Hi Andreas
sorry, I still don't understand. What do you mean "the necessary label inputs are missing"? Could you send us the commands that you are running and the full screen output?
cheers Bruce On Sat, 17 Dec 2016, andinie@gmx.net wrote:
Hi Bruce, thanks for your fast reply. I tryed to register a vesselmask on the brainmask.mgz with FSL. My aim was to bring this "combined" mask into a label structure, but the necessary label inputs are missing. cheers Andreas -------Originalmeldung------- Von: Bruce Fischl Datum: 16.12.2016 17:57:42 An: Freesurfer support list Betreff: Re: [Freesurfer] Own ROI for cortical thickness measurements Hi Andreas what to you mean "I already tryed the mri_vol2surf and mri_vol2roi, unfortunately without successs." In what way didn't they work? cheers Bruce On Fri, 16 Dec 2016, andinie@gmx.net wrote:
Dear Freesurfer-experts,
I want to create my own ROI for purposes of cortical thickness
measurements in Freesurfer. As input, I have a binary_volume_mask.mgz. But I'm lacking to get this mask as a label or volume into the
FS structure.
I already tryed the mri_vol2surf and mri_vol2roi, unfortunately without
successs.
Looking forward to hearing your suggestion,
Best, Andreas Niebuhr
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