Re: [Freesurfer] AR2 Error

There is an error there, but it is different. This one is with mri_ca_register. It looks like you ran it again after that, but there is no error at the end. doug

On 06/10/2013 03:07 PM, Erin Browning wrote:

No problem. Here's the log file again. http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv The last iteration of AR2 and 3 I ran starts at line 6209. Hope this helps!

On Mon, Jun 10, 2013 at 1:57 PM, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:

Hi Erin, I've misplaced that log file. Can you send it to me
again? it is not a big deal, except that it is not behaving the
way I would expect which means that it might be me that is not
understanding something.
thanks
doug


On 06/10/2013 02:34 PM, Erin Browning wrote:

    I checked the log, and I ran AR2 + 3 on line 6209. It failed
    with the same error as AR2 alone. Further up, we'd only ran
    AR2. I didn't delete the log when I tried to rerun it several
    times, so it looks like all the failed ones appended to the
    log in order (so the newest ones are last).

    Thanks for the updated file! We're rerunning several AR2+3 now
    with it.


    On Fri, Jun 7, 2013 at 5:05 PM, Douglas N Greve
    <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote:

        The recon-all.log fail indicates that you did not use the
        -autorecon3 flag. In any event, I'm trying to get you a new
        version of mri_segstats, but it looks like our snowleopard
    build
        has not gone through since I made the change. I'll try
    again over
        the weekend or on Monday.
        doug



        On 06/07/2013 06:01 PM, Erin Browning wrote:


            The last thing I ran was

            recon-all -s freesurfer -autorecon2 -autorecon3

            Which still failed.

            We quality check after ar1, so we need to run ar1
    separately
            from ar2 and 3.

            On Jun 7, 2013 4:53 PM, "Douglas N Greve"
            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote:


                you need to include the -autorecon3 flag
    simultaneously
            with the
                -autorecon1 and -autorecon2 flags.


                On 06/07/2013 05:45 PM, Erin Browning wrote:


                    It fails before ar3 runs.

                    On Jun 7, 2013 2:54 PM, "Douglas N Greve"
                    <greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote:


                        There is no indication in this log file
    that you ran
                    autorecon3
                        doug


                        On 06/07/2013 02:51 PM, Erin Browning wrote:

                            Here's the log. I ran
    mri_add_xform_to_header
            after it
                    failed
                            again last time and am currently rerunning
            AR2+3 on
                    it, so you
                            can probably ignore the latest
    modifications
            to it.

    http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=iowkgmv

                            We're running Mac OSX 10.6.8.

                            Thanks,
                            Erin


                            On Fri, Jun 7, 2013 at 12:22 PM,
    Douglas N Greve
                            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote:

                                Hmmm, I don't know. I think that
    something
            strange is
                            happening.
                                Can you
                                send me the new recon-all.log
    file? Also,
            tell me what
                            platform
                                you are
                                using and I'll send you a new
    version of
            mri_segstats

                                doug



                                On 06/07/2013 01:14 PM, Erin
    Browning wrote:
                                > Could it be that since we skip
    motioncor, we
                    skip the
                                > mri_add_xform_to_header program
    as well?
            Should I be
                            running that
                                > separately?
                                >
                                > Thanks,
                                > Erin Browning
                                >
                                >
                                > On Fri, Jun 7, 2013 at 11:54 AM,
    Erin
            Browning
                            <brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                                <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>
                                > <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>> wrote:
                                >
                                >     Hi Doug--
                                >
                                >     Running:
                                >
                                >     recon-all -s freesurfer
    -autorecon2
            -autorecon3
                                >
                                >     produced the same error.
    Could you
            send me
                    the new
                            version
                                of the
                                >     program?
                                >
                                >     Thanks!
                                >     Erin Browning
                                >
                                >
                                >     On Thu, Jun 6, 2013 at 3:01 PM,
            Douglas N Greve
                                >     <greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote:
                                >
                                >
                                >         OK, this is a known
    problem when
            running
                            recon-all with
                                >         -autorecon1
                                >         -autorecon2 but not
    autorecon3.
            If you
                    run it with
                                >         -autorecon3, then it
                                >         should run all the way
    through
            without a
                    problem.
                                >         Alternatively, I can
                                >         give you a new version
    of the
            offending
                    program
                                (mri_segstats)
                                >         that will
                                >         allow you to use just
    ar1 and ar2.
                                >
                                >         doug
                                >
                                >
                                >
                                >
                                >         On 06/06/2013 03:46 PM, Erin
            Browning wrote:
                                >         > Here is the log file.
                                >         >
                                >         >
    http://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2/?p=zrh2oi9>
                                >         >
                                >         > Thank you!
                                >         >
                                >         >
                                >         > On Thu, Jun 6, 2013 at
    2:43
            PM, Erin
                    Browning
                                >         <brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>
                                <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>
                                >         >
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>
                                <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>
                            <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>
                    <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu> <mailto:brownin8@uwm.edu
    <mailto:brownin8@uwm.edu>>
            <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>
    <mailto:brownin8@uwm.edu <mailto:brownin8@uwm.edu>>>>>>>> wrote:
                                >         >
                                >         >     Yes, it was. I
    tried copy and
                    pasting it
                            and just
                                >         attaching the
                                >         >     log file. Can I
    paste urls
            here?
                    I'll just
                            upload
                                it to
                                >         pastebin
                                >         >     or something like
    that.
                                >         >
                                >         >
                                >         >     On Thu, Jun 6, 2013 at
            2:38 PM,
                    Douglas N
                            Greve
                                >         >    
    <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                                >
     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
                                >
     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                                >
     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote:
                                >         >
                                >         > That's weird, people
            upload their
                            recon-all.log
                                >         files all the
                                >         > time. Was
                                >         >         the email
    kicked back
            to you?
                                >         >
                                >         >         On 06/06/2013
    03:27
            PM, Erin
                    Browning
                            wrote:
                                >         >         > The log file for
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                                >         >         >
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                                >         >         > On Thu, Jun
    6, 2013
            at 1:48 PM,
                            Douglas N Greve
                                >         >         >
            <greve@nmr.mgh.harvard.edu
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     <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
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                                <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
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                            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote:
                                >         >         >
                                >         >         >     Hi Erin,
    thanks for
                    reposting.
                            Can you
                                post the
                                >         > recon-all.log file?
                                >         >         > doug
                                >         >         >
                                >         >         >
                                >         >         >     On
    06/06/2013
            02:37 PM, Erin
                            Browning wrote:
                                >         >         > > Hi everyone--
                                >         >         > >
                                >         >         > > I emailed
    the other
                    day about
                                hyperintensity
                                >         after running
                                >         >         > motioncor.
                                >         >         > > We've skipped
                    motioncor in our
                            processing
                                >         now, but we
                                >         >         keep getting
                                >         >         > > this error
    while
                    running AR2.
                                >         >         > >
                                >         >         > > \n
    mri_ca_register
                            -invert-and-save
                                >         >
    transforms/talairach.m3z \n
                                >         >         > > mri passed
    volume
            size is
                            different
                                from the
                                >         one used
                                >         >         to create
                                >         >         >     M3D data
                                >         >         > > Loading,
    Inverting,
                    Saving,
                            Exiting ...
                                >         >         > > Reading
                    transforms/talairach.m3z
                                >         >         > > gunzip -c
                    transforms/talairach.m3z
                                >         >         > > Inverting GCAM
                                >         >         > > ERROR:
    mri_ca_register
                    with
                            non-zero
                                status 0
                                >         >         > > Darwin
    cerebrum.uwm.edu <http://cerebrum.uwm.edu>
    <http://cerebrum.uwm.edu>
            <http://cerebrum.uwm.edu>
                            <http://cerebrum.uwm.edu>
                                <http://cerebrum.uwm.edu>
                                >         <http://cerebrum.uwm.edu>
                    <http://cerebrum.uwm.edu>
                                >         >        
    <http://cerebrum.uwm.edu>
                                >         >         >          
    <http://cerebrum.uwm.edu> 10.8.0
                            Darwin
                                Kernel
                                >         >         > > Version
    10.8.0:
            Tue Jun  7
                            16:33:36
                                PDT 2011;
                                >         >         > >
                            root:xnu-1504.15.3~1/RELEASE_I386 i386
                                >         >         > > recon-all -s
                    freesurfer exited
                            with ERRORS
                                >         at Wed Jun  5
                                >         >         > 19:32:56 CDT
    2013
                                >         >         > >
                                >         >         > > I tried
    rerunning
                    recon-all -s
                            freesurfer
                                >         -talairach
                                >         > before running
                                >         >         > > AR2, and
    that didn't
                    fix the
                            error. What's
                                >         going wrong?
                                >         >         > >
                                >         >         > > Thanks,
                                >         >         > > Erin Browning
                                >         >         > >
                                >         >         > >
                                >         >         > >
                                >         >         > >
     _______________________________________________
                                >         >         > > Freesurfer
    mailing
            list
                                >         >         > >
    Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>

    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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                                >
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
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            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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                                >         >
             <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
                                >
     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>

    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>
                                >         >         >
                     <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
                            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
                    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
    <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
            <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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    https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
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                                >         >         > Douglas N.
    Greve, Ph.D.
                                >         >         > MGH-NMR Center
                                >         >         >

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