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Universitätsklinikum Schleswig-Holstein Rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und der Universität zu Lübeck
Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Jens Scholz (Vorsitzender/CEO), Peter Pansegrau (CFO), Corinna Jendges (COO), Prof. Dr. Thomas Münte, Prof. Dr. Joachim Thiery Vorsitzender des Aufsichtsrates: Guido Wendt Bankverbindungen: Förde Sparkasse IBAN: DE14 2105 0170 0000 1002 06 SWIFT/BIC: NOLA DE 21 KIE Commerzbank AG IBAN: DE17 2308 0040 0300 0412 00 SWIFT/BIC: DRES DE FF 230
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On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
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The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/1M1SHmbpH3X0gnoHa8EZaawVm0ZS4wu1rVX6A-TWi1Y1Wwfe...https://secure-web.cisco.com/1RLFuv_TP0fw2b4Hude37KIlWy80n2HSOiu7Buh0ZO5KvwFfJsPV-hBrSMwl5PF_Ic3QiOhZDBe176o-8efVdJEKeU_efHgGRwyGgoxhkMLDXZZJcqwnrco36tCBpYkgmVEW5qu3p6tLOZC8FfUHf1xEPVnR758BQw7I_gEmHaejHWipXgDi_ngremOO7z6aNIzRQyybegJvDGToqUYaoLMnEBVBBaWHX0lLaLDOEtL1ZAHqi7BCPv3ihsj_aCmAh2ly3puBh_YXAHZ3qejNgIuWpJHh0rrYmWA9z1IDrGKixBRLgo5oryyPRvLHj3wtsfsP2MqKkwDDhGdDIV8lBzCnoooXjk-axOUxAnuNPocc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F,DanaInfo=webmail.uksh.de,SSL+ https://secure-web.cisco.com/1Q7yV627Wtm2QVxR6rJ-JaIu8jR3OYs4619LPC1oPFGbI6y...
________________________________ From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU Sent: 20 July 2023 22:53:23 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
Achtung, externe Mail!
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On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.demailto:Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
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External Email - Use Caution
what do you mean by GM images?
On 7/21/2023 2:24 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1IDk2qmqk36l9sW6xOptbdTv6UZWJN2LiYhZBrlYm92vnk20... https://secure-web.cisco.com/1jHIIW8He9w-Jh7XlEDuQRo_2G1jtiWaVYXP_cZ__sZoCim-zpHdAWMuuZHPRZbCbqDxx94mbCSsXwQwJp_LIVtkazRxmt5SCzcKrpRVyzEc5zUIbrygjcyT_s9JUIb0r_Sq_n0ogMxUGBJYZrRCGk1X7HZqkAGWYDdYI88bRcd5iTLhSrKLgav3g3-neqiKat5T6katmuQ8QoU4qlQ8HNpaqGCm1ZTNGZI3acmHgx8mic5K42upLh80z2ad-EZsP3gcoXIto24Ibde3n3CifzD75a5jAAgAFfI2P9RpSM7GAopCzV9TjI0QsWH2kIjJIhHMrYqNZxj6ft8iS0Miv34_GFprIgSUJLpnhQq9Iy7M/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/10owRuVr2mmabl3x2HGfXlJFIpAqdEDMLAZ42KnC0-NSv02... https://secure-web.cisco.com/1Q7yV627Wtm2QVxR6rJ-JaIu8jR3OYs4619LPC1oPFGbI6yUIfrqImMhh4l8Za9V25YE2BDYZv2cjViFqEgDNDQqurG8xW8dLEMCUpMDtrwBW55HVoUzI85IVmTAMo10QZDh7h7ZZllruNIHxDUkuouyRwlr8P1vjM3dB11ggk30qGLs66nwCrppr8ZkJQDz0CUm_uNdvwgcn__RghxNkybbSsBet9Y_JoBuLhvKswZh2wZCdyd9ByVGWPNuAwyBw4O2I_b4q8l-r7Qo5eMONWa-L9AS7Kk7dU4082hcsOYVAUJ8DYtWUUD9wsSdVdSCWrEBk5ba-SFzgB0YzXF4L-A/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU *Sent:* 20 July 2023 22:53:23 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity *Achtung, externe Mail!*
External Email - Use Caution
I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?
On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Hello FreeSurfer Developers,
I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
Looking forward to your response.
With kind regards, Dr. -Ing. Alexandra Korda *Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1IDk2qmqk36l9sW6xOptbdTv6UZWJN2LiYhZBrlYm92vnk20... https://secure-web.cisco.com/1twyfDJTIknltZR0-Tyay6CZIE_zgNY1xNGsF12YV60wLD50QwXBRkNkEIOufdWZu5nCM9d5gEn9jzPqCcvpWmRMXyHo18JhRimmB-CzLWX7X0FIuTtYbL0F1kbqkLUOcra0dio7KB7vBJnbNXthZn7jvV5fPqTOfXewQfVsFJuybAsr3w7WTS6amJyvUWjCn8U4sKk67bXetA0VoGByTaekzOwKLLCD1VFQ4u4hOQ8fpOe9Yis5i0qt0XU-ys0Ffrjv7ecXJeqXlmd_HNRDm3AbX9nUJXmN9nFUDE0OCzDTTFTzSuWwEGuPBJearEt2eSeS7Fc8oMlbRRvbOjpE2EtTtD8p0DsBc_jPYK-8Usnc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/10owRuVr2mmabl3x2HGfXlJFIpAqdEDMLAZ42KnC0-NSv02... https://secure-web.cisco.com/1LBiUwtsltNc-BXRSlxA10cSmuxQKqQl4sLcRE1H3NCCq2vGw0swx3IfC81XRmy7z1IrAh7lXjgPQ96LK354kvmKn-WrNDNAFBXIDNiMVRD5WkM8p5MB_vFCTRq5COXOEKflOu6h3lw7379CjbMMnAihysVLFSE6rf-_AFLUtifPf0U73Otg9dDFW8a5awflJrD1DZCe1CcQCvit6BAdttOtXS4NKvkGLm-RGLBYXZFdnwY7MJ4Ebule-HDaEGvi4gl2ePPDGXxrIcwIqbqrDbN4idM9jhJhrdgX4FcQCSAXQF41yQCpTq6IfUGqYCwiIlvOh2Z2Hz0OqFNRufaXZWM18jbJ7tnwrrfeOg-Yd_Ow/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
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I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/18BQsjGF_jPJNgz3zEY9MZSCyO7dTzHGkcCGd-5EMLGPXj8L...https://secure-web.cisco.com/1okpVozapFHP63fC0m379KWFcuX5tCmk26b8Jf96oxxKMKxflpNrlEOsquZJ_0_9ZoPDkuhaV1Z9E0dGdEA0ImoxY_Qqqx2eJU6PvAprkyMWsouWVm2TO9bUJBeWtsJz43enTNpqg7ICR4RblZTMOI4iicW9BcpMkid41ilIMi_5ZITLcykDZTi6XJ6ItEQfvdK3q8yRWNqun_ThqxkKPsqKwTr5_G_pz9PjyHOAwOYMjHggqR7R91r1knrPZJf6ZY1hEEyc3DT1Mg1tLQ1AGwB2_Fv3hCy5brH8DEsRDnotZxd5GDP7V6yd5xLP5VvT-dY6_LunFhRKQWgDmJ9bkWZREYIip7JVHUQN2ya0rqj4/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F,DanaInfo=webmail.uksh.de,SSL+ https://secure-web.cisco.com/1yPyITkbAZ0pJ-k1pMkJkb_Wn7uSS456c3tfS_Rm9p6lR32...
________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 08:24:21 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
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I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
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With kind regards, Dr. -Ing. Alexandra Korda Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be http://secure-web.cisco.com/18BQsjGF_jPJNgz3zEY9MZSCyO7dTzHGkcCGd-5EMLGPXj8L...https://secure-web.cisco.com/1twyfDJTIknltZR0-Tyay6CZIE_zgNY1xNGsF12YV60wLD50QwXBRkNkEIOufdWZu5nCM9d5gEn9jzPqCcvpWmRMXyHo18JhRimmB-CzLWX7X0FIuTtYbL0F1kbqkLUOcra0dio7KB7vBJnbNXthZn7jvV5fPqTOfXewQfVsFJuybAsr3w7WTS6amJyvUWjCn8U4sKk67bXetA0VoGByTaekzOwKLLCD1VFQ4u4hOQ8fpOe9Yis5i0qt0XU-ys0Ffrjv7ecXJeqXlmd_HNRDm3AbX9nUJXmN9nFUDE0OCzDTTFTzSuWwEGuPBJearEt2eSeS7Fc8oMlbRRvbOjpE2EtTtD8p0DsBc_jPYK-8Usnc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://secure-web.cisco.com/1yPyITkbAZ0pJ-k1pMkJkb_Wn7uSS456c3tfS_Rm9p6lR32...https://secure-web.cisco.com/1LBiUwtsltNc-BXRSlxA10cSmuxQKqQl4sLcRE1H3NCCq2vGw0swx3IfC81XRmy7z1IrAh7lXjgPQ96LK354kvmKn-WrNDNAFBXIDNiMVRD5WkM8p5MB_vFCTRq5COXOEKflOu6h3lw7379CjbMMnAihysVLFSE6rf-_AFLUtifPf0U73Otg9dDFW8a5awflJrD1DZCe1CcQCvit6BAdttOtXS4NKvkGLm-RGLBYXZFdnwY7MJ4Ebule-HDaEGvi4gl2ePPDGXxrIcwIqbqrDbN4idM9jhJhrdgX4FcQCSAXQF41yQCpTq6IfUGqYCwiIlvOh2Z2Hz0OqFNRufaXZWM18jbJ7tnwrrfeOg-Yd_Ow/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
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Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance,
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 15:53:02 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 08:24:21 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance, Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/1pjc_SGUWZLRg8chpXIrtY4lF77fMNhpz7khzIO23axlH1vI... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrs... ________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 25 July 2023 08:36:07 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance,
Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/1pjc_SGUWZLRg8chpXIrtY4lF77fMNhpz7khzIO23axlH1vI...https://secure-web.cisco.com/1SMYGEOfCW0s4SarHXg-cGIZRmbt6vy_UVLuNjKf0xwB9eMkkUeSXB46B4gFwSan46HbC5LFrpcLv8cOMfaOrN7D5QYYICTC7Pcqc2zjXFYHolsrGp_RWSG7IdXPspDVossy55RH_fVI-5aakDc0BaZQahJFxxDL6V7OerY_kM1NEII8s9rkmwR9zrE6QTNZU01_DUOp5VPW4JrawRmyQDjl1lJ45HcNAyo9G0Q4RQVhC4acaeE5GEi9V7Qi3YD8M8gFEuuNW5QhTZCD_nqvbUUmHKuYKqTltflYFw9T8KRflLg-YK_RK_NjPzgNadSVpK4ryDT9RjHV7EbtBgG0ev9_3klo6NSCMv9LCmzdKM3A/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F,DanaInfo=webmail.uksh.de,SSL+ https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrs...
________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 15:53:02 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/1pjc_SGUWZLRg8chpXIrtY4lF77fMNhpz7khzIO23axlH1vI...https://secure-web.cisco.com/1SMYGEOfCW0s4SarHXg-cGIZRmbt6vy_UVLuNjKf0xwB9eMkkUeSXB46B4gFwSan46HbC5LFrpcLv8cOMfaOrN7D5QYYICTC7Pcqc2zjXFYHolsrGp_RWSG7IdXPspDVossy55RH_fVI-5aakDc0BaZQahJFxxDL6V7OerY_kM1NEII8s9rkmwR9zrE6QTNZU01_DUOp5VPW4JrawRmyQDjl1lJ45HcNAyo9G0Q4RQVhC4acaeE5GEi9V7Qi3YD8M8gFEuuNW5QhTZCD_nqvbUUmHKuYKqTltflYFw9T8KRflLg-YK_RK_NjPzgNadSVpK4ryDT9RjHV7EbtBgG0ev9_3klo6NSCMv9LCmzdKM3A/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F,DanaInfo=webmail.uksh.de,SSL+ https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrs...
________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 08:24:21 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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Achtung, externe Mail!
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I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?
On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.demailto:Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
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Hello FreeSurfer Developers,
I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
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Diese E-Mail enthält vertrauliche Informationen und ist nur für die Personen bestimmt, an welche sie gerichtet ist. Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, bitten wir Sie, uns hiervon unverzüglich zu unterrichten und die E-Mail zu vernichten. Wir weisen darauf hin, dass der Gebrauch und die Weiterleitung einer nicht bestimmungsgemäß empfangenen E-Mail und ihres Inhalts gesetzlich verboten sind und ggf. Schadensersatzansprüche auslösen können.
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If I understand correctly, you want to compute the distance between a given point (however you compute it) and the nearest(?) point on the white surface?
On 7/28/2023 6:04 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance, Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de I http://secure-web.cisco.com/1Al8OFronInNgcV41gZjIO2cGpBN-65vGeNE-W8Ux3ESb0kh... https://secure-web.cisco.com/1R3xqm3Q0iwTxM3HeIgkpX6FnCIDzzMesnsafg3rSEmx_D0...
*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 25 July 2023 08:36:07 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance,
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1Al8OFronInNgcV41gZjIO2cGpBN-65vGeNE-W8Ux3ESb0kh... https://secure-web.cisco.com/1FSnn7WuUPohxBhYoFC_8YrqIN7psNIcCqzDI63PgozUYNR-r2MyvGDM8bV9yn4ahLrroIh4S0uNUiA4-GcwGFrFsa97POAXzZSXSrxa6ppbj2xBM_-V4phpcYehu3sEB-DIt4N3KDEqNdGaPdIyIh6RSi_f7Q8gdAqdXCXxOYD01Nk3JUAprlZWbHEJprqA2w4o-0naAsxdjdq7aiXoStWnSthTZIwbkZUvYiSIwentdfsZRXoBU5uKpdNRqOrN7XCTAW1LbtfVZW95rDcyI5kEg7m0-_OjAjy2K1BlYdfmsQoEjf0jg2p1cVO-r9kCQYjkRonbMKi5wgQKg5FKnEuqlqGUyj8oSTtael2geRoc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1R3xqm3Q0iwTxM3HeIgkpX6FnCIDzzMesnsafg3rSEmx_D0... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrsqEHhfbkwHxPfHFlJUjTV_RUzR6M1HwJOaz88fv-fV2sMxRW3Wt_tIV7PKNOVG3ysLBAjnNepy8od_fPJtK8AxgHx-8kmzSrViMgSlOfFQMv_wQcshGtHbVQb9WQPwlDe47soDUFgWGQ2SKXOBru-dHs3VVBM95TheE7IZgdksibNF3VVdNBnd75v4zRU4Wier85yZe5ucAtOJwWoXpFW8tEz0RgJr36uQJqAGzzuwCMgEVszYME1u78YwHQVyqxKs3LXVSrZZth3cHJ7tNqycV-NWxDwXSMAT75oTv4Q/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 21 July 2023 15:53:02 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 21 July 2023 08:24:21 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1Al8OFronInNgcV41gZjIO2cGpBN-65vGeNE-W8Ux3ESb0kh... https://secure-web.cisco.com/1FSnn7WuUPohxBhYoFC_8YrqIN7psNIcCqzDI63PgozUYNR-r2MyvGDM8bV9yn4ahLrroIh4S0uNUiA4-GcwGFrFsa97POAXzZSXSrxa6ppbj2xBM_-V4phpcYehu3sEB-DIt4N3KDEqNdGaPdIyIh6RSi_f7Q8gdAqdXCXxOYD01Nk3JUAprlZWbHEJprqA2w4o-0naAsxdjdq7aiXoStWnSthTZIwbkZUvYiSIwentdfsZRXoBU5uKpdNRqOrN7XCTAW1LbtfVZW95rDcyI5kEg7m0-_OjAjy2K1BlYdfmsQoEjf0jg2p1cVO-r9kCQYjkRonbMKi5wgQKg5FKnEuqlqGUyj8oSTtael2geRoc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1R3xqm3Q0iwTxM3HeIgkpX6FnCIDzzMesnsafg3rSEmx_D0... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrsqEHhfbkwHxPfHFlJUjTV_RUzR6M1HwJOaz88fv-fV2sMxRW3Wt_tIV7PKNOVG3ysLBAjnNepy8od_fPJtK8AxgHx-8kmzSrViMgSlOfFQMv_wQcshGtHbVQb9WQPwlDe47soDUFgWGQ2SKXOBru-dHs3VVBM95TheE7IZgdksibNF3VVdNBnd75v4zRU4Wier85yZe5ucAtOJwWoXpFW8tEz0RgJr36uQJqAGzzuwCMgEVszYME1u78YwHQVyqxKs3LXVSrZZth3cHJ7tNqycV-NWxDwXSMAT75oTv4Q/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU *Sent:* 20 July 2023 22:53:23 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity *Achtung, externe Mail!*
External Email - Use Caution
I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?
On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Hello FreeSurfer Developers,
I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
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With kind regards, Dr. -Ing. Alexandra Korda *Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1Al8OFronInNgcV41gZjIO2cGpBN-65vGeNE-W8Ux3ESb0kh... https://secure-web.cisco.com/1twyfDJTIknltZR0-Tyay6CZIE_zgNY1xNGsF12YV60wLD50QwXBRkNkEIOufdWZu5nCM9d5gEn9jzPqCcvpWmRMXyHo18JhRimmB-CzLWX7X0FIuTtYbL0F1kbqkLUOcra0dio7KB7vBJnbNXthZn7jvV5fPqTOfXewQfVsFJuybAsr3w7WTS6amJyvUWjCn8U4sKk67bXetA0VoGByTaekzOwKLLCD1VFQ4u4hOQ8fpOe9Yis5i0qt0XU-ys0Ffrjv7ecXJeqXlmd_HNRDm3AbX9nUJXmN9nFUDE0OCzDTTFTzSuWwEGuPBJearEt2eSeS7Fc8oMlbRRvbOjpE2EtTtD8p0DsBc_jPYK-8Usnc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1R3xqm3Q0iwTxM3HeIgkpX6FnCIDzzMesnsafg3rSEmx_D0... https://secure-web.cisco.com/1LBiUwtsltNc-BXRSlxA10cSmuxQKqQl4sLcRE1H3NCCq2vGw0swx3IfC81XRmy7z1IrAh7lXjgPQ96LK354kvmKn-WrNDNAFBXIDNiMVRD5WkM8p5MB_vFCTRq5COXOEKflOu6h3lw7379CjbMMnAihysVLFSE6rf-_AFLUtifPf0U73Otg9dDFW8a5awflJrD1DZCe1CcQCvit6BAdttOtXS4NKvkGLm-RGLBYXZFdnwY7MJ4Ebule-HDaEGvi4gl2ePPDGXxrIcwIqbqrDbN4idM9jhJhrdgX4FcQCSAXQF41yQCpTq6IfUGqYCwiIlvOh2Z2Hz0OqFNRufaXZWM18jbJ7tnwrrfeOg-Yd_Ow/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
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Dear Douglas,
If I have the distance between the nearest point on the white surface and the center of gravity ( this is d1), and the thickness of each point (d2), then I can sum d1+d2 and the result is what I need.
Is it possible to extract d1 and d2, as described above?
Really appreciate your kind response.
Alexandra
________________________________ From: freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU Sent: 01 August 2023 15:58:52 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] Fw: cortical boundary and center of gravity
Achtung, externe Mail!
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If I understand correctly, you want to compute the distance between a given point (however you compute it) and the nearest(?) point on the white surface?
On 7/28/2023 6:04 AM, Alexandra.Korda@uksh.demailto:Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance, Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:alexandra.korda@uksh.de I MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be http://secure-web.cisco.com/12zcjBKYc-OjKVfcdvvhzgCqQIo0A7dErz95lijPbD4hTh-G...http://secure-web.cisco.com/1Al8OFronInNgcV41gZjIO2cGpBN-65vGeNE-W8Ux3ESb0khs9DMdVVLmsc8DWQVgWlDbuXsrS_81NOm1Pu-YIn_QMrtG1FZ6yrPQojTa-XGVFJ1fX96foQh6ubXOYqqPJPgH6jpzlVt8nXDHMSjjL0pnHQwLHLhNXFifm9qK1XIrPOEuEXrRhFHuEVDrkWg8CM8aAyyrLnGxYfJJSvSoSxiDaUvpZ43iezAtnRR4nKNt8zDLT9hExFidZraIGsLUn_np3mYuXmeX50SXHwkfwO-oPH4vIZAkfAr_P4oWsjc/http%3A%2F%2Fwww.zip.uksh.de MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://secure-web.cisco.com/1OfYEYN7iIdMteeC8b1wIX2WAslf4sFlByaoTSbCcTEUmGK...https://secure-web.cisco.com/1R3xqm3Q0iwTxM3HeIgkpX6FnCIDzzMesnsafg3rSEmx_D09raqm_6OuybiRmCQznrbOrD25QFeuIyK3NqEh-h7PHuQdOVMcBVjMd4sO0HSm4KlVne7hEe4oPtq7oUqPAxHZISo0URrm_0yf7hqqU3_lbtjtYAFcFJG4QQ7u-c3Ya6ClH55mWV5oclFJ-qyYY-OdKwKE4j07XGDg5tL5FbXaw7SupLBpqXl_EcAMFoqGZHX-UQL53dwu-V6qkK_imW4qS9IzR4cQ_Ly8XUYAYBCYQbeTP6o5QDEnY1iYlYFs/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F ________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 25 July 2023 08:36:07 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edumailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance,
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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________________________________ From: Korda, Alexandra Sent: 21 July 2023 15:53:02 To: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edumailto:freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu Subject: Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
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I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?
On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.demailto:Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Hello FreeSurfer Developers,
I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
Looking forward to your response.
With kind regards, Dr. -Ing. Alexandra Korda Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.demailto:mihai.avram@uksh.de I MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be http://secure-web.cisco.com/12zcjBKYc-OjKVfcdvvhzgCqQIo0A7dErz95lijPbD4hTh-G...https://secure-web.cisco.com/1twyfDJTIknltZR0-Tyay6CZIE_zgNY1xNGsF12YV60wLD50QwXBRkNkEIOufdWZu5nCM9d5gEn9jzPqCcvpWmRMXyHo18JhRimmB-CzLWX7X0FIuTtYbL0F1kbqkLUOcra0dio7KB7vBJnbNXthZn7jvV5fPqTOfXewQfVsFJuybAsr3w7WTS6amJyvUWjCn8U4sKk67bXetA0VoGByTaekzOwKLLCD1VFQ4u4hOQ8fpOe9Yis5i0qt0XU-ys0Ffrjv7ecXJeqXlmd_HNRDm3AbX9nUJXmN9nFUDE0OCzDTTFTzSuWwEGuPBJearEt2eSeS7Fc8oMlbRRvbOjpE2EtTtD8p0DsBc_jPYK-8Usnc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be https://secure-web.cisco.com/1OfYEYN7iIdMteeC8b1wIX2WAslf4sFlByaoTSbCcTEUmGK...https://secure-web.cisco.com/1LBiUwtsltNc-BXRSlxA10cSmuxQKqQl4sLcRE1H3NCCq2vGw0swx3IfC81XRmy7z1IrAh7lXjgPQ96LK354kvmKn-WrNDNAFBXIDNiMVRD5WkM8p5MB_vFCTRq5COXOEKflOu6h3lw7379CjbMMnAihysVLFSE6rf-_AFLUtifPf0U73Otg9dDFW8a5awflJrD1DZCe1CcQCvit6BAdttOtXS4NKvkGLm-RGLBYXZFdnwY7MJ4Ebule-HDaEGvi4gl2ePPDGXxrIcwIqbqrDbN4idM9jhJhrdgX4FcQCSAXQF41yQCpTq6IfUGqYCwiIlvOh2Z2Hz0OqFNRufaXZWM18jbJ7tnwrrfeOg-Yd_Ow/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
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It is a little bit of a pain, but I think this will work - first create a label file with the CoG points -- see eg, lh.cortex.label for an example format -- Use -1 as the first column instead of the vertex index (you'll compute that below) -- the coordinates need to be in "tkrRAS" spaced. This is an obscure coordinate system, but if you have the CoG in voxel space, you can convert it using method #4 from https://secure-web.cisco.com/1SoHv5F-iklS4oCCVZ5Mh3F-pWZ9ywAO5ucuhxI5MV0Wy1O... - next, run mri_label2label, something like mri_label2label --srclabel cog.label --trglabel lh.white.cog.label --s subject --hemi lh --surfreg white --paint 100 white then lh.white.cog.label will hold the vertices and their coords of the closest vertex to each label point. You can then compute the distance given the coords in the source label and those in the output label. - once you know the vertex, you can load the thickness into matlab or into freeview to see the thickness value. But maybe it makes more sense to do the above steps with the pial surface instead to get the measurement directly?
On 8/3/2023 10:06 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Dear Douglas,
If I have the distance between the nearest point on the white surface and the center of gravity ( this is/ d1/), and the thickness of each point (/d2/), then I can sum /d1+d2/ and the result is what I need.
Is it possible to extract d1 and d2, as described above?
Really appreciate your kind response.
Alexandra
*From:* freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU *Sent:* 01 August 2023 15:58:52 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] Fw: cortical boundary and center of gravity *Achtung, externe Mail!*
External Email - Use Caution
If I understand correctly, you want to compute the distance between a given point (however you compute it) and the nearest(?) point on the white surface?
On 7/28/2023 6:04 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance, Dr. -Ing. Alexandra Korda
Forschung & Lehre Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1hjkiI_uXUNN5hoQSXvIvexotuRKJoiCU-T7CuT-YQHWYz6d... *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1mPV8hDSIw2iVt5sAMHkIEnzqN-d_b_zkExaWa8AU-v9SwV...
*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 25 July 2023 08:36:07 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
Dear Freesurfer expert,
Please receive my email as a kind reminder of my previous one: Can I extract the cortical boundary as a spatial series and the center of the mass in the grey matter segmented images using the FreeSurfer? Can you please let me know how to?
Many thanks in advance,
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1hjkiI_uXUNN5hoQSXvIvexotuRKJoiCU-T7CuT-YQHWYz6d... https://secure-web.cisco.com/1FSnn7WuUPohxBhYoFC_8YrqIN7psNIcCqzDI63PgozUYNR-r2MyvGDM8bV9yn4ahLrroIh4S0uNUiA4-GcwGFrFsa97POAXzZSXSrxa6ppbj2xBM_-V4phpcYehu3sEB-DIt4N3KDEqNdGaPdIyIh6RSi_f7Q8gdAqdXCXxOYD01Nk3JUAprlZWbHEJprqA2w4o-0naAsxdjdq7aiXoStWnSthTZIwbkZUvYiSIwentdfsZRXoBU5uKpdNRqOrN7XCTAW1LbtfVZW95rDcyI5kEg7m0-_OjAjy2K1BlYdfmsQoEjf0jg2p1cVO-r9kCQYjkRonbMKi5wgQKg5FKnEuqlqGUyj8oSTtael2geRoc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1mPV8hDSIw2iVt5sAMHkIEnzqN-d_b_zkExaWa8AU-v9SwV... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrsqEHhfbkwHxPfHFlJUjTV_RUzR6M1HwJOaz88fv-fV2sMxRW3Wt_tIV7PKNOVG3ysLBAjnNepy8od_fPJtK8AxgHx-8kmzSrViMgSlOfFQMv_wQcshGtHbVQb9WQPwlDe47soDUFgWGQ2SKXOBru-dHs3VVBM95TheE7IZgdksibNF3VVdNBnd75v4zRU4Wier85yZe5ucAtOJwWoXpFW8tEz0RgJr36uQJqAGzzuwCMgEVszYME1u78YwHQVyqxKs3LXVSrZZth3cHJ7tNqycV-NWxDwXSMAT75oTv4Q/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 21 July 2023 15:53:02 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
I am sorry, I mean the grey matter segmented images. What I wanted to do is to measure the complexity of the cortical boundary.
I have run an analysis using VBM in which I used the segmented brain MR images, calculate the center of the mass in these images and the cortical boundary (per slice, but this is not a problem to use the 3D cortical boundary spatial-series). Then, I calculated the distances between the center of the mass and the cortical boundary.
Is it possible to replicate this analysis using the FreeSurfer?
Many thanks for the help.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1hjkiI_uXUNN5hoQSXvIvexotuRKJoiCU-T7CuT-YQHWYz6d... https://secure-web.cisco.com/1FSnn7WuUPohxBhYoFC_8YrqIN7psNIcCqzDI63PgozUYNR-r2MyvGDM8bV9yn4ahLrroIh4S0uNUiA4-GcwGFrFsa97POAXzZSXSrxa6ppbj2xBM_-V4phpcYehu3sEB-DIt4N3KDEqNdGaPdIyIh6RSi_f7Q8gdAqdXCXxOYD01Nk3JUAprlZWbHEJprqA2w4o-0naAsxdjdq7aiXoStWnSthTZIwbkZUvYiSIwentdfsZRXoBU5uKpdNRqOrN7XCTAW1LbtfVZW95rDcyI5kEg7m0-_OjAjy2K1BlYdfmsQoEjf0jg2p1cVO-r9kCQYjkRonbMKi5wgQKg5FKnEuqlqGUyj8oSTtael2geRoc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1mPV8hDSIw2iVt5sAMHkIEnzqN-d_b_zkExaWa8AU-v9SwV... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrsqEHhfbkwHxPfHFlJUjTV_RUzR6M1HwJOaz88fv-fV2sMxRW3Wt_tIV7PKNOVG3ysLBAjnNepy8od_fPJtK8AxgHx-8kmzSrViMgSlOfFQMv_wQcshGtHbVQb9WQPwlDe47soDUFgWGQ2SKXOBru-dHs3VVBM95TheE7IZgdksibNF3VVdNBnd75v4zRU4Wier85yZe5ucAtOJwWoXpFW8tEz0RgJr36uQJqAGzzuwCMgEVszYME1u78YwHQVyqxKs3LXVSrZZth3cHJ7tNqycV-NWxDwXSMAT75oTv4Q/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* Korda, Alexandra *Sent:* 21 July 2023 08:24:21 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity
The distance between the center of the mass in the GM images and the points in the outer boundary in the GM images.
Thanks for the quick reply.
Dr. -Ing. Alexandra Korda
*Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1hjkiI_uXUNN5hoQSXvIvexotuRKJoiCU-T7CuT-YQHWYz6d... https://secure-web.cisco.com/1FSnn7WuUPohxBhYoFC_8YrqIN7psNIcCqzDI63PgozUYNR-r2MyvGDM8bV9yn4ahLrroIh4S0uNUiA4-GcwGFrFsa97POAXzZSXSrxa6ppbj2xBM_-V4phpcYehu3sEB-DIt4N3KDEqNdGaPdIyIh6RSi_f7Q8gdAqdXCXxOYD01Nk3JUAprlZWbHEJprqA2w4o-0naAsxdjdq7aiXoStWnSthTZIwbkZUvYiSIwentdfsZRXoBU5uKpdNRqOrN7XCTAW1LbtfVZW95rDcyI5kEg7m0-_OjAjy2K1BlYdfmsQoEjf0jg2p1cVO-r9kCQYjkRonbMKi5wgQKg5FKnEuqlqGUyj8oSTtael2geRoc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1mPV8hDSIw2iVt5sAMHkIEnzqN-d_b_zkExaWa8AU-v9SwV... https://secure-web.cisco.com/15uhZPgBC1AIlkY28uAICPQga2oSml8UpQWNMpilTQ-llrsqEHhfbkwHxPfHFlJUjTV_RUzR6M1HwJOaz88fv-fV2sMxRW3Wt_tIV7PKNOVG3ysLBAjnNepy8od_fPJtK8AxgHx-8kmzSrViMgSlOfFQMv_wQcshGtHbVQb9WQPwlDe47soDUFgWGQ2SKXOBru-dHs3VVBM95TheE7IZgdksibNF3VVdNBnd75v4zRU4Wier85yZe5ucAtOJwWoXpFW8tEz0RgJr36uQJqAGzzuwCMgEVszYME1u78YwHQVyqxKs3LXVSrZZth3cHJ7tNqycV-NWxDwXSMAT75oTv4Q/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
*From:* freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu freesurfer-bounces@nmr.mgh.harvard.edu on behalf of Douglas N. Greve dgreve@MGH.HARVARD.EDU *Sent:* 20 July 2023 22:53:23 *To:* freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu *Subject:* Re: [Freesurfer] cortical boundary and center of gravity *Achtung, externe Mail!*
External Email - Use Caution
I'm not sure I understand what you are asking for. Do you want to compute the distance from a given point in the volume to the closest point on cortex?
On 7/20/2023 7:09 AM, Alexandra.Korda@uksh.de wrote:
External Email - Use Caution
Hello FreeSurfer Developers,
I need to compute the distance between the center of the mass in grey matter images and the cortical boundary. Then, I need this spatial-series to be saved in a csv. It is also possible to save the cortical boundary series and the center of gravity and then externally calculate the distances. I've searched for it in the archived question but I didn't find anything similar.
Looking forward to your response.
With kind regards, Dr. -Ing. Alexandra Korda *Forschung & Lehre * Zentrum für Integrative Psychiatrie ZIP gGmbH Campus Lübeck Ratzeburger Allee 160 I Haus B7 I 23538 Lübeck Tel.: +49 451 500-98715 alexandra.korda@uksh.de mailto:mihai.avram@uksh.de I *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1hjkiI_uXUNN5hoQSXvIvexotuRKJoiCU-T7CuT-YQHWYz6d... https://secure-web.cisco.com/1twyfDJTIknltZR0-Tyay6CZIE_zgNY1xNGsF12YV60wLD50QwXBRkNkEIOufdWZu5nCM9d5gEn9jzPqCcvpWmRMXyHo18JhRimmB-CzLWX7X0FIuTtYbL0F1kbqkLUOcra0dio7KB7vBJnbNXthZn7jvV5fPqTOfXewQfVsFJuybAsr3w7WTS6amJyvUWjCn8U4sKk67bXetA0VoGByTaekzOwKLLCD1VFQ4u4hOQ8fpOe9Yis5i0qt0XU-ys0Ffrjv7ecXJeqXlmd_HNRDm3AbX9nUJXmN9nFUDE0OCzDTTFTzSuWwEGuPBJearEt2eSeS7Fc8oMlbRRvbOjpE2EtTtD8p0DsBc_jPYK-8Usnc/https%3A%2F%2Fsslgate.uni-luebeck.de%2Fowa%2F%2CDanaInfo%3Dwebmail.uksh.de%2CSSL%2B *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* https://secure-web.cisco.com/1mPV8hDSIw2iVt5sAMHkIEnzqN-d_b_zkExaWa8AU-v9SwV... https://secure-web.cisco.com/1LBiUwtsltNc-BXRSlxA10cSmuxQKqQl4sLcRE1H3NCCq2vGw0swx3IfC81XRmy7z1IrAh7lXjgPQ96LK354kvmKn-WrNDNAFBXIDNiMVRD5WkM8p5MB_vFCTRq5COXOEKflOu6h3lw7379CjbMMnAihysVLFSE6rf-_AFLUtifPf0U73Otg9dDFW8a5awflJrD1DZCe1CcQCvit6BAdttOtXS4NKvkGLm-RGLBYXZFdnwY7MJ4Ebule-HDaEGvi4gl2ePPDGXxrIcwIqbqrDbN4idM9jhJhrdgX4FcQCSAXQF41yQCpTq6IfUGqYCwiIlvOh2Z2Hz0OqFNRufaXZWM18jbJ7tnwrrfeOg-Yd_Ow/https%3A%2F%2Ftranslationalpsychiatry.de%2Falexandra-korda%2F
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*Gemeinsam Gutes tun! Spenden*: Alle UKSH-Spendenmöglichkeiten unter *MailScanner has detected a possible fraud attempt from "secure-web.cisco.com" claiming to be* http://secure-web.cisco.com/1DPYBOXEv94_pOHDx5TPxZx2UZHWlRqPOwfzjET3Vxu3Lc0b... http://secure-web.cisco.com/18mbJgwT5CeMX5-RC1HJ946KokUDhEqf9E5CPzBm5rxEvfhKW1EdS4o_zwLz9ADNOXCnGcFUHxGFJPX0I6mFSwYvZ3MTFWnmGPXIB1wJqam46n008nk7OeM4lFyQSB27CbfgRIDnCqZ897a7M4qqZ0FTs70AKUUABqxpJmctwv-6NVcsrJ8CQBnBdOFjn98OWxYkQ0VB-dNovRBUxWdypFrAWq61m8KasWUpE1UfzijBqX3gPhn6XYk0qBV-8420t-IZQEWVA0R_Gtt9P7ZMpJWE7doUGTbbReHwqOjJTgNvW7Xt4ybcSd3CE-YPo0CZRz0EVOLS8ASJRgXI_CxxZuQ/http%3A%2F%2Fwww.uksh.de%2Fgutestun
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Douglas N. Greve