Did you look at the mri_glmfit-sim --help yet?
On 04/01/2014 04:42 PM, Tudor Popescu wrote:
Sorry I know that our questions often have an answer in the documentation, but this case does not seem straightforward. I ran the following command mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 --sim-sign abs ..from either $SUBJECTS_DIR, the qdec folder, and the design name folder - but in all cases I get errors such as "Flag abs unrecognized."
I assume glmdir is the folder that QDEC creates with the DesignName that I set.
Doing this from qdec would be easier so hopefully there is a way to do that instead. Thanks!
On 1 April 2014 22:25, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com mailto:tudor3@gmail.com> wrote:
Thanks Doug. I found older threads where you advise that csdbase.y.ocn.dat can also be produced by running the simulation from QDEC, but I didn't see any options for that in QDEC 1.5 (FS 5.3.0), after selecting my contrast and running the correction - how can this be done? Thanks! On 1 April 2014 20:37, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote: Yes, run mri_glmfit-sim from the command line doug On 04/01/2014 02:26 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug Apologies to insist, I just wasn't sure whether you'd seen my reply. To recap, qdec only used mri_glmfit (not mri_glmfit-sim) in my case, so I don/t have any *y.ocn* files. Can I still extract values from my clusters? Many thanks again Tudor On 31 March 2014 21:08, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>> wrote: Looking in the command window, qdec seems to only produce mri_glmfit (but not mri_glmfit-sim) commands, which is probably why the file you mention is not being produced in my case On 31 March 2014 20:55, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: That is weird. the easiest thing is to just run mri_glmfit-sim using the same parameters as qdec is using. You can probably even get the command-line from the terminal window doug On 03/31/2014 02:39 PM, Tudor Popescu wrote: > Yes, in qdec I selected .05 for Monte-Carlo Null-Z and ran the > correction, which created the mc-z.abs.th13.* files (but no y.ocn). I > repeated the analysis just now - same result. > > > On 31 March 2014 20:13, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > > And did you run the clusterwise correction for multiple comparisons? > Either from qdec or with mri_glmfit-sim? That y.ocn file should be > there > > On 03/31/2014 02:02 PM, Tudor Popescu wrote: > > 5.3.0 > > > > > > On 31 March 2014 19:07, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > > > > what version of FS are you running > > > > > > On 03/31/2014 12:48 PM, Tudor Popescu wrote: > > > Hi Doug > > > > > > The only OCN files I have in my qdec correlation contrast > folder > > > (after having run the MC-Z correction) are > > mc-z.abs.th13.sig.ocn.annot > > > and mc-z.abs.th13.sig.ocn.mgh. > > > > > > How should I obtain mc-z.abs.th13.y.ocn.dat, and what command > > (if not > > > mri_glmfit-sim) should I use on it in order to extract values > > from the > > > two clusters? > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 18:35, Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > > > > The file you are looking for should be something like > > > mc-z.abs.th13.y.ocn.dat > > > you dont need to run mri_glmfit-sim again > > > > > > On 03/31/2014 12:25 PM, Tudor Popescu wrote: > > > > Thanks Doug, > > > > Presumably that file is mc-z.abs.th13.pdf.dat, which > gets > > created > > > > after running the null-z correction. > > > > Based on the --help and on a previous thread > > > > > > > > > > <https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg34602.html>, > > > > I gathered it's this command that I need: > > > > mri_glmfit-sim --glmdir mc-z.abs.th13.pdf.dat > > --cache 1.3 > > > > --sim-sign abs > > > > I ran it from the SUBJECTS_DIR folder, the design folder > > or the > > > > contrast folder (lh-Avg-pial_thickness-score-Cor), > but in all > > > cases it > > > > says "ERROR: cannot find mc-z.abs.th13.pdf.dat" > > > > Is this really the command I need to simply extract the > > values from > > > > the 2 clusters found in the analysis? > > > > THanks again > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 17:44, Douglas N Greve > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > > > If you ran the clusterwise correction, then > there will > > be an > > > > output file > > > > with the data you want already there. Run > mri_glmfit-sim > > > --help to get > > > > more info > > > > doug > > > > > > > > On 03/31/2014 11:28 AM, Tudor Popescu wrote: > > > > > Dear Freesurfer experts, > > > > > > > > > > After a qdec contrast that asked where does > thickness > > > correlate with > > > > > behavioural score, I got 2 significant > clusters, and > > I would > > > > like, for > > > > > each of these clusters, to have a list of > extracted > > average > > > > thickness > > > > > values (across the entire cluster), for each > subject > > that > > > I can then > > > > > plot externally against the score values. > > > > > > > > > > I tried applying answers to previous similar > > questions with no > > > > > success; some of them suggested using > mri_segstats, > > > however I'm not > > > > > very clear on how annotation files are to be used > > (I've only > > > > used the > > > > > QDEC GUI), and I wasn't able to work out the > syntax > > that would > > > > give me > > > > > what I wanted (assuming mri_segstats is in > fact the > > command to > > > > be used) > > > > > > > > > > Thanks for any help! > > > > > > > > > > Best wishes, > > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > -- > > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > Phone Number: 617-724-2358 > > > > Fax: 617-726-7422 > > > > > > > > Bugs: > surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > > > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > > > > > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > > > > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > > > > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > > > > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > > > > > > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > > > > Outgoing: > > > > > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > Freesurfer mailing list > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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Greve, Ph.D. > MGH-NMR Center > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > Phone Number: 617-724-2358 > Fax: 617-726-7422 > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > Outgoing: > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
Hi Doug
I did, however did not see an explanation as to exactly which folder 'glmdir' represents; the designName folder made the most sense to me. It seems, however, the error was with the 'abs' term anyway.
There is a clusterwise correction section in the viewing tab
Yes, that's where I ran the MC-Z from which showed me the sig clusters that I want to extract values from - should *that *have created the y.ocn.dat file? When I press Run there, it is a "mri_surfcluster" command that's launched, and not mri_glmfit-sim.
On 1 April 2014 23:39, Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
Did you look at the mri_glmfit-sim --help yet?
On 04/01/2014 04:42 PM, Tudor Popescu wrote:
Sorry I know that our questions often have an answer in the documentation, but this case does not seem straightforward. I ran the following command mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 --sim-sign abs ..from either $SUBJECTS_DIR, the qdec folder, and the design name folder
- but in all cases I get errors such as "Flag abs unrecognized."
I assume glmdir is the folder that QDEC creates with the DesignName that I set.
Doing this from qdec would be easier so hopefully there is a way to do that instead. Thanks!
On 1 April 2014 22:25, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com mailto: tudor3@gmail.com> wrote:
Thanks Doug. I found older threads where you advise that csdbase.y.ocn.dat can also be produced by running the simulation from QDEC, but I didn't see any options for that in QDEC 1.5 (FS 5.3.0), after selecting my contrast and running the correction - how can this be done? Thanks! On 1 April 2014 20:37, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> wrote: Yes, run mri_glmfit-sim from the command line doug On 04/01/2014 02:26 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug Apologies to insist, I just wasn't sure whether you'd seen my reply. To recap, qdec only used mri_glmfit (not mri_glmfit-sim) in my case, so I don/t have any *y.ocn* files. Can I still extract values from my clusters? Many thanks again Tudor On 31 March 2014 21:08, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>> wrote: Looking in the command window, qdec seems to only produce mri_glmfit (but not mri_glmfit-sim) commands, which is probably why the file you mention is not being produced in my case On 31 March 2014 20:55, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: That is weird. the easiest thing is to just run mri_glmfit-sim using the same parameters as qdec is using. You can probably even get the command-line from the terminal window doug On 03/31/2014 02:39 PM, Tudor Popescu wrote: > Yes, in qdec I selected .05 for Monte-Carlo Null-Z and ran the > correction, which created the mc-z.abs.th13.* files (but no y.ocn). I > repeated the analysis just now - same result. > > > On 31 March 2014 20:13, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: > > > And did you run the clusterwise correction for multiple comparisons? > Either from qdec or with mri_glmfit-sim? That y.ocn file should be > there > > On 03/31/2014 02:02 PM, Tudor Popescu wrote: > > 5.3.0 > > > > > > On 31 March 2014 19:07, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > > > > what version of FS are you running > > > > > > On 03/31/2014 12:48 PM, Tudor Popescu wrote: > > > Hi Doug > > > > > > The only OCN files I have in my qdec correlation contrast > folder > > > (after having run the MC-Z correction) are > > mc-z.abs.th13.sig.ocn.annot > > > and mc-z.abs.th13.sig.ocn.mgh. > > > > > > How should I obtain mc-z.abs.th13.y.ocn.dat, and what command > > (if not > > > mri_glmfit-sim) should I use on it in order to extract values > > from the > > > two clusters? > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 18:35, Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > > > > The file you are looking for should be something like > > > mc-z.abs.th13.y.ocn.dat > > > you dont need to run mri_glmfit-sim again > > > > > > On 03/31/2014 12:25 PM, Tudor Popescu wrote: > > > > Thanks Doug, > > > > Presumably that file is mc-z.abs.th13.pdf.dat, which > gets > > created > > > > after running the null-z correction. > > > > Based on the --help and on a previous thread > > > > > > > > > > <https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg34602.html
,
> > > > I gathered it's this command that I need: > > > > mri_glmfit-sim --glmdir mc-z.abs.th13.pdf.dat > > --cache 1.3 > > > > --sim-sign abs > > > > I ran it from the SUBJECTS_DIR folder, the design folder > > or the > > > > contrast folder (lh-Avg-pial_thickness-score-Cor), > but in all > > > cases it > > > > says "ERROR: cannot find mc-z.abs.th13.pdf.dat" > > > > Is this really the command I need to simply extract the > > values from > > > > the 2 clusters found in the analysis? > > > > THanks again > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 17:44, Douglas N Greve > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > > > If you ran the clusterwise correction, then > there will > > be an > > > > output file > > > > with the data you want already there. Run > mri_glmfit-sim > > > --help to get > > > > more info > > > > doug > > > > > > > > On 03/31/2014 11:28 AM, Tudor Popescu wrote: > > > > > Dear Freesurfer experts, > > > > > > > > > > After a qdec contrast that asked where does > thickness > > > correlate with > > > > > behavioural score, I got 2 significant > clusters, and > > I would > > > > like, for > > > > > each of these clusters, to have a list of > extracted > > average > > > > thickness > > > > > values (across the entire cluster), for each > subject > > that > > > I can then > > > > > plot externally against the score values. > > > > > > > > > > I tried applying answers to previous similar > > questions with no > > > > > success; some of them suggested using > mri_segstats, > > > however I'm not > > > > > very clear on how annotation files are to be used > > (I've only > > > > used the > > > > > QDEC GUI), and I wasn't able to work out the > syntax > > that would > > > > give me > > > > > what I wanted (assuming mri_segstats is in > fact the > > command to > > > > be used) > > > > > > > > > > Thanks for any help! > > > > > > > > > > Best wishes, > > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > -- > > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > Phone Number: 617-724-2358 > > > > Fax: 617-726-7422 > > > > > > > > Bugs: > surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting > > http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting > > > http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting > > > > > http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting > > > > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > > > > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html > http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html > > < http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html%3E > > > > http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html > > > > > > < http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html%3E > > > > Outgoing: > > > > > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/ greve/ > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > Freesurfer mailing list > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > The information in this e-mail is intended only > for the > > > person to > > > > whom it is > > > > addressed. If you believe this e-mail was sent > to you in > > > error and > > > > the e-mail > > > > contains patient information, please contact the > Partners > > > > Compliance HelpLine at > > > > http://www.partners.org/complianceline . If the > e-mail was > > sent to > > > > you in error > > > > but does not contain patient information, please > > contact the > > > > sender and properly > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > Freesurfer mailing list > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > -- > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > MGH-NMR Center > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
On 04/01/2014 05:48 PM, Tudor Popescu wrote:
Hi Doug
I did, however did not see an explanation as to exactly which folder 'glmdir' represents; the designName folder made the most sense to me. It seems, however, the error was with the 'abs' term anyway.
It should the the designName folder (it will have a mri_glmfit.log file).
Your mri_glmfit-sim command line is not correct and does not match examples in the help. Basically you need to spec "--cache 1.3 abs" not "--cache 1.3 --sim-sign abs"
There is a clusterwise correction section in the viewing tabYes, that's where I ran the MC-Z from which showed me the sig clusters that I want to extract values from - should /that /have created the y.ocn.dat file? When I press Run there, it is a "mri_surfcluster" command that's launched, and not mri_glmfit-sim.
Yes, I see that now. I thought it was running mri_glmfit-sim, which would have made it easier for everyone. doug
On 1 April 2014 23:39, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Did you look at the mri_glmfit-sim --help yet? On 04/01/2014 04:42 PM, Tudor Popescu wrote: Sorry I know that our questions often have an answer in the documentation, but this case does not seem straightforward. I ran the following command mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 --sim-sign abs ..from either $SUBJECTS_DIR, the qdec folder, and the design name folder - but in all cases I get errors such as "Flag abs unrecognized." I assume glmdir is the folder that QDEC creates with the DesignName that I set. Doing this from qdec would be easier so hopefully there is a way to do that instead. Thanks! On 1 April 2014 22:25, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>> wrote: Thanks Doug. I found older threads where you advise that csdbase.y.ocn.dat can also be produced by running the simulation from QDEC, but I didn't see any options for that in QDEC 1.5 (FS 5.3.0), after selecting my contrast and running the correction - how can this be done? Thanks! On 1 April 2014 20:37, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: Yes, run mri_glmfit-sim from the command line doug On 04/01/2014 02:26 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug Apologies to insist, I just wasn't sure whether you'd seen my reply. To recap, qdec only used mri_glmfit (not mri_glmfit-sim) in my case, so I don/t have any *y.ocn* files. Can I still extract values from my clusters? Many thanks again Tudor On 31 March 2014 21:08, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>>> wrote: Looking in the command window, qdec seems to only produce mri_glmfit (but not mri_glmfit-sim) commands, which is probably why the file you mention is not being produced in my case On 31 March 2014 20:55, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: That is weird. the easiest thing is to just run mri_glmfit-sim using the same parameters as qdec is using. You can probably even get the command-line from the terminal window doug On 03/31/2014 02:39 PM, Tudor Popescu wrote: > Yes, in qdec I selected .05 for Monte-Carlo Null-Z and ran the > correction, which created the mc-z.abs.th13.* files (but no y.ocn). I > repeated the analysis just now - same result. > > > On 31 March 2014 20:13, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > And did you run the clusterwise correction for multiple comparisons? > Either from qdec or with mri_glmfit-sim? That y.ocn file should be > there > > On 03/31/2014 02:02 PM, Tudor Popescu wrote: > > 5.3.0 > > > > > > On 31 March 2014 19:07, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > what version of FS are you running > > > > > > On 03/31/2014 12:48 PM, Tudor Popescu wrote: > > > Hi Doug > > > > > > The only OCN files I have in my qdec correlation contrast > folder > > > (after having run the MC-Z correction) are > > mc-z.abs.th13.sig.ocn.annot > > > and mc-z.abs.th13.sig.ocn.mgh. > > > > > > How should I obtain mc-z.abs.th13.y.ocn.dat, and what command > > (if not > > > mri_glmfit-sim) should I use on it in order to extract values > > from the > > > two clusters? > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 18:35, Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > The file you are looking for should be something like > > > mc-z.abs.th13.y.ocn.dat > > > you dont need to run mri_glmfit-sim again > > > > > > On 03/31/2014 12:25 PM, Tudor Popescu wrote: > > > > Thanks Doug, > > > > Presumably that file is mc-z.abs.th13.pdf.dat, which > gets > > created > > > > after running the null-z correction. > > > > Based on the --help and on a previous thread > > > > > > > > > > <https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg34602.html>, > > > > I gathered it's this command that I need: > > > > mri_glmfit-sim --glmdir mc-z.abs.th13.pdf.dat > > --cache 1.3 > > > > --sim-sign abs > > > > I ran it from the SUBJECTS_DIR folder, the design folder > > or the > > > > contrast folder (lh-Avg-pial_thickness-score-Cor), > but in all > > > cases it > > > > says "ERROR: cannot find mc-z.abs.th13.pdf.dat" > > > > Is this really the command I need to simply extract the > > values from > > > > the 2 clusters found in the analysis? > > > > THanks again > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 17:44, Douglas N Greve > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > > > If you ran the clusterwise correction, then > there will > > be an > > > > output file > > > > with the data you want already there. Run > mri_glmfit-sim > > > --help to get > > > > more info > > > > doug > > > > > > > > On 03/31/2014 11:28 AM, Tudor Popescu wrote: > > > > > Dear Freesurfer experts, > > > > > > > > > > After a qdec contrast that asked where does > thickness > > > correlate with > > > > > behavioural score, I got 2 significant > clusters, and > > I would > > > > like, for > > > > > each of these clusters, to have a list of > extracted > > average > > > > thickness > > > > > values (across the entire cluster), for each > subject > > that > > > I can then > > > > > plot externally against the score values. > > > > > > > > > > I tried applying answers to previous similar > > questions with no > > > > > success; some of them suggested using > mri_segstats, > > > however I'm not > > > > > very clear on how annotation files are to be used > > (I've only > > > > used the > > > > > QDEC GUI), and I wasn't able to work out the > syntax > > that would > > > > give me > > > > > what I wanted (assuming mri_segstats is in > fact the > > command to > > > > be used) > > > > > > > > > > Thanks for any help! > > > > > > > > > > Best wishes, > > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> 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Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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Greve, Ph.D. > > > MGH-NMR Center > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
On 2 April 2014 00:15, Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu wrote:
On 04/01/2014 05:48 PM, Tudor Popescu wrote:
Hi Doug
I did, however did not see an explanation as to exactly which folder 'glmdir' represents; the designName folder made the most sense to me. It seems, however, the error was with the 'abs' term anyway.
It should the the designName folder (it will have a mri_glmfit.log file).
Your mri_glmfit-sim command line is not correct and does not match examples in the help. Basically you need to spec "--cache 1.3 abs" not "--cache 1.3 --sim-sign abs"
Thanks Doug, now it worked, however I'm getting this error, which several other people seem to get: "Computing spatial average of each frame 0 1 2*** glibc detected *** mri_segstats: malloc(): memory corruption: 0x2e8df328 ***". I am running FS 5.3.0 through VirtualBox, 2GB ram allocated.
Also, just for reference, the following command was straight out of the --help examples: mri_glmfit-sim --glmdir lh.thickness.sm05 --cache 3 --sim-sign pos ..and since it is an 'example' rather than a 'syntax', one would assume that the --sim-sign was to be used as such, rather than having to be user-replaced
There is a clusterwise correction section in the viewing tabYes, that's where I ran the MC-Z from which showed me the sig clusters that I want to extract values from - should /that /have created the y.ocn.dat file? When I press Run there, it is a "mri_surfcluster" command that's launched, and not mri_glmfit-sim.
Yes, I see that now. I thought it was running mri_glmfit-sim, which would have made it easier for everyone.
Phew, I was starting to think I'm missing something very obvious! Yes this would indeed be a useful feature, in case you will have a chance to implement it in future versions.
doug
On 1 April 2014 23:39, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edumailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Did you look at the mri_glmfit-sim --help yet? On 04/01/2014 04:42 PM, Tudor Popescu wrote: Sorry I know that our questions often have an answer in the documentation, but this case does not seem straightforward. I ran the following command mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 --sim-sign abs ..from either $SUBJECTS_DIR, the qdec folder, and the design name folder - but in all cases I get errors such as "Flag abs unrecognized." I assume glmdir is the folder that QDEC creates with the DesignName that I set. Doing this from qdec would be easier so hopefully there is a way to do that instead. Thanks! On 1 April 2014 22:25, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>> wrote: Thanks Doug. I found older threads where you advise that csdbase.y.ocn.dat can also be produced by running the simulation from QDEC, but I didn't see any options for that in QDEC 1.5 (FS 5.3.0), after selecting my contrast and running the correction - how can this be done? Thanks! On 1 April 2014 20:37, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: Yes, run mri_glmfit-sim from the command line doug On 04/01/2014 02:26 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug Apologies to insist, I just wasn't sure whether you'd seen my reply. To recap, qdec only used mri_glmfit (not mri_glmfit-sim) in my case, so I don/t have any *y.ocn* files. Can I still extract values from my clusters? Many thanks again Tudor On 31 March 2014 21:08, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>>> wrote: Looking in the command window, qdec seems to only produce mri_glmfit (but not mri_glmfit-sim) commands, which is probably why the file you mention is not being produced in my case On 31 March 2014 20:55, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: That is weird. the easiest thing is to just run mri_glmfit-sim using the same parameters as qdec is using. You can probably even get the command-line from the terminal window doug On 03/31/2014 02:39 PM, Tudor Popescu wrote: > Yes, in qdec I selected .05 for Monte-Carlo Null-Z and ran the > correction, which created the mc-z.abs.th13.* files (but no y.ocn). I > repeated the analysis just now - same result. > > > On 31 March 2014 20:13, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: > > > And did you run the clusterwise correction for multiple comparisons? > Either from qdec or with mri_glmfit-sim? That y.ocn file should be > there > > On 03/31/2014 02:02 PM, Tudor Popescu wrote: > > 5.3.0 > > > > > > On 31 March 2014 19:07, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > what version of FS are you running > > > > > > On 03/31/2014 12:48 PM, Tudor Popescu wrote: > > > Hi Doug > > > > > > The only OCN files I have in my qdec correlation contrast > folder > > > (after having run the MC-Z correction) are > > mc-z.abs.th13.sig.ocn.annot > > > and mc-z.abs.th13.sig.ocn.mgh. > > > > > > How should I obtain mc-z.abs.th13.y.ocn.dat, and what command > > (if not > > > mri_glmfit-sim) should I use on it in order to extract values > > from the > > > two clusters? > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 18:35, Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > > > > > > > The file you are looking for should be something like > > > mc-z.abs.th13.y.ocn.dat > > > you dont need to run mri_glmfit-sim again > > > > > > On 03/31/2014 12:25 PM, Tudor Popescu wrote: > > > > Thanks Doug, > > > > Presumably that file is mc-z.abs.th13.pdf.dat, which > gets > > created > > > > after running the null-z correction. > > > > Based on the --help and on a previous thread > > > > > > > > > > < https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg34602.html
,
> > > > I gathered it's this command that I need: > > > > mri_glmfit-sim --glmdir mc-z.abs.th13.pdf.dat > > --cache 1.3 > > > > --sim-sign abs > > > > I ran it from the SUBJECTS_DIR folder, the design folder > > or the > > > > contrast folder (lh-Avg-pial_thickness-score-Cor), > but in all > > > cases it > > > > says "ERROR: cannot find mc-z.abs.th13.pdf.dat" > > > > Is this really the command I need to simply extract the > > values from > > > > the 2 clusters found in the analysis? > > > > THanks again > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 17:44, Douglas N Greve > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > > > If you ran the clusterwise correction, then > there will > > be an > > > > output file > > > > with the data you want already there. Run > mri_glmfit-sim > > > --help to get > > > > more info > > > > doug > > > > > > > > On 03/31/2014 11:28 AM, Tudor Popescu wrote: > > > > > Dear Freesurfer experts, > > > > > > > > > > After a qdec contrast that asked where does > thickness > > > correlate with > > > > > behavioural score, I got 2 significant > clusters, and > > I would > > > > like, for > > > > > each of these clusters, to have a list of > extracted > > average > > > > thickness > > > > > values (across the entire cluster), for each > subject > > that > > > I can then > > > > > plot externally against the score values. > > > > > > > > > > I tried applying answers to previous similar > > questions with no > > > > > success; some of them suggested using > mri_segstats, > > > however I'm not > > > > > very clear on how annotation files are to be used > > (I've only > > > > used the > > > > > QDEC GUI), and I wasn't able to work out the > syntax > > that would > > > > give me > > > > > what I wanted (assuming mri_segstats is in > fact the > > command to > > > > be used) > > > > > > > > > > Thanks for any help! > > > > > > > > > > Best wishes, > > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > > > > ______________________________ _________________ > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > -- > > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu
On 04/01/2014 07:20 PM, Tudor Popescu wrote:
On 2 April 2014 00:15, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
On 04/01/2014 05:48 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug I did, however did not see an explanation as to exactly which folder 'glmdir' represents; the designName folder made the most sense to me. It seems, however, the error was with the 'abs' term anyway. It should the the designName folder (it will have a mri_glmfit.log file). Your mri_glmfit-sim command line is not correct and does not match examples in the help. Basically you need to spec "--cache 1.3 abs" not "--cache 1.3 --sim-sign abs"Thanks Doug, now it worked, however I'm getting this error, which several other people seem to get: "Computing spatial average of each frame 0 1 2*** glibc detected *** mri_segstats: malloc(): memory corruption: 0x2e8df328 ***". I am running FS 5.3.0 through VirtualBox, 2GB ram allocated.
What is your full command line? Sometimes this happens when setting the cwp to 1 (or close to 1).
Also, just for reference, the following command was straight out of the --help examples: mri_glmfit-sim --glmdir lh.thickness.sm05 --cache 3 --sim-sign pos ..and since it is an 'example' rather than a 'syntax', one would assume that the --sim-sign was to be used as such, rather than having to be user-replaced
oops, you are right! Sorry about that. I'll fix the docs. doug
There is a clusterwise correction section in the viewing tab Yes, that's where I ran the MC-Z from which showed me the sig clusters that I want to extract values from - should /that /have created the y.ocn.dat file? When I press Run there, it is a "mri_surfcluster" command that's launched, and not mri_glmfit-sim. Yes, I see that now. I thought it was running mri_glmfit-sim, which would have made it easier for everyone.Phew, I was starting to think I'm missing something very obvious! Yes this would indeed be a useful feature, in case you will have a chance to implement it in future versions.
doug On 1 April 2014 23:39, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> wrote: Did you look at the mri_glmfit-sim --help yet? On 04/01/2014 04:42 PM, Tudor Popescu wrote: Sorry I know that our questions often have an answer in the documentation, but this case does not seem straightforward. I ran the following command mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 --sim-sign abs ..from either $SUBJECTS_DIR, the qdec folder, and the design name folder - but in all cases I get errors such as "Flag abs unrecognized." I assume glmdir is the folder that QDEC creates with the DesignName that I set. Doing this from qdec would be easier so hopefully there is a way to do that instead. Thanks! On 1 April 2014 22:25, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>>> wrote: Thanks Doug. I found older threads where you advise that csdbase.y.ocn.dat can also be produced by running the simulation from QDEC, but I didn't see any options for that in QDEC 1.5 (FS 5.3.0), after selecting my contrast and running the correction - how can this be done? Thanks! On 1 April 2014 20:37, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> wrote: Yes, run mri_glmfit-sim from the command line doug On 04/01/2014 02:26 PM, Tudor Popescu wrote: Hi Doug Apologies to insist, I just wasn't sure whether you'd seen my reply. To recap, qdec only used mri_glmfit (not mri_glmfit-sim) in my case, so I don/t have any *y.ocn* files. Can I still extract values from my clusters? Many thanks again Tudor On 31 March 2014 21:08, Tudor Popescu <tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com> <mailto:tudor3@gmail.com <mailto:tudor3@gmail.com>>>>> wrote: Looking in the command window, qdec seems to only produce mri_glmfit (but not mri_glmfit-sim) commands, which is probably why the file you mention is not being produced in my case On 31 March 2014 20:55, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> wrote: That is weird. the easiest thing is to just run mri_glmfit-sim using the same parameters as qdec is using. You can probably even get the command-line from the terminal window doug On 03/31/2014 02:39 PM, Tudor Popescu wrote: > Yes, in qdec I selected .05 for Monte-Carlo Null-Z and ran the > correction, which created the mc-z.abs.th13.* files (but no y.ocn). I > repeated the analysis just now - same result. > > > On 31 March 2014 20:13, Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> wrote: > > > And did you run the clusterwise correction for multiple comparisons? > Either from qdec or with mri_glmfit-sim? That y.ocn file should be > there > > On 03/31/2014 02:02 PM, Tudor Popescu wrote: > > 5.3.0 > > > > > > On 31 March 2014 19:07, Douglas N Greve > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> wrote: > > > > > > what version of FS are you running > > > > > > On 03/31/2014 12:48 PM, Tudor Popescu wrote: > > > Hi Doug > > > > > > The only OCN files I have in my qdec correlation contrast > folder > > > (after having run the MC-Z correction) are > > mc-z.abs.th13.sig.ocn.annot > > > and mc-z.abs.th13.sig.ocn.mgh. > > > > > > How should I obtain mc-z.abs.th13.y.ocn.dat, and what command > > (if not > > > mri_glmfit-sim) should I use on it in order to extract values > > from the > > > two clusters? > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 18:35, Douglas N Greve > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > The file you are looking for should be something like > > > mc-z.abs.th13.y.ocn.dat > > > you dont need to run mri_glmfit-sim again > > > > > > On 03/31/2014 12:25 PM, Tudor Popescu wrote: > > > > Thanks Doug, > > > > Presumably that file is mc-z.abs.th13.pdf.dat, which > gets > > created > > > > after running the null-z correction. > > > > Based on the --help and on a previous thread > > > > > > > > > > <https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg34602.html>, > > > > I gathered it's this command that I need: > > > > mri_glmfit-sim --glmdir mc-z.abs.th13.pdf.dat > > --cache 1.3 > > > > --sim-sign abs > > > > I ran it from the SUBJECTS_DIR folder, the design folder > > or the > > > > contrast folder (lh-Avg-pial_thickness-score-Cor), > but in all > > > cases it > > > > says "ERROR: cannot find mc-z.abs.th13.pdf.dat" > > > > Is this really the command I need to simply extract the > > values from > > > > the 2 clusters found in the analysis? > > > > THanks again > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > On 31 March 2014 17:44, Douglas N Greve > > > <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>> wrote: > > > > > > > > > > > > If you ran the clusterwise correction, then > there will > > be an > > > > output file > > > > with the data you want already there. Run > mri_glmfit-sim > > > --help to get > > > > more info > > > > doug > > > > > > > > On 03/31/2014 11:28 AM, Tudor Popescu wrote: > > > > > Dear Freesurfer experts, > > > > > > > > > > After a qdec contrast that asked where does > thickness > > > correlate with > > > > > behavioural score, I got 2 significant > clusters, and > > I would > > > > like, for > > > > > each of these clusters, to have a list of > extracted > > average > > > > thickness > > > > > values (across the entire cluster), for each > subject > > that > > > I can then > > > > > plot externally against the score values. > > > > > > > > > > I tried applying answers to previous similar > > questions with no > > > > > success; some of them suggested using > mri_segstats, > > > however I'm not > > > > > very clear on how annotation files are to be used > > (I've only > > > > used the > > > > > QDEC GUI), and I wasn't able to work out the > syntax > > that would > > > > give me > > > > > what I wanted (assuming mri_segstats is in > fact the > > command to > > > > be used) > > > > > > > > > > Thanks for any help! > > > > > > > > > > Best wishes, > > > > > Tudor > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > -- > > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > > MGH-NMR Center > > > > greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
Your mri_glmfit-sim command line is not correct and does not match examples in the help. Basically you need to spec "--cache 1.3 abs" not "--cache 1.3 --sim-sign abs"Thanks Doug, now it worked, however I'm getting this error, which several other people seem to get: "Computing spatial average of each frame 0 1 2*** glibc detected *** mri_segstats: malloc(): memory corruption: 0x2e8df328 ***". I am running FS 5.3.0 through VirtualBox, 2GB ram allocated.
What is your full command line? Sometimes this happens when setting the cwp to 1 (or close to 1).
My command was mri_glmfit-sim --glmdir /media/math/all38subj/qdec/A2SepGroup_C_DODS_lgi_lh --cache 1.3 abs therefore I did not change the --cwpvalthresh input argument, meaning cwp presumably stayed at its default of .05. Terminal output is attached. What else can I try to make this command work?
freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
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Tudor Popescu