Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar
2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik cschwiedrz@rockefeller.edu
just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar
2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik cschwiedrz@rockefeller.edu
Hi Zeke,
thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar
2013/11/1 Z K zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu
Casper,
This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build.
ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/fsdev/** zkaufman/casper/ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/
This includes the following:
-centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64
Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary.
-Zeke
On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5?
Thanks! Caspar
2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release5.9 (Tikanga) Caspar
2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzikwrote:
Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version`GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar
2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions foryour two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data.
If they are not from the same GLM, then Iwould use the larger of the two FWHMs.
2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__**greve/mri_mcsim
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/**greve/mri_mcsimftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim
doug Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
Hi Caspar, there are a couple ofthings you can do:
1. Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (itcan be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data.
2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim,how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > ______________________________**___________________
> Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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> https://mail.nmr.mgh.harvard._**_edu/mailman/listinfo/__**freesurfer
<https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358 tel:617-724-2358>>>>
Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__**fswiki/BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard._**_edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.**edu/filedrop2<https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>www.nmr.mgh.harvard.edu/__**facility/filedrop/index.html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.**html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
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Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__**greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/** greve/ ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:Freesurfer@nmr.mgh.__h**arvard.edu<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.**harvard.edu<Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
https://mail.nmr.mgh.harvard._**_edu/mailman/listinfo/__**freesurfer
<https://mail.nmr.mgh.harvard.**edu/mailman/listinfo/**freesurferhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
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<http://www.partners.org/**complianceline<http://www.partners.org/complianceline>>. If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__**fswiki/BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard._**_edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.**edu/filedrop2<https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>www.nmr.mgh.harvard.edu/__**facility/filedrop/index.html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.**html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.** html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.** edu/facility/filedrop/index.**htmlhttp://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.** edu/facility/filedrop/index.**htmlhttp://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__**greve/
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/**greve/ ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__**fswiki/BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting<http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard._**_edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.**edu/filedrop2<https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>www.nmr.mgh.harvard.edu/__**facility/filedrop/index.html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.**html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.** html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.** html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__* *greve/
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/**greve/ ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu><mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu <greve@nmr.mgh.harvard.edu>Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__**fswiki/BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting><http://surfer.nmr.mgh.__harva**rd.edu/fswiki/__BugReporting http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReportinghttp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting
FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard._**_edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.**edu/filedrop2<https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>www.nmr.mgh.harvard.edu/__**facility/filedrop/index.html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.**html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__**edu/facility/filedrop/index.__**html <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.** html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__* *greve/
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/**greve/ ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.**edu<greve@nmr.mgh.harvard.edu>Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__**fswiki/BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.**harvard.edu/fswiki/**BugReporting<http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard._**_edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.**edu/filedrop2<https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2>www.nmr.mgh.harvard.edu/__**facility/filedrop/index.html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.**edu/facility/filedrop/index.**html<http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard._**_edu/transfer/outgoing/flat/__**greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.**edu/transfer/outgoing/flat/**greve/ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/
Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug
On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar
2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>
just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/ This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> Hi Caspar, there are a couple of things you can do: 1. Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (it can be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data. 2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim, how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > _________________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/__complianceline <http://www.partners.org/complianceline> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail. -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.__edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2> www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.__edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2> www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting <http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.__edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2> www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html>> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.__edu/filedrop2 <https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2> www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html> <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/ <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/>
Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault
For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault.
Not sure why this is happening. Thanks, Caspar
2013/11/4 Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu
Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug
On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar
2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu mailto: cschwiedrz@rockefeller.edu>
just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/
This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug
Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> Hi Caspar, there are a couple of things you can do: 1. Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (it can be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data. 2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim, how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > _________________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer
<https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer>
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard. mailto:greve@nmr.mgh.harvard.__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358> <tel:617-724-2358 <tel:617-724-2358>>>>>> Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422> <tel:617-726-7422 <tel:617-726-7422>>>>>> Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/__fswiki/BugReporting> <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting>
<http://surfer.nmr.mgh.__harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://harvard.edu/fswiki/__BugReporting http://surfer.nmr.mgh. harvard.edu/fswiki/BugReporting> FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.__edu/filedrop2 https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/__facility/filedrop/index.html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/__facility/filedrop/index.html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html
<http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index. html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html>
<http://www.nmr.mgh.harvard.__edu/facility/filedrop/index.__html http://www.nmr.mgh.harvard. edu/facility/filedrop/index.html>
Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/ ftp://surfer.nmr.mgh.harvard. edu/transfer/outgoing/flat/greve/
_________________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu <http://harvard.edu>
I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug
On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault
For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault.
Not sure why this is happening. Thanks, Caspar
2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/ This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> Hi Caspar, there are a couple of things you can do: 1. Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (it can be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data. 2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim, how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > _________________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu 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<http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu>
Hi Doug, the script I am running just calls mri_mcsim like this: ~/bin/mri_mcsim \ --surface avg_monkey rh \ --fwhm-max 10 \ --o csd \ --base mcz \ --nreps 10000 \ --no-label \
When I call this from the script or from the command line, I get a segmentation fault. The last line in the terminal reads: 1152 99.89 0 Segmentation fault This seems to be happening after 1152 iterations, which leaves me puzzled. Caspar
2013/11/5 Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu
I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug
On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault
For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault.
Not sure why this is happening. Thanks, Caspar
2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu>
Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/
This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug
Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> Hi Caspar, there are a couple of things you can do: 1. Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (it can be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data. 2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim, how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > ______________________________
> Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
<mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh mailto:Freesurfer@nmr.mgh.>__harvard.edu http://harvard.edu http://harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
> https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer%3E
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard
OK, it is actually running which means we solved the problem about the platform. Can you tar up avg_monkey and transfer it to me on our file drop so I can run it?
doug
On 11/06/2013 02:26 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, the script I am running just calls mri_mcsim like this: ~/bin/mri_mcsim \ --surface avg_monkey rh \ --fwhm-max 10 \ --o csd \ --base mcz \ --nreps 10000 \ --no-label \
When I call this from the script or from the command line, I get a segmentation fault. The last line in the terminal reads: 1152 99.89 0 Segmentation fault This seems to be happening after 1152 iterations, which leaves me puzzled. Caspar
2013/11/5 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault. Not sure why this is happening. Thanks, Caspar 2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/ This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> 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Go into the mri_glmfit folder used to create the input contrasts to the conjunction. Create a subfolder. Save the conjunction as sig.mgz and create a file called "C.dat" (it can be empty) in this folder. Then run mri_glmfit-sim specifying to do the simulation rather than using cached data. 2. Create cached data by running mri_mcsim. This may take longer than #1, but once you have the cached data you do not need to run it again, which could be useful if you are going to do more analyses with this template doug On 10/23/2013 02:55 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: > Hi, > I have a question regarding cluster size thresholding using > mri_glmfit-sim. Namely, I have a sig.nii conjunction map that I made > with mri_concat. > The analyses that serve as input to the conjunction map are done on a > custom surface template. > If I want to run mri_glmfit-sim, how would that work? I obviously do > not have precached data. > Thanks, Caspar > > > > > _________________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh 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<mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>. <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh <mailto:Freesurfer@nmr.mgh>>.>__harvard.edu <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <http://harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> > https://mail.nmr.mgh.harvard.__edu/mailman/listinfo/__freesurfer <https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> -- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>
Hi Doug, just checking whether you received the tarball with the files that you requested. I sent it via the filedrop. Thanks, Caspar
2013/11/6 Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu
OK, it is actually running which means we solved the problem about the platform. Can you tar up avg_monkey and transfer it to me on our file drop so I can run it?
doug
On 11/06/2013 02:26 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, the script I am running just calls mri_mcsim like this: ~/bin/mri_mcsim \ --surface avg_monkey rh \ --fwhm-max 10 \ --o csd \ --base mcz \ --nreps 10000 \ --no-label \
When I call this from the script or from the command line, I get a segmentation fault. The last line in the terminal reads: 1152 99.89 0 Segmentation fault This seems to be happening after 1152 iterations, which leaves me puzzled. Caspar
2013/11/5 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu>
I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault. Not sure why this is happening. Thanks, Caspar 2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/
This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>
what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>
On 10/30/2013 08:51 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim
<ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug
Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
<mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu
Hi Caspar, I tracked down and fixed the problem. I put a centos6 version here ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim
It will be tomorrow before I have a build for other versions (remind me if I don't get back to you).
Alternatively, the problem will go away if you use a label mask. By default, this will be ?h.cortex.label, but this does not exist in the NHP analysis. But you could make one by hand relatively easily. This will also make the correction for multiple comparisons a little less severe.
doug
On 11/08/2013 08:52 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, just checking whether you received the tarball with the files that you requested. I sent it via the filedrop. Thanks, Caspar
2013/11/6 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
OK, it is actually running which means we solved the problem about the platform. Can you tar up avg_monkey and transfer it to me on our file drop so I can run it? doug On 11/06/2013 02:26 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, the script I am running just calls mri_mcsim like this: ~/bin/mri_mcsim \ --surface avg_monkey rh \ --fwhm-max 10 \ --o csd \ --base mcz \ --nreps 10000 \ --no-label \ When I call this from the script or from the command line, I get a segmentation fault. The last line in the terminal reads: 1152 99.89 0 Segmentation fault This seems to be happening after 1152 iterations, which leaves me puzzled. Caspar 2013/11/5 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full, which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault. Not sure why this is happening. Thanks, Caspar 2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/ This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> 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Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thank you very much! I have two follow-up questions for your two suggestions: 1) If I want to use mri_glmfit-sim but my conjunctions are not from contrasts that are all from the same GLM, I guess I can still do what you suggested but I will have to come up with a fwhm.dat for the conjunction, correct? Is there a way to compute this from the conjunction sig map, or should I use the average or the max or the min of the contrasts that go into the conjunction? This is for functional data. If they are not from the same GLM, then I would use the larger of the two FWHMs. 2) It seems that there is a version of mri_mcsim that allows one to specify a range of FWHM with the flag --fwhm-max; however, version 1.17 that comes with the 5.1 and 5.3 releases does bot have that option. Is the version of mri_mcsim that understands --fwhm-max available? Try ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.__edu/transfer/outgoing/flat/__greve/mri_mcsim <ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim> doug Thanks again, Caspar 2013/10/24 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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<mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>>.>__edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>
Hi Doug, did you already have the chance to compile a centos4 version of the new mri_mcsim script? I am afraid that the centos6 version will probably not run on our system. Thanks, Caspar
2013/11/12 Douglas N Greve greve@nmr.mgh.harvard.edu
Hi Caspar, I tracked down and fixed the problem. I put a centos6 version here ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/mri_mcsim
It will be tomorrow before I have a build for other versions (remind me if I don't get back to you).
Alternatively, the problem will go away if you use a label mask. By default, this will be ?h.cortex.label, but this does not exist in the NHP analysis. But you could make one by hand relatively easily. This will also make the correction for multiple comparisons a little less severe.
doug
On 11/08/2013 08:52 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote:
Hi Doug, just checking whether you received the tarball with the files that you requested. I sent it via the filedrop. Thanks, Caspar
2013/11/6 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu>
OK, it is actually running which means we solved the problem about the platform. Can you tar up avg_monkey and transfer it to me on our file drop so I can run it? doug On 11/06/2013 02:26 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, the script I am running just calls mri_mcsim like this: ~/bin/mri_mcsim \ --surface avg_monkey rh \ --fwhm-max 10 \ --o csd \ --base mcz \ --nreps 10000 \ --no-label \ When I call this from the script or from the command line, I get a segmentation fault. The last line in the terminal reads: 1152 99.89 0 Segmentation fault This seems to be happening after 1152 iterations, which leaves me puzzled. Caspar 2013/11/5 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> I can't tell what is going on in the script. Run mri_segstats from the cmd line and send the terminal output. doug On 11/05/2013 10:38 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, this is not working for me yet. I am using freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.1.0-full,which contains v1.17 of mri_mcsim. I tried the two centos4 versions of mri_mcsim v1.24 that Zeke provided. For the 64bit version, I get the following error: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault
For the 32bit version, I get ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. and then after 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault. Not sure why this is happening. Thanks, Caspar 2013/11/4 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> Caspar, is this resolved yet? What version of FS is your base installation and for what platform? doug On 11/01/2013 01:29 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi again, I keep getting segmentation fault errors (this time with the centOS4 version). After 1153 iterations, I get 78.91 0 ./cache_csd_surface.script: line 10: 18061 Segmentation fault ~/bin/mri_mcsim --surface avg_monkey rh --fwhm-max 10 --o csd --base mcz --nreps 10000 --no-label This version also signaled "ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored" when it started. With the centOS4 64bit version, I got a segmentation fault error with the first iteration, or even before. Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>>> just a quick update. I just saw that the centOS4 version threw the following error message: ERROR: ld.so: object '/space/opt/libGL.so.1' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Do I need to worry about this? Thanks, Caspar 2013/11/1 Caspar M. Schwiedrzik <cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu> <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu <mailto:cschwiedrz@rockefeller.edu>>>>> Hi Zeke, thanks for making these available. The centOS4 version seems to work so far, for the centOS4_x86_64 version I got the following error message: ./cache_csd_surface.script: line 10: 17763 Segmentation fault Caspar 2013/11/1 Z K <zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:zkaufman@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> Casper, This email thread is kinda long and Im not able to clearly decipher what has been tried and what hasn't, so Im sending you a link to all 3 dev versions of mri_mcsim that we build. ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/fsdev/zkaufman/casper/
This includes the following: -centOS4 -centOS4_x86_64 -centOS6_x86_64 Unfortunately we do not have a centOS5 build of that binary. -Zeke On 11/01/2013 08:09 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, Nick, and Zeke, just following up: Is there a version of mri_mcsim >1.17 that is compatible with centos5? Thanks! Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>
Nick/Zeke, do we have anything that will run under CentoOS5? On 10/30/2013 12:00 PM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, with the new version, I am now getting the following error (excerpt): after it dispalys the average vertex area, *** glibc detected *** .../bin/mri_mcsim: malloc(): smallbin double linked list corrupted: 0x00000000281efc40 *** followed by a backtrace and a memory map. This did not happen when I ran it with --checkopts. Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu
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OK, I put a centos4 build there, that should work On 10/30/2013 11:05 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, that would be Red Hat Enterprise Linux Server release 5.9 (Tikanga) Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>. <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard <mailto:greve@nmr.mgh.harvard mailto:greve@nmr.mgh.harvard>>.>__edu <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>>>
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what OS platform are you using? On 10/30/2013 11:00 AM, Caspar M. Schwiedrzik wrote: Hi Doug, thanks for the advice. When I try to use the new mri_mcscim, I get the following error messages: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found Caspar 2013/10/30 Douglas N Greve <greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu>>> <mailto: greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu> <mailto:greve@nmr.mgh.harvard.edu 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