Dear experts,
I run FreeSurfer 6.0 longitudinal pipeline on a set of scans acquired with identical protocol (ADNI) but 2 different Philips 3T scanners (all time 1 with Achieva, all time 2 with Ingenia). Unfortunately ~ 50% of the within-subjects templates completely failed. Is there anything I could try to fix this, or should just accept that is not possible to run FS longitudinal with this data?
Thanks a lot!
Sara
------------------------------------------------------------------------------
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
------------------------------------------------------------------------------
This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
Hi Sara,
the base (subject template) is pretty robust. Not sure what goes on that it fails on 50% of your images. You should debug to see why it fails?
- look at the input images, e.g. the norm.mgz from both your time points from the cross sectional processing
- check the log file for the base run to see where it stops.
- also check the norm.mgz in the base, is it blurry or 2 ghosts? That could mean that the registration fails?
- search the log file for the mri_robust_template command (the registration) and see if that fails
On top of that, even if you get it to work, any changes you quantify between your two time points could be purely caused by the scanner change. Or are you trying to quantify scanner effects?
Best, Martin
Am 18.01.2018 um 11:32 schrieb Ambrosino di Bruttopilo-3, S.:
Dear experts,
I run FreeSurfer 6.0 longitudinal pipeline on a set of scans acquired with identical protocol (ADNI) but 2 different Philips 3T scanners (all time 1 with Achieva, all time 2 with Ingenia). Unfortunately ~ 50% of the within-subjects templates completely failed. Is there anything I could try to fix this, or should just accept that is not possible to run FS longitudinal with this data?
Thanks a lot!
Sara
/De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197. /
/Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt. /
/This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197. /
/Please consider the environment before printing this e-mail. /
Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
-
Ambrosino di Bruttopilo-3, S. -
Martin Reuter