Dear all,
I’m currently running the -reconall command on 40 subjects. One of them exited the mri_ca_normalize step with an error saying:
Abort (core dumped)
I tried rerunning it, however the error keeps occurring. So I have search the list, but could not find a solution to my problem. Does anyone have an idea on how I can fix this problem? I attached the recon-all.log file, maybe it can help finding the error.
Furthermore some information about the system I am running the analysis on:
1) Freesurfer version: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c
2) Platform: Ubuntu 16.04.4 LTS
3) uname -a: Linux theresa-Lenovo-IdeaPad 4.13.0-36-generic #40~16.04.1-Ubuntu SMP Fri Feb 16 23:25:58 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Kind regards,
Theresa Marschall
------------------------------------------------------------------------------
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
------------------------------------------------------------------------------
This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
Hi Theresa
can you open the inputs to mri_ca_normalize in freeview ok? The nu.mgz for example? Please send us the recon-all.log so we can examine it.
If all the inputs look fine, then upload your subject and we will have a look.
cheers Bruce
On Fri, 9 Mar 2018, Marschall, T.M. wrote:
Dear all,
I’m currently running the -reconall command on 40 subjects. One of them exited the mri_ca_normalize step with an error saying:
Abort (core dumped)
I tried rerunning it, however the error keeps occurring. So I have search the list, but could not find a solution to my problem. Does anyone have an idea on how I can fix this problem? I attached the recon-all.log file, maybe it can help finding the error.
Furthermore some information about the system I am running the analysis on:
Freesurfer version: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c
Platform: Ubuntu 16.04.4 LTS
uname -a: Linux theresa-Lenovo-IdeaPad 4.13.0-36-generic #40~16.04.1-Ubuntu SMP Fri Feb 16
23:25:58 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Kind regards,
Theresa Marschall
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
Hi Bruce,
I checked all the inputs and they look fine to me. Therefore I attached the recon-all.log and the subject. I hope this helps.
Best, Theresa
________________________________________ From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu [freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu] on behalf of Bruce Fischl [fischl@nmr.mgh.harvard.edu] Sent: Friday, March 09, 2018 3:11 PM To: Freesurfer support list Subject: Re: [Freesurfer] mri_ca_normalize error: Abort (core dumped)
Hi Theresa
can you open the inputs to mri_ca_normalize in freeview ok? The nu.mgz for example? Please send us the recon-all.log so we can examine it.
If all the inputs look fine, then upload your subject and we will have a look.
cheers Bruce
On Fri, 9 Mar 2018, Marschall, T.M. wrote:
Dear all,
I’m currently running the -reconall command on 40 subjects. One of them exited the mri_ca_normalize step with an error saying:
Abort (core dumped)
I tried rerunning it, however the error keeps occurring. So I have search the list, but could not find a solution to my problem. Does anyone have an idea on how I can fix this problem? I attached the recon-all.log file, maybe it can help finding the error.
Furthermore some information about the system I am running the analysis on:
Freesurfer version: freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c
Platform: Ubuntu 16.04.4 LTS
uname -a: Linux theresa-Lenovo-IdeaPad 4.13.0-36-generic #40~16.04.1-Ubuntu SMP Fri Feb 16
23:25:58 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Kind regards,
Theresa Marschall
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
-
Bruce Fischl -
Marschall, T.M.