Hello everybody,
please have a look at this email from my collegue Cindy!
Claus
----------------------------------------------------------- Dear freesurfers,
I would like to do a cortical thickness group comparison of patients and two control groups. Therefore I already pre-processed my data with an older version of freesurfer (I think v3.05). As I tried to create an average subject I realized that there is a bug in the make_average_subject script of v3.0.5 so that no ?h.thickness cards were calculated for my average subject. I learned from the mailing list archive that I could create the thickness cards using mri_surf2surf but was not sure how to define the necessary variables. Just using a newer script (e.g. v4.04) unfortunately was not possible as the older version of freesurfer did not yield all cards necessary during the pre-processing and the resulting average brain looked kind of deformed. Now my question: does anyone still work with the freesurfer version v4.0.0 and could sent me the make_average_subject script of this version? There the mentioned bug should have been fixed...
Thanks and greatings
Cindy
-------- Original-Nachricht --------
Datum: Mon, 3 Nov 2008 14:35:50 +0100 (CET) Von: Claus Tempelmann Claus.Tempelmann@med.ovgu.de An: Cindy Eckart Cindy.Eckart@gmx.de Betreff: Re: freesurfer average
Hallo nochmals,
ich habe mal kurz in das log-file reingeschaut. Da taucht ja in der ersten haelfte recht haeufig die Meldung "could not open ..." auf. Bist Du sicher, dass das nichts mit dem Problem zu tun hat?
Claus
Claus Tempelmann email: Claus.Tempelmann@medizin.uni-magdeburg.de Clinic for Neurology II MR department Tel.: +49-(0)391-6117183 OvG University Magdeburg +49-(0)391-6117177 Leipziger Strasse 44 39120 Magdeburg Fax: +49-(0)391-6117178 Germany
On Mon, 3 Nov 2008, Cindy Eckart wrote:
make_average_subject --subjects <subj1> >subj2> ... <subj36> --echo
--out averagesubject
das "--echo"-Flag ist dabei jedoch irrelevant, weil es nur festlegt,
dass ein dokumentierendes log-file erstellt wird (das hab ich dir vorsichtshalber auch einmal angehängt)
LG Cindy
-------- Original-Nachricht --------
Datum: Mon, 3 Nov 2008 13:39:37 +0100 (CET) Von: Claus Tempelmann Claus.Tempelmann@med.ovgu.de An: Cindy Eckart Cindy.Eckart@gmx.de CC: Claus Tempelmann Claus.Tempelmann@med.ovgu.de Betreff: Re: freesurfer average
Hallo Cindy,
kannst Du mir dazu noch Deine verwendete Befehlszeile schicken?
Danke
Claus
Claus Tempelmann email: Claus.Tempelmann@medizin.uni-magdeburg.de Clinic for Neurology II MR department Tel.: +49-(0)391-6117183 OvG University Magdeburg +49-(0)391-6117177 Leipziger Strasse 44 39120 Magdeburg Fax: +49-(0)391-6117178 Germany
On Mon, 3 Nov 2008, Cindy Eckart wrote:
Hallo Claus,
hier die beiden Hemisphären des freesurfer average als TIFF-Datei...
vielleicht auch noch ganz nützlich, das average wurde anhand von 36 Probanden aus 3 Gruppen erstellt...
Vielen dank und liebe Grüße
Cindy
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