Hi Fernando - I looked at your data and changing the sign of the z coordinate in your gradient table gave me eigenvectors that looked fine in both fslview and freeview. Why you would get eigenvectors that look different in freeview and fslview before flipping z but not after is still a mystery to me, but at this point I'd just try starting clean, changing the sign in the 3rd column of your gradient table, and testing the whole pipeline on a test subject to see if that fixes things. Let me know how it goes!
a.y
Dear Anastasia, When I open the dtifit_V1 and dtifit_FA with Freeview the vector directions actually are OK, but when I open them with FSLview they are similar to your screen-shot. Here I also send a screen-shot with the comparison between the two softwares in each monitor. Best, Fernando
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