Re: [Freesurfer] Fwd: multimodal analysis (pet and cortical thickness relationship) using --pvr

There are two ways, one easy, one hard. The easy way is to just use mri_vol2surf to sample on the surface, then compute the mean over any surface-based ROI that you want. The harder way is to create a new annotation, then run gtmseg again, then mri_gmptvc with the new gtmseg.

On 8/14/19 1:15 PM, miracle ozzoude wrote:

External Email - Use Caution

the surface based pet analysis in the petsurfer link use the whole brain. i want to do my surface base pet analysis on specific regions of the aparc not the entire regions. Should i use mri_vol2label to extract the covert the volume to labels, them mri_mergelabels to merge them? Thanks.

On Wed, Aug 14, 2019 at 1:08 PM Greve, Douglas N.,Ph.D. <DGREVE@mgh.harvard.edu mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu> wrote:

Then just do the standard PETsurfer processing

On 8/14/19 12:59 PM, miracle ozzoude wrote:
>
>         External Email - Use Caution
>
> I want to use the aparc ROI. something similar to doing ROI surface
> base cortical thickness analysis where i used
mri_annotation2label to
> extract the regions and mri_mergelabels to merge them and run
analysis
> on them.
>
> On Wed, Aug 14, 2019 at 11:59 AM Greve, Douglas N.,Ph.D.
> <DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
wrote:
>
>     Do you mean using different ROIs than in the aparc? If you
want to
>     use
>     the aparc, then that is done in the standard processing.
>
>     On 8/14/19 11:16 AM, miracle ozzoude wrote:
>     >
>     >         External Email - Use Caution
>     >
>     > Hey Doug,
>     >
>     > If i want to do ROI surface base PET analysis using the method
>     on the
>     > PETsurfer website. Please, how do i go about doing it? I
know there
>     > series of commands i will need to run before project it to the
>     surface
>     > using mri_vol2surf.
>     > thanks a lot
>     > best,
>     > Paul
>     >
>     > On Tue, Aug 13, 2019 at 11:00 AM miracle ozzoude
>     <miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>
<mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     > <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>
<mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>>> wrote:
>     >
>     >     Awesome. thanks a lot for your help. I appreciate it.
>     >
>     >     Best,
>     >     Paul
>     >
>     >     On Tue, Aug 13, 2019 at 10:59 AM Greve, Douglas N.,Ph.D.
>     >     <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     wrote:
>     >
>     >         You can use mri_surfcluster. That actually has an
--fdr
>     flag,
>     >         so you
>     >         should not need to run mri_fdr. When you use
--fdr, you
>     do not
>     >         use
>     >         --thmin. Use --sum to get the summary file
>     >
>     >         On 8/13/19 10:50 AM, miracle ozzoude wrote:
>     >         >
>     >         >         External Email - Use Caution
>     >         >
>     >         > Thanks a lot doug. I want to use mri_fdr instead of
>     >         mri_glmfit-sim.
>     >         > How do i get a summary of clusters like
mri_glmfit-sim? I
>     >         searched
>     >         > through the forum and based on previous
responses, The
>     >         advice was to
>     >         > do mri_fdr and then use mri_surfcluster without
the fdr
>     >         option to
>     >         > obtain the summary of cluster. Is this correct?
>     >         > Paul
>     >         >
>     >         > On Tue, Aug 13, 2019 at 10:39 AM Greve, Douglas
N.,Ph.D.
>     >         > <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>> wrote:
>     >         >
>     >         >     I don't know that there is much you can do. The
>     PVR is very
>     >         >     computationally intensive, and it does not
surprise me
>     >         that it is
>     >         >     taking
>     >         >     a long time. I don't think you need to do 10k
>     >         permutations. I would
>     >         >     start with 1k. In the output, you will get a
>     confidence
>     >         interval
>     >         >     for the
>     >         >     corrected p-value. This will shrink with the
number of
>     >         >     permutations, but
>     >         >     if  you're happy with it, no need to do more
>     >         >
>     >         >     On 8/13/19 10:17 AM, miracle ozzoude wrote:
>     >         >     >
>     >         >     >         External Email - Use Caution
>     >         >     >
>     >         >     > Thanks Doug. My correction for multiple
comparison
>     >         using 10000
>     >         >     > permutation and abs has been running for
3days. This
>     >         is strange
>     >         >     > because i am using the --bg 10 and it
usually takes
>     >         1hr to finish
>     >         >     > without the --pvr. how do i solve this?
>     >         >     > Below is my mri_glmfit and mri_glmfit-sim
commands
>     >         >     >
>     >         >     > mri_glmfit --y ${lhpetsurfimg} --fsgd
$bothgrpfsgd
>     >         dods --C $pvr1
>     >         >     > --pvr
${wholebrain}/lh.$grp1fsgd.pvr.thickness.mgh \
>     >         >     > --pvr
>     ${wholebrain}/lh.$grp2fsgd.pvr.thickness.mgh --surf
>     >         >     fsaverage lh
>     >         >     > --cortex \
>     >         >     > --glmdir ${wholebrain}/lh.pet.thickness.glmdir
>     --eres-save
>     >         >     >
>     >         >     > mri_glmfit-sim --glmdir
>     >         ${wholebrain}/lh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     --perm
>     >         >     > 10000 2 abs --perm-force --cwp 0.05 --2spaces
>     --bg 10
>     >         --overwrite
>     >         >     >
>     >         >     >
>     >         >     > On Mon, Aug 12, 2019 at 11:31 AM Greve,
Douglas
>     N.,Ph.D.
>     >         >     > <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>
>     >         >     wrote:
>     >         >     >
>     >         >     >     You will have to click on the vertex
you are
>     >         interested in. The
>     >         >     >     value will be -log10(pcorrected) where
>     pcorrected
>     >         is the
>     >         >     corrected
>     >         >     >     p-value
>     >         >     >
>     >         >     >     On 8/12/2019 11:24 AM, miracle ozzoude
wrote:
>     >         >     >>
>     >         >     >>             External Email - Use Caution
>     >         >     >>
>     >         >     >>     these regions (please see below) came out
>     >         significant for the
>     >         >     >>     voxel-wise corrected map. I want to
know their
>     >         p-values.
>     >         >     >>     mri-glmfit-sim doesn't give summary
file for
>     >         voxel-wise
>     >         >     corrected
>     >         >     >>     map only for cluster-wise map.
>     >         >     >>     image.png
>     >         >     >>
>     >         >     >>     On Mon, Aug 12, 2019 at 11:19 AM
Greve, Douglas
>     >         N.,Ph.D.
>     >         >     >>     <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>
>     >         >     wrote:
>     >         >     >>
>     >         >     >>         I'm not sure what you are looking
for. The
>     >         voxel-wise
>     >         >     >>         analysis is voxel-wise, so there
is no
>     >         summary file for it
>     >         >     >>
>     >         >     >>         On 8/12/2019 11:13 AM, miracle
ozzoude
>     wrote:
>     >         >     >>>
>     >         >     >>>          External Email - Use Caution
>     >         >     >>>
>     >         >     >>>         Thanks Doug. Another question,
how do
>     i find
>     >         the p-values
>     >         >     >>>         for voxel-wise map corrected for
multiple
>     >         comparisons at a
>     >         >     >>>         voxel (rather than cluster) level
>     >         >     >>>  (perm.th40.abs.sig.voxel.mgh). There is no
>     summary
>     >         >     file for it.
>     >         >     >>>         Best,
>     >         >     >>>         Paul
>     >         >     >>>
>     >         >     >>>         On Wed, Aug 7, 2019 at 11:08 AM
Greve,
>     >         Douglas N.,Ph.D.
>     >         >     >>>         <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:
>     >         >     >>>
>     >         >     >>>             The 3 spaces is for left
hemi, right
>     >         hemi, and
>     >         >     >>>  subcortical, so, if you
>     >         >     >>>             are using all three then correct
>     for all 3
>     >         >     >>>
>     >         >     >>>             On 8/7/19 9:26 AM, miracle
ozzoude
>     wrote:
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             >         External Email -
Use Caution
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             > Got it. Thanks a lot doug.
If i have
>     >         to correct for
>     >         >     >>>  multiple
>     >         >     >>>             > comparison in surface
based pet
>     >         analysis and
>     >         >     >>>  mutlimodal analysis (pet
>     >         >     >>>             > and thickness), should i use
>     --3spaces?
>     >         >     >>>             > Thank you.
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             > best,
>     >         >     >>>             > Paul
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             > On Mon, Aug 5, 2019 at
10:19 PM
>     Greve,
>     >         Douglas
>     >         >     N.,Ph.D.
>     >         >     >>>             > <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             >    I think there is still
something
>     >         not right. You
>     >         >     >>>             should just have
>     >         >     >>>             >    one mri_glmfit command
for each
>     >         hemisphere in
>     >         >     >>>             which the input is
>     >         >     >>>             >  ?h.thickness.15.mgh, the
>     fsgdfile is
>     >         >     project.fsgd,
>     >         >     >>>             you then
>     >         >     >>>             >  specify the pvrs for both
groups
>     >         (--pvr
>     >         >     >>>  ?h.pvr_grp1_pet.nii.gz
>     >         >     >>>             >    --pvr
?h.pvr_grp2_pet.niigz) and
>     >         then use that
>     >         >     >>>             first contrast. The
>     >         >     >>>             >    second is the same as
the first
>     >         but with a
>     >         >     >>>  reversed sign, but it
>     >         >     >>>             >    is not necessary since
we always
>     >         use unsigned
>     >         >     >>>             tests and show both
>     >         >     >>>             >    signs (but you can
still do it).
>     >         >     >>>             >
>     >         >     >>>             >    On 8/5/2019 8:14 PM,
miracle
>     >         ozzoude wrote:
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>          External Email - Use
>     Caution
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>     I think i got it now. Something
>     >         like this:
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>     ## group1 comes first in my
>     fsgd
>     >         file. removing
>     >         >     >>>             the effects of
>     >         >     >>>  >>  age and education
>     >         >     >>>  >>  ##amyloid-thickness. first pet
>     pvr =
>     >         1 for
>     >         >     group1
>     >         >     >>>             and 0 for group 2.
>     >         >     >>>  >>  mri_glmfit --y
>     >         lh.thickness.15.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  project.fsgd dods --c
>     >         >     >>>  >>  pvr1.mtx --pvr
>     >         lh.pvr_grp1_pet.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>  --pvr
>     >         >     >>>
>      allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz  -surf
>     >         >     >>>  >>  fsaverage lh --cortex --glmdir
>     >         >     >>>  lh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>  mri_glmfit --y
>     >         rh.thickness.15.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  project.fsgd dods --c
>     >         >     >>>  >>  pvr1.mtx --pvr
>     >         rh.pvr_grp1_pet.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>  --pvr
>     >         >     >>>
 allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz -surf
>     >         fsaverage
>     >         >     >>>  >>     lh --cortex --glmdir
>     >         rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>  contrast = 0 0 0 0 0 0 1 -1
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>  ##group 2 is second in my fsgd
>     file.
>     >         >     removing the
>     >         >     >>>  effects of age
>     >         >     >>>  >>  and education
>     >         >     >>>  >>  ##amyloid-thickness. first pet
>     pvr =
>     >         0 for
>     >         >     group1
>     >         >     >>>             and 1 for group2
>     >         >     >>>  >>   mri_glmfit --y
>     >         lh.thickness.15.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  project.fsgd dods --c
>     >         >     >>>  >>  pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>
 allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>  --pvr lh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         -surf fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex --glmdir
>     >         >     >>>  >>  rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>  mri_glmfit --y
>     >         rh.thickness.15.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  project.fsgd dods --c
>     >         >     >>>  >>  pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>
 allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>  --pvr rh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         -surf fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex --glmdir
>     >         >     >>>  >>  rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>  contrast = 0 0 0 0 0 0 -1 1
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>     On Mon, Aug 5, 2019 at 6:47 PM
>     >         Greve, Douglas
>     >         >     >>>  N.,Ph.D.
>     >         >     >>>  >>  <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>  It still looks like you are
>     >         using a group
>     >         >     >>>  specific input
>     >         >     >>>  >>  (--y). The input should be a
>     >         simple
>     >         >     file with
>     >         >     >>>             both groups
>     >         >     >>>  >>  (same input as you would use
>     >         without pvr)
>     >         >     >>>  >>
>     >         >     >>>  >>  On 8/5/2019 4:39 PM,
>     >         miracooloz wrote:
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>          External Email - Use
>     Caution
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>  Thanks Doug. How about the
>     mri_glmfit
>     >         >     >>>  commands? Since the
>     >         >     >>>  >>>  contrasts are correct, I
>     think the
>     >         >     commands
>     >         >     >>>             should be right.
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>  Best,
>     >         >     >>>  >>>  Paul.
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>  Sent from my Samsung Galaxy
>     smartphone.
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>  -------- Original message
>     --------
>     >         >     >>>  >>>  From: "Greve, Douglas N.,Ph.D."
>     >         >     >>>             <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>
>     >         >     >>>  >>>
>      <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu> <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>
>     >         >     >>>  >>>  Date: 2019-08-05 15:52
>     (GMT-05:00)
>     >         >     >>>  >>>      To:
>     > freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>
>      <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  >>>
>     >          <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>
>      <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
>     >         >     >>>  >>>  Subject: Re: [Freesurfer] Fwd:
>     >         multimodal
>     >         >     >>>  analysis (pet and
>     >         >     >>>  >>>  cortical thickness
>     relationship) using
>     >         >     --pvr
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>  Yes, that contrast is correct.
>     >         >     >>>  >>>
>     >         >     >>>  >>>      On 8/5/2019 3:11 PM, miracle
>     >         ozzoude
>     >         >     wrote:
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>          External Email - Use Caution
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  Hello Doug,
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  Thanks very much for your help. Your
>     >         >     >>>  assumption was right
>     >         >     >>>  >>>>  in that i want to run a group
>     >         comparison
>     >         >     >>>             (i.e. test for a
>     >         >     >>>  >>>>  difference in amyloid-thickness
slopes
>     >         >     >>>  between the two
>     >         >     >>>  >>>>  groups). However, I am having a
>     >         hard time
>     >         >     >>>  creating the
>     >         >     >>>  >>>>  correct mri_glmfit and contrasts
>     >         in this
>     >         >     >>>             case. Based on
>     >         >     >>>  >>>>  your advice and searching through the
>     >         >     forum
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>
>     >         >
>     >
>   
     (https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/freesurfer/2019-January/060029.html), i
>     >         >     >>>  >>>>  need 2 PVRs for each hemisphere
in the
>     >         >     >>>  mri_glmfit command.
>     >         >     >>>  >>>>  I gave it another shot below. Please
>     >         >     let me
>     >         >     >>>             know if i am
>     >         >     >>>  >>>>  correct.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  Thank you.
>     >         >     >>>  >>>>  Paul.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  ## group1 comes first in my fsgd
file.
>     >         >     >>>  removing the effects
>     >         >     >>>  >>>>  of age and education
>     >         >     >>>  >>>>  ##amyloid-thickness. first pet pvr
>     >         = 1 for
>     >         >     >>>             group1 and 0 for
>     >         >     >>>  >>>>  group 2.
>     >         >     >>>  >>>>  mri_glmfit --y
>     >         >  lh_pvr_grp1_thickness.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>  project.fsgd dods --c pvr1.mtx --pvr
>     >         >     >>>  lh.pvr_grp1_pet.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>>>  --pvr
>     >         >     >>>
>      allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz  -surf
>     >         >     >>>  >>>>  fsaverage lh --cortex --glmdir
>     >         >     >>>  lh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>  mri_glmfit --y
>     >         >     rh_pvr_grp1_thickness.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>  project.fsgd dods --c pvr1.mtx --pvr
>     >         >     >>>  rh.pvr_grp1_pet.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>>>  --pvr
>     >         >     >>>
 allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz -surf
>     >         >     >>>  >>>>  fsaverage lh --cortex --glmdir
>     >         >     >>>  rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  contrast = 0 0 0 0 0 0 1 -1
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  ##group 2 is second in my fsgd file.
>     >         >     >>>  removing the effects
>     >         >     >>>  >>>>  of age and education
>     >         >     >>>  >>>>  ##amyloid-thickness. first pet pvr
>     >         = 0 for
>     >         >     >>>             group1 and 1 for
>     >         >     >>>  >>>>  group2
>     >         >     >>>  >>>>   mri_glmfit --y
>     >         >     >>>  lh_pvr_grp2_thickness.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>  project.fsgd dods --c pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>
>     >   allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>>>  --pvr lh.pvr_grp2_pet.nii.gz -surf
>     >         >     >>>  fsaverage lh --cortex
>     >         >     >>>  >>>>  --glmdir rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>  mri_glmfit --y
>     >         >     rh_pvr_grp2_thickness.mgh --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>  project.fsgd dods --c pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>
>     >   allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz \
>     >         >     >>>  >>>>  --pvr rh.pvr_grp2_pet.nii.gz -surf
>     >         >     >>>  fsaverage lh --cortex
>     >         >     >>>  >>>>  --glmdir rh.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  contrast = 0 0 0 0 0 0 -1 1
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>  On Mon, Aug 5, 2019 at 12:26 PM
Greve,
>     >         >     >>>  Douglas N.,Ph.D.
>     >         >     >>>  >>>>  <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>      That mostly looks good.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>      I would suggest is to change your
>     >         >     >>>  smoothing command to
>     >         >     >>>  >>>>  something like
>     >         >     >>>  >>>>  mris_fwhm --smooth-only --s fsaverage
>     >         >     >>>             --hemi lh --fwhm
>     >         >     >>>  >>>>      5 --cortex --prune --i
>     >         >     >>>  >>>>
>     >          allgrp1.rlhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>
 allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>      The only difference will be
>     >         that any
>     >         >     >>>  vertices that are
>     >         >     >>>  >>>>      0 in the input will be excluded
>     >         >     >>>  (pruned) from the
>     >         >     >>>  >>>>  smoothing mask.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>      The mri_glmfit command is not
>     >         right.
>     >         >     >>>             That command looks
>     >         >     >>>  >>>>      like it is for analyzing each
>     >         group
>     >         >     >>>  separately and
>     >         >     >>>  >>>>  independently. If that is what you
>     >         want
>     >         >     >>>             to do, then you
>     >         >     >>>  >>>>      don't need to go through all the
>     >         >     extra
>     >         >     >>>             stuff of
>     >         >     >>>  >>>>      creating zero files, etc. I had
>     >         >     assumed
>     >         >     >>>             that you wanted
>     >         >     >>>  >>>>      to do some kind of comparison
>     >         between
>     >         >     >>>  groups. If so,
>     >         >     >>>  >>>>      then you would use a single
>     >         file with
>     >         >     >>>             all your data in
>     >         >     >>>  >>>>      it (probably what you were using
>     >         >     >>>  before), and your fsgd
>     >         >     >>>  >>>>      file would have both groups.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>      1) will my fsgd file contain both
>     >         >     groups?
>     >         >     >>>  >>>>      yes, see above
>     >         >     >>>  >>>>      2) If the answer from question is
>     >         >     yes,
>     >         >     >>>             i should have 2
>     >         >     >>>  >>>>  contrasts (pvr1.mtx for group1 and
>     >         >     >>>  pvr2.mtx for
>     >         >     >>>  >>>>      group2). yes/no?
>     >         >     >>>  >>>>      Again, if all you want to do is
>     >         >     to test
>     >         >     >>>             the pvr for
>     >         >     >>>  >>>>      each group separately, then
>     >         you don't
>     >         >     >>>             need to go
>     >         >     >>>  >>>>      through the processes of creating
>     >         >     zero
>     >         >     >>>             files, etc. In
>     >         >     >>>  >>>>      any event, if you want to test
>     >         a pvr,
>     >         >     >>>             then you need a
>     >         >     >>>  >>>>      contrast for it.
>     >         >     >>>  >>>>      3) below is a sample of my
>     >         fsgd file.
>     >         >     >>>             are the
>     >         >     >>>  >>>>  constrasts correct?
>     >         >     >>>  >>>>      hard to say without resolving the
>     >         >     >>>  questions above. You
>     >         >     >>>  >>>>      will need to have a value in the
>     >         >     >>>  contrast for each pvr.
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>
>     >         >     >>>  >>>>      On 8/2/2019 3:56 PM, miracle
>     >         >     ozzoude wrote:
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>          External Email - Use Caution
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  Hello Doug,
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  Thanks for answering. Based on your
>     >         >     >>>  explanation, i
>     >         >     >>>  >>>>>  wrote out a series of command needed
>     >         >     >>>             to execute this.
>     >         >     >>>  >>>>>  Please let me know if i made any
>     >         >     >>>  mistakes/correct.
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step1 concatenating the 10 amyloid
>     >         >     >>>             pet volumes files
>     >         >     >>>  >>>>>  projected to surface using
>     >         >     >>>  mri_vol2surf for group1
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat --f grp1.lhmgxctx --o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --prune
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat --f grp2.rhmgxctx --o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --prune
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step2 concatenating the 20 amyloid
>     >         >     >>>             pet volumes files
>     >         >     >>>  >>>>>  projected to surface using
>     >         >     >>>  mri_vol2surf for group2
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat --f grp2.lhmgxctx --o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --prune
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat --f grp2.rhmgxctx --o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --prune
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step3 smooth on the surface for
>     >         each
>     >         >     >>>  hemisphere for
>     >         >     >>>  >>>>>  group1
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_surf2surf --hemi lh --s
fsaverage
>     >         >     >>>             --sval
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --fwhm 5
>     >         >     >>>  >>>>>  --cortex --tval
>     >         >     >>>  allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_surf2surf --hemi rh --s
fsaverage
>     >         >     >>>             --sval
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp1.rlhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz
>     >         >     --fwhm 5
>     >         >     >>>  >>>>>  --cortex --tval
>     >         >     >>>  allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step4 smooth on the surface for
>     >         each
>     >         >     >>>  hemisphere for
>     >         >     >>>  >>>>>  group2
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_surf2surf --hemi lh --s
fsaverage
>     >         >     >>>             --sval
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz --fwhm 5
>     >         >     >>>  >>>>>  --cortex --tval
>     >         >     >>>  allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_surf2surf --hemi rh --s
fsaverage
>     >         >     >>>             --sval
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.rlhmgxctx.fsaverage.sm00.nii.gz
>     >         >     --fwhm 5
>     >         >     >>>  >>>>>  --cortex --tval
>     >         >     >>>  allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step5 create files of zeros for
>     >         >     >>>             group1 for each
>     >         >     >>>  >>>>>  hemisphere
>     >         >     >>>  >>>>>  fscalc
>     >         >     >>>  allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
mul 0 -o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  fscalc
>     >         >     >>>  allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
mul 0 -o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>   ##step6 create files of zeros for
>     >         >     >>>             group2 for each
>     >         >     >>>  >>>>>  hemisphere
>     >         >     >>>  >>>>>  fscalc
>     >         >     >>>  allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
mul 0 -o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  fscalc
>     >         >     >>>  allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
mul 0 -o
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step7 create pvr files for group1
>     >         >     >>>             for each hemisphere
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat
>     >         >     >>>  allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz --o
>     >         >     >>>  >>>>>  lh.pvr_grp1_pet.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat
>     >         >     >>>  allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >   allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz --o
>     >         >     >>>  >>>>>  rh.pvr_grp1_pet.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ##step8 create pvr files for group2
>     >         >     >>>             for each hemisphere
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat
>     >         >     >>>  allgrp1.lhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.lhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz --o
>     >         >     >>>  >>>>>  lh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat
>     >         >     >>>  allgrp1.rhmgxctx.fsaverage.sm05.zero.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >          allgrp2.rhmgxctx.fsaverage.sm05.nii.gz --o
>     >         >     >>>  >>>>>  rh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ###-----repeat steps 1-8  for
>     >         cortical
>     >         >     >>>  thickness-------
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ###run glm-fit for group1
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_glmfit --y
lh.pvr_grp1_pet.nii.gz
>     >         >     >>>             --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>>  project.fsgd dods --c pvr1.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>>  lh_pvr_grp1_thickness.mgh --surf
>     >         fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex
>     >         >     >>>  >>>>>  --glmdir
lh.grp1.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_glmfit --y
rh.pvr_grp1_pet.nii.gz
>     >         >     >>>             --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>>  project.fsgd dods --c pvr1.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>>  rh_pvr_grp1_thickness.mgh --surf
>     >         fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex
>     >         >     >>>  >>>>>  --glmdir
rh.grp1.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  ###run glm-fit for group2
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_glmfit --y
lh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         >     >>>             --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>>  project.fsgd dods --c pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>>  lh_pvr_grp2_thickness.mgh --surf
>     >         fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex
>     >         >     >>>  >>>>>  --glmdir
lh.grp2.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_glmfit --y
rh.pvr_grp2_pet.nii.gz
>     >         >     >>>             --fsgd
>     >         >     >>>  >>>>>  project.fsgd dods --c pvr2.mtx --pvr
>     >         >     >>>  >>>>>  rh_pvr_grp2_thickness.mgh --surf
>     >         fsaverage lh
>     >         >     >>>  --cortex
>     >         >     >>>  >>>>>  --glmdir
rh.grp2.pet.thickness.glmdir
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>          My questions.
>     >         >     >>>  >>>>>          1) will my fsgd file contain
>     >         >     both groups?
>     >         >     >>>  >>>>>          2) If the answer from
>     >         question
>     >         >     is yes,
>     >         >     >>>             i should have 2
>     >         >     >>>  >>>>>  contrasts (pvr1.mtx for group1 and
>     >         >     >>>  pvr2.mtx for
>     >         >     >>>  >>>>>  group2). yes/no?
>     >         >     >>>  >>>>>          3) below is a sample of
>     >         my fsgd
>     >         >     file.
>     >         >     >>>             are the
>     >         >     >>>  >>>>>  constrasts correct?
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  Thank you very much.
>     >         >     >>>  >>>>>  Paul.
>     >         >     >>>  >>>>>          The fsgd file lists:
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>
>     >
   -------------------------------------------------------------
>     >         >     >>>  >>>>>  GroupDescriptorFile 1
>     >         >     >>>  >>>>>  Title Relationship Amy-thick reg out
>     >         >     >>>             age and education
>     >         >     >>>  >>>>>  Class g1
>     >         >     >>>  >>>>>  Class g2
>     >         >     >>>  >>>>>  Variable Age Education
>     >         >     >>>  >>>>>  Input XX1 g1 60 16
>     >         >     >>>  >>>>>  Input YY1 g2 62 20
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>
>     >
   -------------------------------------------------------------
>     >         >     >>>  >>>>>  matrix for group1:
>     >         >     >>>  >>>>>  pvr1.mtx= 1 0 0 0 0 0 0
>     >         >     >>>  >>>>>          is there a relationship
>     >         between
>     >         >     >>>  amyloid-thickness in group1 regressing
>     >         out age
>     >         >     >>>  >>>>>          and education?
>     >         >     >>>  >>>>>  matrix for group2:
>     >         >     >>>  >>>>>  pvr2.mtx= 0 1 0 0 0 0 0
>     >         >     >>>  >>>>>          is there a relationship
>     >         between
>     >         >     >>>  amyloid-thickness in group2 regressing
>     >         out age
>     >         >     >>>  >>>>>          and education?
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>          On Thu, Aug 1, 2019 at
>     >         9:44 PM
>     >         >     Greve,
>     >         >     >>>  Douglas N.,Ph.D.
>     >         >     >>>  >>>>>          <DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>
>     <mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu
<mailto:DGREVE@mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  Each PVR adds a single column to
>     >         >     >>>             the design
>     >         >     >>>  >>>>>  matrix. In a two group design,
>     >         >     >>>             this can make it
>     >         >     >>>  >>>>>  tricky to set up. Let's say you
>     >         >     >>>             have 10 of group1
>     >         >     >>>  >>>>>  and 20 of group2. You will need to
>     >         >     >>>             create two PVR
>     >         >     >>>  >>>>>  files, each with 30=10+20 frames.
>     >         >     >>>             In the first
>     >         >     >>>  >>>>>  one, the first 10 frames will be
>     >         >     >>>  cortical
>     >         >     >>>  >>>>>  thickness (or amyloid sampled on
>     >         >     >>>             the surface) of
>     >         >     >>>  >>>>>  group1; the next 20 frames will be
>     >         >     >>>             all zeros. For
>     >         >     >>>  >>>>>  the 2nd PVR, the first 10 frames
>     >         >     >>>             will be 0s and
>     >         >     >>>  >>>>>  the next 20 frames will be the
>     >         >     >>>  cortical thickness
>     >         >     >>>  >>>>>  (or amyloid) for group2. I would
>     >         >     >>>             start by running
>     >         >     >>>  >>>>>  mris_preproc for the two groups
>     >         separate (so 2
>     >         >     >>>  >>>>>  files, one with 10 frames the
>     >         >     >>>             other 20 frames).
>     >         >     >>>  >>>>>  Then create the file of zeros using
>     >         >     >>>  >>>>>  fscalc group2.mgz mul 0 -o
>     >         >     >>>  group2.zeros.mgz
>     >         >     >>>  >>>>>  Then
>     >         >     >>>  >>>>>  mri_concat group1.mgz
>     >         group2.zeros.mgz --o
>     >         >     pvr1.mgz
>     >         >     >>>  >>>>>  Then create the contrast based on
>     >         >     >>>             the FSGD, but
>     >         >     >>>  >>>>>  then add two more numbers, one for
>     >         >     >>>             PVR1 (which
>     >         >     >>>  >>>>>  tests for the within group
>     >         >     >>>  correlation), and one
>     >         >     >>>  >>>>>  for PVR2
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>  On 8/1/2019 3:14 PM, miracle
>     >         >     >>>  ozzoude wrote:
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>          External Email - Use
Caution
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>  Please, can anyone help me with
>     >         this.
>     >         >     >>>  >>>>>>    Thank you
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    Paul
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>  ---------- Forwarded message
>     >         ---------
>     >         >     >>>  >>>>>>    From: *miracle ozzoude*
>     >         >     >>>             <miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com> <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>>>
>     >         >     <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>>>> <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com> <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>>>
>     >         >     <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
<mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>  <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com> <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>>>
>     >         >     <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
<mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>>>
>     >         >     >>>  <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com> <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>>>
>     >         >     <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>
>     >         <mailto:miracooloz@gmail.com
<mailto:miracooloz@gmail.com>
>     <mailto:miracooloz@gmail.com <mailto:miracooloz@gmail.com>>>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    Date: Wed, Jul 31, 2019 at
2:11 PM
>     >         >     >>>  >>>>>>  Subject: multimodal analysis
>     >         (pet and cortical
>     >         >     >>>  >>>>>>  thickness relationship) using --pvr
>     >         >     >>>  >>>>>>    To: Douglas N Greve
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >          <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>
>      <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >          <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
>     >         >     >>>
>      <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
>     >         >     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
>     >         <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
>     <mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
<mailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    Hello Experts,
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    I am performing an analysis
>     >         >     >>>  looking at the
>     >         >     >>>  >>>>>>  relationship between amyloid
>     >         uptake and
>     >         >     cortical
>     >         >     >>>  >>>>>>  thickness using --pvr flag in
>     >         mri_glmfit.
>     >         >     I've 2
>     >         >     >>>  >>>>>>  groups and 2 variables (age and
>     >         education). I
>     >         >     >>>  >>>>>>    want to run a within group
>     >         >     >>>  analysis while
>     >         >     >>>  >>>>>>  regressing out age and education
>     >         (i.e. Within
>     >         >     >>>  >>>>>>    group 1, is there a negative
>     >         >     >>>  relationship between
>     >         >     >>>  >>>>>>  amyloid uptake and cortical
>     >         thickness
>     >         >     regressing
>     >         >     >>>  >>>>>>    out the effects of age and
>     >         >     >>>  education).
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>  However, i'm not sure how my pvr
>     >         contrasts
>     >         >     will
>     >         >     >>>  >>>>>>    look like. Below are my fsgd and
>     >         >     >>>             an attempt at
>     >         >     >>>  >>>>>>  creating contrasts. Please, can
>     >         you let me
>     >         >     know
>     >         >     >>>  >>>>>>    if my contrasts are correct based
>     >         >     >>>             on my questions.
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    Thank you.
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    Best,
>     >         >     >>>  >>>>>>    Paul
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>    The fsgd file lists:
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>
>     >
   -------------------------------------------------------------
>     >         >     >>>  >>>>>>  GroupDescriptorFile 1
>     >         >     >>>  >>>>>>    Title Relationship Amy-thick reg
>     >         >     >>>             out age and education
>     >         >     >>>  >>>>>>    Class g1
>     >         >     >>>  >>>>>>    Class g2
>     >         >     >>>  >>>>>>  Variable Age Education
>     >         >     >>>  >>>>>>    Input XX1 g1 60 16
>     >         >     >>>  >>>>>>    Input XX2 g1 58 14
>     >         >     >>>  >>>>>>    Input YY1 g2 62 20
>     >         >     >>>  >>>>>> ��  Input YY1 g2 62 20
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>
>     >
   -------------------------------------------------------------
>     >         >     >>>  >>>>>>  matrix for group1:
>     >         >     >>>  >>>>>>  pvrgroup1= 1 0 0 0 0 0 0
>     >         >     >>>  >>>>>>    is there a relationship between
>     >         >     >>>  amyloid-thickness in group1 regressing
>     >         out age
>     >         >     >>>  >>>>>>    and education?
>     >         >     >>>  >>>>>>  matrix for group2:
>     >         >     >>>  >>>>>>  pvrgroup2= 0 1 0 0 0 0 0
>     >         >     >>>  >>>>>>    is there a relationship between
>     >         >     >>>  amyloid-thickness in group2 regressing
>     >         out age
>     >         >     >>>  >>>>>>    and education?
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >     >>>  >>>>>>
>     >         >   _______________________________________________
>     >         >     >>>  >>>>>>  Freesurfer mailing list
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