I believe if you simply run:
$> recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject case018_tp2 -all
You should be all set. You do not need to type any of the following commands:
clear cd /volumetric ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
-Zeke
Zeke,
I created another directory named "volumetric" and put my data under it. To final check before running the recon-all, here is the info from terminal: -------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 -------- Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL) FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni ubuntu:~> cd /volumetric ubuntu:/volumetric> ls Case018 Case022
and I'm going to run this:
#!/bin/tcsh
clear cd /volumetric ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject case018_tp2 -all
On Fri, Sep 19, 2014 at 1:24 PM, zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
Mahmoud,
If I recall correctly, your on a virtual machine with the /mnt/hgfs/mydata directory being a shared directory, and you werent able to write to it when running recon-all.
So, what you want to do is create another directory within your virtual machine that holds your subjects data. You will still need the $FREESURFER_HOME/subjects directory because that directory contains files required by recon-all, so you will have a separate directory which contains your subjects.
You should not be creating symlinks or anything like that.
Just restore the fsaverage directory from the link I sent you back into $FREESURFER_HOME/subjects, put your subject data somewhere else in the VM, and run recon-all with the correct arguments.
-Zeke
yes, that is true. If it's already there the symlink will fail. You should be able to rm it if it is there an incorrect (or leave it if it
is
there and correct) On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote:
Bruce and Zeke, Thank you so much for your advice. The last question before running the recon again. if I say: cdà /mnt/hgfs/mydata ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
It means that I shouldn't already have the fsaverage under /mydata directory, right ?
Mahmoud
On Fri, Sep 19, 2014 at 12:09 PM, Bruce Fischl fischl@nmr.mgh.harvard.edu wrote: the easiest thing to do is:
cdà /mnt/hgfs/mydata ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage then you don't have to worry about source and target. It will implicitly create the symlink in $PWD cheers Bruce On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote: Bruce, By "symlink from your /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" you mean "ln -s /mnt/hgfs/mydata/fsaverageà /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" ? which fsaverage is the target ? Thanks, Mahmoud On Fri, Sep 19, 2014 at 9:50 AM, Mahmoud <zeydabadi@gmail.com> wrote: à à à Bruce, Thank you for your follow up and advice. Please let me know: 1- How to download the fsaverage again? 2- should I do the symlink manually or it will be done by recon-all later ? 3- What steps should I take before running the recon-all -all ? should I create any specific directory? set any permission ? Best, Mahmoud On Fri, Sep 19, 2014 at 9:41 AM, Bruce Fischl <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: à à à yes, you symlinked it to itself which is why you are à à à getting the infinite recursion error. Youneed
to delete à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage à à à and download the fsaverage dir again, put it in that à à à directory, then symlink from your à à à /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage à à à cheers à à à Bruce à à à On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote: à à à à à à Bruce, à à à à à à I already had my data in a sharedfolder
à à à à à à (/mnt/hgfs/mydata) but I got the à à à à à à permission error the same pointthat I
got the à à à à à à symlink error lastly. So, I à à à à à à tought that might be due tosomething
related à à à à à à to shared directory. à à à à à à Then I copied my subjects underthe
à à à à à à $SUBJECTS_DIR but got the symlinkerror.
à à à à à à running ls -l /usr/local/freesurfer/subjects à à à à à à /fsaverageà shows me this: à à à à à à lrwxrwxrwx 1 mahmoud mahmoud 40Sep 18
20:23 Ã Ã Ã Ã Ã Ã/usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
-> Ã Ã Ã Ã Ã Ã/usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
à à à à à à Thank you, à à à à à à Mahmoud à à à à à à On Fri, Sep 19, 2014 at 9:23 AM,Bruce
Fischl à à à à à à <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> à à à à à à wrote: à à à à à à à à à theà directory à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects isfor
subjects à à à à à à à à à that we distributeand NOT where
you à à à à à à should be putting your à à à à à à à à à subject data. Is thatwhat you
are à à à à à à doing? You may have à à à à à à à à à overwritten the
fsaverage dir
there. Can à à à à à à you run: à à à à à à à à à ls -l à à à à à Ã/usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage
à à à à à à à à à and send us theresults?
à à à à à à à à à you should create adirectory
elsewhere à à à à à à with your subject data à à à à à à à à à and pointSUBJECTS_DIR at it
à à à à à à à à à cheers à à à à à à à à à Bruce à à à à à à à à à On Fri, 19 Sep 2014,Mahmoud
wrote: Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Bruce, Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Here isthe info when I
open a new à à à à à à terminal:
à à à à à à à à à à à à -------- à à à à à à à à à à à à à à à à à à freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 à à à à à à à à à à à à -------- à à à à à à à à à à à à Settingup environment
for à à à à à à FreeSurfer/FS-FAST (and à à à à à à à à à à à à FSL) à à à à à à à à à à à Ã
FREESURFER_HOMEÃ Ã
à à à à à à /usr/local/freesurfer à à à à à à à à à à à ÃFSFAST_HOMEà à à à à Ã
à à à à à à /usr/local/freesurfer/fsfast à à à à à à à à à à à ÃFSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
à à à à à à à à à à à ÃSUBJECTS_DIRà à à à Ã
à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects à à à à à à à à à à à ÃMNI_DIRà à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/mni à à à à à à à à à à à Ã
ubuntu:~>
à à à à à à à à à à à à On Fri,Sep 19, 2014 at
8:56 AM, à à à à à à Bruce Fischl à à à à à à à à à à à à fischl@nmr.mgh.harvard.edu à à à à à à à à à à à à wrote: à à à à à à à à à à à à à Ã
à can you tell us
what your à à à à à à FREESURFER_HOME is à à à à à à à à à à à à and what
your
à à à à à à à à à à à à à Ãà SUBJECTS_DIR
is? You will à à à à à à need to remove the à à à à à à à à à à à à broken
link
à à à à à à à à à à à à à Ãà probably
à à à à à à à à à à à à à Ãà On Fri, 19 Sep
2014, Mahmoud à à à à à à wrote:
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à Hi
Bruce,
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
Actually I couldn't. à à à à à à It says: ls: cannot à à à à à à à à à à à à access à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage: Too à à à à à à many à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à levels
of symbolic à à à à à à links à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à And
even I couldn't cd à à à à à à to fsaverage ! à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à In
fact there is no à à à à à à directoryà under à à à à à à à à à à à Ã
SUBJETCS_DIR
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à named
fsaverage, it à à à à à à seems à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à the
fsaverage under à à à à à à SUBJETCS_DIR is just à à à à à à à à à à à à a broken à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à link,
and I have no à à à à à à idea à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à why
the the link is à à à à à à broken and how to à à à à à à à à à à à à fix it. à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à Any
help would be à à à à à à highly appreciated !
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à Thank
you, Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã Ã
à à à Ã
Mahmoud
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à On
Fri, Sep 19, 2014 à à à à à à at 8:21 AM, Bruce à à à à à à à à à à à à Fischl à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à <fischl@nmr.mgh.harvard.edu> à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à wrote:
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à Hi Mahmoud
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à were you able to à à à à à à create a symlink à à à à à à à à à à à à to
fsaverage
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à in
your à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à SUBJECTS_DIR? If à à à à à à not, that is the à à à à à à à à à à à à reason
for
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à this
error à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à Bruce
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à On Thu, 18 Sep à à à à à à 2014, Mahmoud à à à à à à à à à à à à wrote:
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Dear all,
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à After à à à à à à running "recon-all -i à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à $SUBJECTS_DIR/Case018/case018_tp2/22-1.dcm à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à -subject à à à à à à case018_tp2 -all" à à à à à à à à à à à à I'm
always
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
getting the à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à following à à à à à à error and really à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à don't know à à à à à à how to fix.Ã
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Could à à à à à à anybody please help à à à à à à à à à à à à me. The à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
recon-all.log file à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à is à à à à à à attached.
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Thank you, à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Mahmoud
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Reporting à à à à à à on à 70 à à à à à à à à à à à Ã
segmentations
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à mri_segstats done à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/label à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à #-------------------------------------------- à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à #@# BA à à à à à à Labels lh Thu Sep 18 à à à à à à à à à à à à 20:23:27
EDT
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à 2014
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à INFO: à à à à à à fsaverage subject does à à à à à à à à à à à à not
exist
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à in
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à SUBJECTS_DIR à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à INFO: à à à à à à Creating symlink to à à à à à à à à à à à Ã
fsaverage
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
subject...
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à cd à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects; ln à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à -s
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage; cd à à à à à à -à à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à à mri_label2label à à à à à à à à à à à Ã
--srcsubject fsaverage
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
--srclabel à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à --trgsubject à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à case018_tp2 --trglabel à à à à à à à à à à à Ã
./lh.BA1.label
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à --hemi
lh à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à --regmethod surfaceÃ
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Too many à à à à à à levels of symbolic à à à à à à à à à à à à links à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à mri_label2label: could not à à à à à à à à à à à à open
label
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à file
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à srclabel = à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à srcsubject à à à à à à = fsaverage à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à trgsubject à à à à à à = case018_tp2 à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à trglabel = à à à à à à ./lh.BA1.label à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à regmethod à à à à à à = surface
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à srchemi = à à à à à à lh à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à trghemi = à à à à à à lh à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à trgsurface à à à à à à = white à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à srcsurfreg à à à à à à = sphere.reg à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à trgsurfreg à à à à à à = sphere.reg à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à usehash = à à à à à à 1 à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Use à à à à à à ProjAbs à = 0, 0 à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Use à à à à à à ProjFrac = 0, 0 à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à DoPaint 0
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à SUBJECTS_DIR à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à Ã/usr/local/freesurfer/subjects
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à à à à à à à FREESURFER_HOME à à à à à à à à à à à Ã
/usr/local/freesurfer
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Loading à à à à à à source label. à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Invalid à à à à à à argument à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à ERROR à à à à à à reading à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à Linux à à à à à à ubuntu à à à à à à à à à à à Ã
3.13.0-35-generic
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
#62-Ubuntu SMP Fri à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Aug 15 à à à à à à 01:58:42 UTC 2014 à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à x86_64 à à à à à à x86_64 x86_64 à à à à à à à à à à à Ã
GNU/Linux
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à recon-all à à à à à à -s case018_tp2 à à à à à à à à à à à à exited
with
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à ERRORS
at Thu à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à Sep 18 à à à à à à 20:23:27 EDT 2014
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à à Ã
à à à à For more à à à à à à details, see the à à à à à à à à à à à à log file à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ã/usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/scripts/recon-all.log
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à à _______________________________________________ à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
Freesurfer mailing à à à à à à list à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à à Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ãhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à The
information in à à à à à à this e-mail is à à à à à à à à à à à à intended
only for
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à the
person to whom à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à it is
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
addressed. If you à à à à à à believe this e-mail à à à à à à à à à à à à was sent
to
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à you in
error and the à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à e-mail
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
contains patient à à à à à à information, please à à à à à à à à à à à à contact
the
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
Partners Compliance à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
HelpLine at à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
à à à à à Ãhttp://www.partners.org/complianceline .
à à à à à à à à à à à à If the à à à à à à à à à à à à à Ãà à à à e-mail
was sent to you à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à in
error à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à but
does not contain à à à à à à patient à à à à à à à à à à à Ã
information, please
à à à à à à à à à à à à à Ãà à à Ã
contact the sender à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à à and
properly à à à à à à à à à à à à à Ã
à à à Ã
dispose of the e-mail.
à à à à à à à à à à à à à à à à à à _______________________________________________ à à à à à à à à à à à ÃFreesurfer mailing list
à à à à à à à à à à à à Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu à à à à à à à à à à à à à à à à à Ãhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
à à à à à à à à à à à à Theinformation in this
e-mail is à à à à à à intended only for à à à à à à à à à à à à theperson to whom
à à à à à à à à à à à à it is à à à à à à à à à à à Ãaddressed. If you
believe this à à à à à à e-mail was sent to à à à à à à à à à à à à you in
error and the
à à à à à à à à à à à à e-mail à à à à à à à à à à à à containspatient
information, à à à à à à please contact the à à à à à à à à à à à à PartnersCompliance
à à à à à à à à à à à à HelpLineat
à à à à à à à à à à à à à à à à à Ãhttp://www.partners.org/complianceline .
If à à à à à à the à à à à à à à à à à à à e-mailwas sent to you
à à à à à à à à à à à à in error à à à à à à à à à à à à but doesnot contain
patient à à à à à à information, please à à à à à à à à à à à à contact
the sender
à à à à à à à à à à à à andproperly
à à à à à à à à à à à à disposeof the e-mail.
à à à à à à _______________________________________________ à à à à à à Freesurfer mailing list à à à à à à Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu à à à à à Ãhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
à à à à à à The information in this e-mailis
intended à à à à à à only for the person to whom à à à à à à it is à à à à à à addressed. If you believe thiswas sent à à à à à à to you in error and the à à à à à à e-mail à à à à à à contains patient information,please
contact à à à à à à the Partners Compliance à à à à à à HelpLine at à à à à à Ãhttp://www.partners.org/complianceline .
If à à à à à à the e-mail was sent to you à à à à à à in error à à à à à à but does not contain patient information, à à à à à à please contact the sender à à à à à à and properly à à à à à à dispose of the e-mail. _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.eduhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
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