External Email - Use Caution
Hi,
I’m trying to run thesegment_T1.sh command on centos 7 in docker (fs 7.2.0). I have matlab v2014b installed in fs there. The subjects were successfully put through recon-all on mac Big Sur (also fs 7.2.0 but matlab does not want to work with Big Sur). I don’t know what to do with the error I get with every recon-all’d subject:
Smoothing mesh collection with kernel size 0.750000 ...Smoothing class: 0 /usr/local/freesurfer/bin/run_segmentSubjectT1_autoEstimateAlveusML.sh: line 40: 797 Killed /usr/local/freesurfer/bin/segmentSubjectT1_autoEstimateAlveusML bmat1 /usr/local/freesurfer/subjects 0.333333333333333333333333333333333333 /usr/local/freesurfer/average/HippoSF/atlas/AtlasMesh.gz /usr/local/freesurfer/average/HippoSF/atlas/AtlasDump.mgz /usr/local/freesurfer/average/HippoSF/atlas/compressionLookupTable.txt 0.05 left L-BFGS v21 '/usr/local/freesurfer/bin/fs_run_from_mcr /usr/local/freesurfer/bin/' 0 Linux 3520b46e7a14 5.10.47-linuxkit #1 SMP Sat Jul 3 21:51:47 UTC 2021 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
T1 hippocampal subfields exited with ERRORS at Thu Sep 16 23:20:28 UTC 2021
For more details, see the log file /usr/local/freesurfer/subjects/bmat1/scripts/hippocampal-subfields-T1.log
If any one of you has run into this kind of problem or know how to solve it, I’d be happy to hear your thoughts.
Kind regards, Agata
Klauzula poufności. Ta wiadomość pocztowa i wszelkie załączone do niej pliki są poufne i podlegają ochronie prawnej. Jeśli nie jesteś jej prawidłowym adresatem, jakiekolwiek wykorzystanie w tym zapoznanie się z treścią przesłanych informacji, jej ujawnienie, reprodukcja, dystrybucja lub inne rozpowszechnienie, są ściśle zabronione. Jeśli otrzymał/a Pan/i niniejszy przekaz wskutek błędu, proszę o niezwłocznie powiadomienie nadawcy i usunięcie otrzymanych informacji. Kontakt: Uniwersytet Medyczny w Łodzi, 90–419 Łódź, Al. Kościuszki 4, Rektorat – Centrala, Tel. 42 272 59 66 umed.lodz.pl Confidentiality Notice - This e-mail is confidential, may be legally privileged. If you are not the intended recipient, you may not use, disclosure, distribute, copy, print or rely on this e-mail. If you received this e-mail in error, please notify the sender and delete the material from any computer.Contact:Medical University of Lodz, 90–419 Lodz, POLAND, 4 Kosciuszki Avenue, Rector’s Office, phone 0048 42 272 59 66 umed.lodz.pl