Re: [Freesurfer] Ill-Conditioned/Badly Scaled Matrix Error

Try demeaning and normalizing the covariates.

On 6/9/2021 9:09 AM, Lurie, Lucy wrote:

External Email - Use Caution

External Email - Use Caution

Hello

I am trying to a whole brain analysis with one group and five covariates. I am getting an error that the design matrix may be ill-conditioned or badly scaled. I checked over the fsgd file in TextEdit and it seems to be formatted correctly. I am using Freesurfer version 5.3.0 and my platform is macOS Big Sur version 11.4. I would appreciate any help further troubleshooting this error. Thank you!

ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 13065

Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send:

1. Your command line: mri_glmfit --y

lh.eig_cgORCE_baselineORCE_teenCG.thickness.10.mgh --fsgd eig_cgORCE_baselineORCE_teenCG.fsgd dods --C eig_cgORCE3042_slope.mtx --C eig_cgORCEbaseline_slope.mtx --C eig_teenCGqual_slope.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.eig_cgORCE_baselineORCE_teenCGagesex.glmdir

2. The FSGD file (if using one)

3. And the design matrix

Design matrix ------------------

1.000   0.000   16.660   2.950   2.200 0.000;

1.000   0.000   16.960   1.900   2.600 0.000;

1.000   0.000   17.390   2.450   2.800 0.000;

1.000   1.000   17.130   2.300   2.500 0.000;

1.000   1.000   16.980   2.400   2.300 0.000;

1.000   0.000   17.690   2.200   2.900 0.000;

1.000   1.000   16.870   2.750   2.900 1.000;

1.000   0.000   17.570   2.550   1.700 0.000;

1.000   0.000   17.130   2.150   1.928 0.000;

1.000   1.000   17.650   2.750   2.200 0.000;

1.000   1.000   17.210   2.450   2.500 1.000;

1.000   0.000   15.610   3.100   1.565 1.000;

1.000   0.000   16.440   2.650   2.300 0.000;

1.000   1.000   17.350   2.400   2.600 0.000;

1.000   0.000   16.800   1.600   1.400 0.000;

1.000   1.000   17.980   2.200   2.300 1.000;

1.000   1.000   16.890   2.800   1.600 1.000;

1.000   0.000   16.760   1.100   1.300 0.000;

1.000   1.000   16.790   2.500   1.400 0.000;

1.000   1.000   16.620   2.900   2.800 0.000;

1.000   1.000   16.500   2.500   1.200 0.000;

1.000   1.000   16.290   2.700   3.200 0.500;

1.000   0.000   16.440   3.100   2.500 1.000;

1.000   0.000   17.540   2.100   2.100 1.000;

1.000   1.000   16.810   1.900   2.600 1.000;

1.000   0.000   17.110   2.650   2.400 0.000;

1.000   1.000   16.520   2.000   2.300 0.000;

1.000   1.000   16.520   3.100   3.400 1.000;

1.000   0.000   16.320   3.300   2.800 0.500;

1.000   0.000   16.380   3.200   1.900 1.000;

1.000   0.000   16.570   2.800   2.000 0.000;

1.000   1.000   16.250   2.200   1.600 0.000;

1.000   1.000   16.820   2.900   2.600 1.000;

1.000   0.000   16.580   2.600   2.800 0.000;

1.000   1.000   16.730   2.850   3.150 0.000;

1.000   0.000   16.310   2.600   1.900 0.000;

1.000   1.000   17.010   1.700   2.400 0.000;

1.000   1.000   16.360   3.200   3.200 0.000;

1.000   1.000   16.490   2.400   1.525 0.000;

1.000   0.000   16.300   2.400   1.450 1.000;

1.000   0.000   16.060   2.200   1.300 0.000;

1.000   1.000   16.600   2.200   2.000 0.000;

1.000   0.000   16.720   3.300   2.500 0.000;

1.000   1.000   16.160   2.300   2.200 0.000;

1.000   1.000   16.140   2.800   1.850 0.000;

1.000   1.000   16.550   3.100   2.950 1.000;

1.000   1.000   17.300   3.450   2.700 1.000;

1.000   0.000   16.940   3.000   2.200 1.000;

1.000   1.000   16.550   2.700   2.850 0.000;

1.000   0.000   17.170   3.000   2.900 1.000;

1.000   0.000   17.150   2.800   2.450 0.000;

1.000   0.000   16.650   3.100   1.900 0.500;

1.000   0.000   16.070   2.700   2.900 1.000;

1.000   1.000   16.720   1.800   1.450 1.000;

1.000   0.000   16.150   2.900   1.000 0.000;

1.000   1.000   16.120   2.400   2.200 1.000;

1.000   1.000   17.540   2.600   2.600 0.000;

1.000   1.000   16.840   2.900   1.100 0.000;

1.000   1.000   15.790   3.100   1.600 1.000;

1.000   1.000   16.430   2.800   1.500 0.000;

1.000   0.000   16.390   3.300   2.700 1.000;

1.000   0.000   16.480   3.350   3.000 0.000;

1.000   1.000   16.930   3.000   1.000 0.000;

1.000   1.000   15.550   2.200   2.600 0.000;

1.000   1.000   17.080   2.900   1.500 0.000;

1.000   0.000   16.850   2.500   2.200 0.500;

1.000   1.000   16.700   2.200   1.800 0.000;

1.000   1.000   15.930   2.600   2.000 1.000;

1.000   1.000   16.080   2.600   1.200 0.500;

1.000   0.000   16.130   3.150   1.400 1.000;

1.000   1.000   16.250   3.100   1.400 1.000;

1.000   0.000   16.040   3.250   3.200 1.000;

1.000   0.000   16.040   3.500   2.900 1.000;

1.000   0.000   16.070   1.400   1.000 1.000;

1.000   0.000   16.550   3.200   2.300 1.000;

1.000   0.000   16.120   2.800   2.000 0.500;

1.000   1.000   16.450   3.150   1.400 1.000;

1.000   0.000   15.910   3.400   1.600 1.000;

1.000   1.000   15.700   3.000   2.400 1.000;

Best,

Lucy Lurie (she/her/hers)

Doctoral Student, Clinical Psychology

Department of Psychology and Neuroscience

University of North Carolina at Chapel Hill

CIRCLE Lab https://secure-web.cisco.com/18i_Rf4fzTTcqPA2OQAm3_CnM6qhNKl6D-xG6RO1PJGAuLnAlN2Qa-m8h9EZGbO9Qo7QPQAiBVNevAoHlY-jf9z7dGHxurd8Oe8uw75EoTaRxQZ_Nl1ObEe1gsWQecXmO42TYy9xWhqpijv4wchCBs6bYGaIXNVDP3iaP_YqG99OQMWqyy3Zhq6_BwSFJYIw_edeT9Drrl9CQKiDWXReHaL-jQ4DUC7cHEyRW7ZG8OXH6a9M8dPLZcaM5Lxb8KEYCKOSgtBx3kUPo_h53ZU-lOQ/https%3A%2F%2Fcirclelab.unc.edu%2F

---

Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://secure-web.cisco.com/1boyt9V3TO6KWxLVr6bVFWXRNOkCMvalWZ-BrRgh6O65byG...