9 Apr
2018
9 Apr
'18
10:44 a.m.
Hi Anna
no attachments :<
Srishti's issue stemmed from control points outside of the head. The current (dev) version of mri_normalize detects and removes them. Can you grab a new version of mri_normalize and see if it fixes your problem? Let us know your hardware/software environment and we will get it to you
cheers Bruce
On Fri, 6 Apr 2018, Anna Daniels wrote:
Hi Bruce, hi Srishti,
I have exactly the same problem with several subjects rerunning recon-all and there was sufficient memory available. I also tried out the last command directly which resulted in the same error log.
mri_normalize -f/home/anna/FREESURFER/00_DATA_MABT1T2/02a_MABT1T2_cross_edits_transfer/rrer uncrosstest_cp17/22275_T1_fs_edit/tmp/control.dat -mprage -aseg aseg.presurf.mgz -mask brainmask.mgz norm.mgz brain.mgz
Attached you can find the input file.
Thank you and best, Anna[icon_10_generic_list.png] 22275_T1_fs_edit.zip[IMAGE]
can you email us the input file and the full command line you ran? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > So it gave this error: > > 3d normalization pass 1 of 2 > > white matter peak found at 110 > > HISTOalloc(-2147483648): could not allocate histogram > > Cannot allocate memory > > > Best, > Srishti > Social/Clinical Research Specialist > Child Imaging Research and Life Experiences Lab > University of North Carolina at Chapel Hill > email (W): srishtig@email.unc.edu > skype: srishti.goel12 > > > On Thu, Apr 5, 2018 at 12:43 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > let's see if it works. If it does, you should be able to run > > recon-all -s SUBJID -make all > > cheers > Bruce > > > On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > Should I re-run the recon-all after running the last command from recon-all.cmd? > > Best, > Srishti > Social/Clinical Research Specialist > Child Imaging Research and Life Experiences Lab > University of North Carolina at Chapel Hill > email (W): srishtig@email.unc.edu > skype: srishti.goel12 > > > On Thu, Apr 5, 2018 at 12:31 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > ? ? ? Hi Srishti > > ? ? ? if you look in the subject's scripts dir there should be a file named "recon-all.cmd". Try > rerunning the last > ? ? ? command in it (probably from the mri dir) > > ? ? ? cheers > ? ? ? Bruce > ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > ? ? ? ? ? ? I am sorry, I am not sure what do you mean by running the command line directly? > ? ? ? ? ? ? I use the following command: > > ? ? ? ? ? ? sbatch --mem 2200 -t 6-00:00 --mail-type END --mail-user srishtig@email.unc.edu --wrap > "export > ? ? ? ? ? ? SUBJECTS_DIR=/proj/hng/sheridanlab/freeSurfer/DukeYAS/Freesurfer_out/; recon-all -s 13166 > ? ? ? ? ? ? -autorecon2-cp -autorecon3 -nowmsa" > > > ? ? ? ? ? ? where sbatch..... until export is our local server submission command and I run this > command from the > ? ? ? ? ? ? command line itself, not > ? ? ? ? ? ? using any script. > > > ? ? ? ? ? ? Best, > ? ? ? ? ? ? Srishti > ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist > ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab > ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill > ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu > ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 > > > ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:24 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > ? ? ? ? ? ? ? ? ? if you run the command that failed again on the command line directly (that is, not > in > ? ? ? ? ? ? recon-all) does it fail > ? ? ? ? ? ? ? ? ? again? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Bruce, > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The machine definitely hasn't run out of memory. Here is the memory usage > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? from recon-all.log ? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?total ? ? ? ? ? ? ?used ? ? ? ?free ? ? ? ? ? ? ? ? ? > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? shared ?buff/cache ? available > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Mem: ? ? ?263726968 ? ?34330048 ? 152102696 ? ? ? 12944 ? ?77294224 ? > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 191963372 > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Swap: ? ? ? 2097148 ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 2097148 > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? email (W): srishtig@email.unc.edu > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:16 PM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? wrote: > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Srishti > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? are you sure that your machine didn't just run out of memory? > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The recon-all.log file includes the amount of free (and total) > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? memory at the time the process was started. > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cheers > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bruce > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi, > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? I have been trying to edit structural brains and > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? very few times I would get the following error while > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? running recon-all -s > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subjID > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? white matter peak found at 110 > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cannot allocate memory > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Upon looking at the archive, there was only one > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? similar issue and it was recommend to check mri_info > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as the brain mask might > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? have been corrupted. I did that and here is the > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Volume information for brainmask.mgz > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: MGH > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? dimensions: 256 x 256 x 256 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? voxel sizes: 1.000000, 1.000000, 1.000000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: UCHAR (0) > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? fov: 256.000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? dof: 0 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xstart: -128.0, xend: 128.0 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ystart: -128.0, yend: 128.0 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? zstart: -128.0, zend: 128.0 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? TR: 0.00 msec, TE: 0.00 msec, TI: 0.00 > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? msec, flip angle: 0.00 degrees > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? nframes: 1 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? PhEncDir: UNKNOWN > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? FieldStrength: 0.000000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras xform present > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xform info: x_r =? -1.0000, y_r = ? 0.0000, z_r > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_r =? ? -1.0000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_a = ? 0.0000, y_a = ? 0.0000, z_a > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 1.0000, c_a =? ? 37.5000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_s = ? 0.0000, y_s =? -1.0000, z_s > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_s = ? ? 4.7185 > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? talairach xfm > ? ? ? ? ? ?:/pine/scr/s/r/srishtig/Duke_Test/Freesurfer_out/11039/mri/transforms/talai r > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ach.xfm > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Orientation ? : LIA > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Primary Slice Direction: coronal > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel to ras transform: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? 127.0000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? 0.0000 ? 1.0000 ? -90.5000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000? -1.0000 ? 0.0000 ? 132.7185 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? ? 1.0000 > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel-to-ras determinant -1 > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras to voxel transform: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000? -0.0000? -0.0000 ? 127.0000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? -0.0000? -1.0000 ? 132.7185 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000 ? 1.0000? -0.0000? ? 90.5000 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? -0.0000? -0.0000 ? ? 1.0000 > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Is there any other way to resolve this issue than > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? reconstruction the brain again and doing all the > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? edits all over again hoping > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? that the?brain mask does not get corrupted this > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? time? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Appreciate any help with this. > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? _______________________________________________ > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer mailing list > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The information in this e-mail is intended only for the person to whom > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? it is > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? addressed. 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