/Tracula users, Finally I could successfully test Tracula and I think it is amazing what it can do automatically. These are the commands I used:
export FREESURFER_HOME=${HOME}/Programs/freesurfer_510 && source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh source /etc/fsl/fsl.sh export FSLPARALLEL=condor trac-all -prep -c /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/dmrirc_Fernando_Ventrice trac-all -bedp -c /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/dmrirc_Fernando_Ventrice # "trac-all -bedp" gave some errors so I used bedpostx directly: bedpostx /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/20120112_VENTRICE_FERNANDO/dmri trac-all -path -c /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/dmrirc_Fernando_Ventrice freeview -tv /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/20120112_VENTRICE_FERNANDO/dpath/merged_avg33_mni_flt.mgz -v /home/labneuroimg/STATION_FLENI/Tensores/Fernando_Ventrice/20120112_VENTRICE_FERNANDO/dmri/dtifit_FA.nii.gz &
All finished without errors, but there seems to be a problem with CC Forceps Mayor volume, which gave very small values. Is this OK or I made some mistake? First I tested with some patient and other fiber tracks also gave very small volumes. I attached some pictures and the dmrirc and trac-all log files. Best, Fernando Ventrice
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Anastasia Yendiki